konfokális lézerszkennelő fluoreszcens mikroszkópia (vagy röviden “konfokális”) lehetővé teszi egy vastag minta különböző keresztmetszeteinek megtekintését anélkül, hogy ténylegesen felvágná a mintát. Ez különösen hasznos az élő szövetek biológiai folyamatainak megvizsgálására, mivel a mikroszkóp-kísérlet során továbbra is működhet. A mitokondriumok mozgása a sejtek körül, a mitózis és az elsődleges csillók hosszának változása mind olyan folyamatok, amelyek alkalmasak a konfokális megjelenítésre.

A Confocal a vizsgált sejtben vagy szövetben található specifikus komponensek (például organellák vagy fehérjék) azonosítására is alkalmas. Az alkatrészeket fluoreszkáló címkékkel látják el, majd a mintán lézerfényt világítanak meg. A fluoreszcens molekulák fényesen ragyognak (és minden más sötét marad), így könnyű látni őket.

A polarizált fénymikroszkópia segít megismerni a mintában található ásványi anyagokat (például a kőzeteket). Különböző ásványi anyagok különböző színekként jelennek meg polarizált fény alatt (fényhullámok, amelyek csak egy irányban rezegnek), így a polarizáló mikroszkópok speciális szűrőket használnak a mintára fénylő fény polarizálására. Az ásványok polarizáló mikroszkóppal történő vizsgálata információt nyújthat alakjukról, méretükről és tájékozódásukról.