Hawkins elsősorban színpadi színésznőként kezdte pályafutását olyan produkciókban, mint az anarchista véletlen halála, a Rómeó és Júlia, a Cseresznyéskert, a semmiről, a Szentivánéji álom és a tévhitek. Olyan televíziós sorozatokban is szerepelt, mint a “Casualty” és az “Doctors”. 1998-ban, miközben még hallgató volt, Hawkins extra szerepet kapott a Star Wars: Episode I – The Phantom Menace-ben.

2002-ben Hawkins Samanthát játszotta Mike Leigh All or Nothing című filmjében. Ez volt az első három film közül, amelyeken Hawkins és Leigh együtt dolgoztak, a második pedig a 2004-es Vera Drake film volt. Slasherként jelent meg a 2004-es Layer Cake című akciófilmben. Első nagy televíziós szerepe 2005-ben jött, amikor Susan Trinder-t játszotta a BAFTA által jelölt BBC drama Fingersmithben, Sarah Waters azonos nevű regényének adaptációjában, amelyben együtt szerepelt Imelda Stauntonnal. Ezután szerepelt egy másik BBC adaptációban, Patrick Hamilton húszezer utcája az ég alatt. 2003 és 2005 között Hawkins a BBC Little Britain című vígjátéksorozatának négy epizódjában szerepelt. Hawkins szerepelt David Hare adaptációjában Federico García Lorca A Bernarda Alba háza című darabjában 2005-ben, a Királyi Nemzeti Színházban.

Ő is kölcsön adta a hangját, hogy számos rádió sorozatok, mint a Konkrét Tehén, amelyen ő is író volt, Ed Reardon Héten, azt Hiszem az Elképzelhetetlen, Készpénz Tehenek, a Háború a Vékony, illetve A Fél Sort. 2006-ban Hawkins visszatért a színpadra, megjelent a Royal Court Theatre-ben Jez Butterworth The Winterling-ben. 2006-ban Richard Ayoade “Man to Man” című filmjében is szerepelt Dean Learnerrel, ahol különböző, nem hitelezett szerepeket játszott a sorozat DVD-jén szereplő különféle törölt jelenetekben. Hawkinst később Ayoade rendezte két filmjében, a The Double and Submarine-ben.

2007-ben Anne Elliotot játszotta Jane Austen meggyőzésének televíziós filmjében. Előadását a kritikusok jól fogadták, arany Nimfát kapott. Mellékszerepet kapott a Cassandra ‘ s Dream című Woody Allen-filmben is, Colin Farrell és Ewan McGregor főszereplésével.

2008-ban Hawkins áttörést ért el, amikor a 2008-as Happy-go-Lucky komédia-dráma filmben harmadik alkalommal találkozott Leigh-vel, aki Poppy Cross-t, egy jószívű általános iskolai tanárt ábrázolta. Roger Ebert négyből négy csillagot adott a filmnek, dicsérve humorát, mélységét és Hawkins színészkedését, kijelentve, hogy ” öröm nézni.”Peter Bradshaw a The Guardiannek írt írása szerint “Sally Hawkins nagyszerűen játszik”, míg Tom Long a Detroit News “Oscar-méltó” előadását nevezte. Hawkins előadása számos elismerést kapott, többek között Golden Globe-díjat nyert a legjobb színésznő-mozgókép Musical vagy vígjáték, valamint Ezüst Medve a legjobb színésznő számára.

Három film főszereplője Hawkins Készült Dagenham, Tengeralattjáró, s Nem enged el, minden premierje a 2010-es Torontói Nemzetközi filmfesztiválon. Mindhárman pozitív kritikákat kaptak, Hawkins előadásait kritikai elismeréssel fogadták. Ami a Made in Dagenham előadását illeti, Roger Ebert azt írta, hogy “könnyű könnyedséget mutat”, míg Xan Brooks, a The Guardian megjegyezte, hogy “Hawkins nyerő teljesítményt nyújt”. 2010 októberében megjelent a Broadway-n Vivie-ként Mrs.Warren szakmájában az American Airlines Színházban. 2011-ben Hawkins támogató szerepet játszott Jane Eyre film adaptációjában, a szerelem madarak című romantikus vígjáték női főszereplője volt. 2012-ben Rafe Spall-lal együtt szerepelt a csillagképek című darabban a Royal Court Theatre-ben, majd a York-i Duke ‘ s Theatre-ben. A darab pozitív kritikákat kapott, és elnyerte az Evening Standard Theatre Awards legjobb játék kategóriáját. A Nagy várakozások 2012-es adaptációjában Joe asszonynak is volt egy kis szerepe.

2013-ban Hawkins A Cate Blanchett-tel szemben szerepelt, és Woody Allen második alkalommal rendezte a kritikusok által elismert Blue Jasmine filmben, amelyben megkapta első Oscar-jelölését a legjobb támogató Színésznőért, valamint a BAFTA, a Golden Globe és számos más elismerést kapott. Ugyanebben az évben szerepelt a All is Bright-ban Paul Giamatti és Paul Rudd mellett, és a The Double című Richard Ayoade-film recepciósaként is szerepelt. 2014-ben Hawkins megjelent Godzillában, mint Dr. Vivienne Graham, a Ken Watanabe által játszott Ishiro Serizawa tudós. Godzilla pozitív kritikákat kapott, és több mint 529 millió dollárt kapott, hogy Hawkins eddigi legnézettebb filmje legyen. Ő reprized szerepét 2019 Godzilla: King of the Monsters. Godzilla: A szörnyek királya 177 millió dollárt tett ki a nyitó hétvégén, majd 2019 egyik legmagasabb bruttó filmje lett. John Hawkes és Michael Cera mellett a Charlie Kaufman televíziós pilotban, a How and Why-ban is szerepelt. A pilóta nem kapott sorozatrendelést.

Hawkins Asa Butterfield karakterének anyját ábrázolta az X + Y dráma filmben, amelyet a 2014-es Torontói Nemzetközi Filmfesztiválon mutattak be. 2014 novemberében Mrs.Brown-t ábrázolta a kritikusok által elismert Paddingtonban. A film Michael Bond gyermekkönyvein alapul, ahol Paddington, egy antropomorf medve, aki a legsötétebb Peru dzsungeléből London utcáira vándorol, a Brown család örökbe fogadja. Hawkins megismételte szerepét, mint Mrs Brown a folytatást, Paddington 2 (2017), amely szintén elismerést kapott.

2017-ben megjelent A Guillermo del Toro filmben A Víz alakja, mint Elisa Esposito, egy néma nő, aki beleszeret egy elfogott humanoid kétéltű lénybe. Hawkins széles körű elismerést kapott teljesítményéért. Matthew Norman a London Evening Standard nevű karrier meghatározó teljesítmény. Mark Kermode, a The Guardian “fenségesnek” nevezte, Mihir Fadnavis, a Firstpost “győztes előadásnak” nevezte, míg Ann Horaday a The Washington Postnak írt írása kijelentette, hogy”Sally Hawkins gyönyörű előadást nyújt”. Hawkins Oscar-díjra, Golden Globe-díjra, BAFTA-díjra és Sag-díjra jelölték a legjobb színésznő kategóriában. Maga a film nyerte a legjobb képet a 90.Oscar-gálán.