A Duna belép a Kis Alföld alföld után azonnal kiemelkedik a magyar Kaput Szurdok közelében, Bratislava, Slovakia. Ott a folyami patak hirtelen lelassul, és elveszíti szállítási kapacitását, így hatalmas mennyiségű kavics és homok telepedik le az alján. A lerakódás fő eredménye két sziget kialakulása volt, az egyik a folyó Szlovák oldalán, a másik a magyar oldalon, amelyek együttesen mintegy 730 négyzetkilométer (1900 négyzetkilométer) területűek, amelyek több mint 100 településen mintegy 190 000 lakost támogatnak. Az iszap akadályozza a hajózást, és időnként két vagy több csatornára osztja a folyót. Komáromtól keletre a Duna belép a Visegrádi-szorosba, a Nyugat-Kárpátok és a Magyar-Dunántúli-hegység lábai közé szorítva. A meredek jobb partot a 10-15.századi magyar Árpád-dinasztia erődítményei, várai és katedrálisai koronázzák.

a Duna ezután Budapest mellett, majd a hatalmas alföldi síkságon át folyik, Horvátországon, Szerbián és Románián át egészen a Vaskapu-szurdokig. A folyómeder sekély és mocsaras, az alacsony teraszok mindkét part mentén húzódnak. A folyó felhalmozódása számos szigetet épített, köztük a Csepel-szigetet Budapest közelében. A folyó ezen a hosszú szakaszon veszi át fő mellékfolyói—a Dráva, a Tisza és a Száva—vizeit, amelyek jelentős változásokat hoznak a folyó rendszerében. Az átlagos lefolyás növeli a 83,000 köbméter (2,400 köbméter) másodpercenként észak-Budapesti mintegy 200 000 köbméter (5,600 köbméter), a vaskapu. A folyó völgye ott tűnik a legimpozánsabbnak, és a folyó mélysége és jelenlegi sebessége széles körben ingadozik. A Vaskapu zátonyai és zátonyai egykor a folyót járhatatlanná tették mindaddig, amíg egy oldalirányú navigációs csatorna és egy párhuzamos vasút lehetővé nem tette a folyóvizek vontatását az erős árral szemben.

A vaskapun túl az Alsó-Duna széles síkságon folyik át; a folyó sekélyebb és tágabb lesz, áramlása lelassul. Jobbra, a meredek bankok felett húzódik a táblázata Bolgár Danubiai síkság földje. Balra fekszik az alacsony román síkság, amelyet a fő pataktól tavak és mocsarak csíkja választ el. A mellékfolyók ebben a szakaszban viszonylag kicsiek, és csak a teljes lefolyás szerény növekedését teszik ki. Ezek közé tartozik az Olt, a Siret és a Prut. A folyót ismét számos sziget akadályozza. Cernavodă-tól délre a Duna észak felé halad, amíg el nem éri Galațit, ahol hirtelen kelet felé halad, bal partja rövid időre áthalad Moldován területén. Tulcea közelében, Romániában, mintegy 50 mérföldre (80 km) a tengertől, a folyó elterjed a deltájába.

A folyó osztja három csatorna: a Chilia, amely hordozza 63 százaléka a teljes lefolyás; a Sulina, amely számlák 16 százalék; a Sepsiszentgyörgy (St. George), amely magában hordozza a többi. A navigáció csak a Sulina csatornán keresztül lehetséges, amelyet a 39 mérföldes (63 km) hossza mentén kiegyenesítettek és kotrtak. A csatornák között a kisebb patakok és tavak labirintusát a grinduri nevű hosszúkás földcsíkok választják el egymástól. A legtöbb grinduri szántó és művelt, néhányuk magas tölgyerdőkkel borított. A sekély vizű traktusokban nagy mennyiségű nádat használnak papír-és textilszálak gyártásához. A Duna-delta területe mintegy 1660 négyzetkilométer (4300 négyzetkilométer), és viszonylag fiatal képződmény. Körülbelül 6500 évvel ezelőtt a delta területe a Fekete-tenger partvidékének sekély öble volt, de fokozatosan a folyó által hordott iszap töltötte be; a delta évente 80-100 láb (24-30 méter) sebességgel növekszik a tenger felé.