Palestrina több száz kompozíciót hagyott hátra, köztük 104 tömeget, 68 ajánlatot, több mint 300 motettet, legalább 72 himnuszt, 35 magnificatot, 11 litániát, 4 vagy 5 siralmat stb., legalább 140 madrigál és 9 orgona ricercari (azonban az utóbbi időben a ricercai-t kétes szerzőségnek minősítették; Palestrina valószínűleg nem írt tisztán hangszeres zenét). Palestrina műveinek két átfogó kiadása létezik: az egyiket Haberl szerkesztette, és 1862-1894-ben 33 kötetben jelent meg, a másikat R. szerkesztette. Casimiri és társai 34 kötetben jelentek meg. A Missa sine nomine különösen vonzónak tűnik J. S. Bach számára, aki saját mesterműve, a b-moll mise (BWV 232) írása közben tanulmányozta és előadta. Kompozíciói nagyon világosak, hangalkatrészei kiegyensúlyozottak és gyönyörűen harmonizáltak. Között működik jelezni, mint a remekművek a Missa Papae Z (Pápa Marcellus Tömeg), amely a legenda szerint állt, hogy meggyőzze a Tanács Trent, hogy egy drákói tilalom többszólamú kezelés a szöveg a szent zene volt felesleges. Az újabb ösztöndíj azonban azt mutatja, hogy ezt a tömeget a bíborosok összehívása előtt állították össze, hogy megvitassák a tilalmat (valószínűleg annyi, mint tíz évvel korábban). Valószínű azonban, hogy Palestrina az ellenreformáció doktrínájával összhangban teljesen tisztában volt az értelmezhető szöveg igényeivel, és az 1560-as évektől élete végéig e célból írta műveit.
A “Palestrina-Stílus” – a gördülékeny stílus, a 16-ik században polifónia, származtatott, illetve kodifikált Johann Joseph Fux a gondos tanulmányozása a művek – a stílus általában tanított, mint a “Reneszánsz polifónia” az egyetemen ellenpont osztályok, bár módosított formában, mint J. J. Fux készült számos stilisztikai hibákat, amelyeket korrigálni a későbbi szerzők (különösen Knud Jeppesen, valamint Morris). A J. J. Fux által kodifikált szabályok szerint a “faj ellenpontként” definiált szabályokat követi.”Palestrina ezeket a szigorú irányelveket követte:
– a zene áramlása dinamikus, nem merev vagy statikus.
– A dallam néhány ugrást tartalmazhat a jegyzetek között.
– Ha ugrás történik, akkor kicsinek kell lennie, és azonnal ellentétes lépésenkénti mozgással kell ellensúlyozni.
– disszonanciák vagy elhaladó megjegyzés, vagy ki a ritmust. Ha a ritmuson van, azonnal megoldódik.
A 16.század egyik zeneszerzője sem volt következetesebb a saját szabályainak betartásában, és a saját magára szabott stilisztikai határokon belül maradt, mint Palestrina. A 16. század egyik zeneszerzőjének sem volt ilyen mítosz-és legendaépítménye körülötte. A kutatás Palestrina volt a 19-ik században Giuseppe Baini, aki megjelent monográfia, 1828-ban, ami miatt Palestrina híres újra megerősített a már meglévő legenda, hogy ő a “Megváltó Egyházi Zene” alatt a reformok a Tanács Trent. Ebben a monográfiában azonban a hősimádás tizenkilencedik századi hozzáállása dominál, és ez a mai napig bizonyos mértékig a zeneszerzőnél maradt; Hans Pfitzner Palestrina operája ezt a hozzáállást mutatja csúcspontján. Ösztöndíj a 20, illetve 21 évszázadok hajlamos arra, hogy megtartja azt a nézetet, hogy Palestrina volt erős, kifinomult zeneszerző, ami csúcs, a technikai tökéletesség, de hangsúlyozza, hogy voltak más zeneszerzők dolgozik ugyanabban az időben, ugyanolyan egyes hangok, kicsit más stílus, még keretein belül sima polifónia, mint Lassus Victoria.
Palestrina akkoriban rendkívül híres volt, hírneve, ha egyáltalán, a halála után nőtt. A római iskola konzervatív zenéjét továbbra is stílusában írta (a 17.században “prima pratica” néven ismert), olyan tanítványai, mint Giovanni Maria Nanino, Ruggiero Giovanelli, Arcangelo Crivelli, Teofilo Gargari, Francesco Soriano és Gregorio Allegri. Úgy gondolják továbbá, hogy Salvatore Sacco Palestrina tanítványa lehetett. Palestrina zenéjét továbbra is előadja és rögzíti, és modellként szolgál az ellenpont tanulmányozásához.