Milánó és öt másik város ellen, majd 1238 októberében Brescia ostromát kellett felemelnie. Ugyanebben az évben Frigyes természetes fia, Enzio házassága Adelasia Szardíniai hercegnővel és Enzio Szardíniai királynak való kijelölése, amelyben a pápaság suzeraintyt állította, a pápával való végső szünethez vezetett. Gregory IX mélyen bizalmatlan Frigyes mind vallási, mind politikai kérdésekben: Frederick kellett volna jested, hogy Mózes, Krisztus, Muhammad három imposztorok, akik maguk vezettek félre, majd a politikai arénában a pápa félt, hogy a Pápai állam volt, hogy elszigetelt bekerített, különösen azért, mert egy pro-császári párt alakult Rómában. Azzal az ürüggyel, hogy a császár Rómából akarta elűzni, Gregory másodszor is kiközösítette Frigyest 1239.március 20-án, vasárnap. Ez volt a pápaság és a birodalom közötti gigantikus küzdelem utolsó szakaszának kezdete; a császár halálával és házának bukásával ért véget.

Frederick számos fontos kiáltvánnyal szembeszállt a kiközösítéssel, legtöbbjük Pietro della Vigna, a császári kancellária tagja, aki kiemelkedő irodalmi ajándékokkal rendelkezett. A kiáltvány hangsúlyozta, hogy a bíborosoknak részt kell venniük az egyház vezetésében, Frederick még a világi fejedelmek közötti szolidaritást is megpróbálta felidézni. Katonai tevékenységét azonban Észak-Itáliában is fokozta. Folyamatosan növekvő fegyverszükségletének finanszírozása érdekében alapos közigazgatási átszervezést vezetett be a császári Itáliában (többek között 10 vice Regency megalakulása) és a szicíliai Királyságban. Ezenkívül elrendelte a lakosság szigorú felügyeletét. Közép-Itáliában elfoglalta az offenzívát, elfoglalta Ancona és Spoleto hercegségét, majd 1240 februárjában hadserege bevonult a pápai Államokba és fenyegette Rómát. Az utolsó pillanatban azonban a pápa megnyerte a rómaiak támogatását.

a vereség után egy Genovai flotta hozza küldöttek egy pápai tanács Rómába, több mint 100 magas rangú ecclesiastics—bíborosok pedig a püspökök között készültek, mint Frederick foglyokat Puglia. Ez a katonai győzelem azonban politikai hátránynak bizonyult: anyagot szolgáltatott Fredericknek, mint az egyház elnyomójának ábrázolására.

miközben még mindig Róma előtt táborozott, Frigyes megkapta Gregory pápa halálának hírét, majd ezután visszavonult Szicíliába. Időközben a mongolok megszállták Európát. 1241.április 9-én átmenetileg felfüggesztették őket a sziléziai Liegnitz rendkívül véres csatájában, de valószínűleg csak vezetőjük, az Ögödei Nagy Kán hirtelen halála akadályozta meg a további Mongol előrehaladást abban az időben.

A Celestine IV rövid pontifikátusát hosszú interregnum követte. 1243-ban I. Frigyes német fejedelmek és IX. Lajos francia király sürgetésére tárgyalásokat kezdett az új pápával. A pápa és a császár közötti megállapodás közelinek tűnt a Pápai Állam kiürítéséhez, amikor 1244 júniusában ártatlanok elmenekültek a városból. Lyonban 1245-re összehívott egy tanácsot, és ez év júliusában leváltotta a császárt, a megbékélés akadályát nyilvánvalóan a Lombard-települések státusza jelentette.

A császár és a pápaság közötti csata ezután teljes dühvel tombolt. A pápai oldalon a császárt az Anti-Krisztus előfutárának bélyegezték; a császári oldalon messiásként üdvözölték. A császár támogatta azt a korabeli követelést, hogy az egyház térjen vissza a korai keresztény közösség szegénységéhez és szentségéhez, és ismét felszólította az Európai hercegeket, hogy csatlakozzanak a hataloméhes prelátusok elleni védekező ligához. A fejedelmek többsége azonban semleges maradt, és bár két egymást követő német antikingus kevés támogatást kapott, a császár folyamatosan elvesztette a helyét Németországban.

1247 májusában Frederick Lyonba tervezett utazása, hogy saját ügyére hivatkozzon, mielőtt a pápai tanácsot megszakította a stratégiailag elhelyezett Parma város lázadása. A bukás nyomán Közép-Olaszország és a Romagna nagy része elveszett. A következő évben a császárnak további sorscsapásokat kellett elszenvednie; Pietro Della Vigna, a császár bizalmasát sok éven át árulással vádolták, és öngyilkosságot követett el a börtönben. 1249 májusában a Szardíniai Enzio királyt, Frigyes kedvenc fiát a Bolognai fogságba ejtette és 1272-ben bekövetkezett haláláig bebörtönözték.

A császár helyzete mind Olaszországban, mind—fia, IV. Konrád erőfeszítései révén-Németországban javult, amikor 1250-ben váratlanul meghalt. A Palermói székesegyházban temették el első felesége, szülei és normann nagyapja közelében.

amikor a halálhírét közzétették, egész Európát mélyen megrázta. Kétségek merültek fel, hogy valóban meghalt; hamis Fredericks megjelent mindenütt; Szicíliában egy legenda nőtt, hogy ő már eljut az Aetna vulkán; Németországban volt encapsuled egy hegyre, majd vissza, mint az utolsó napi császár, hogy megbüntesse a világi egyház békésen helyreállítani a Szent Római Birodalom. Mégis azt hitték, hogy az örököseiben él. Valójában azonban halála után 22 éven belül mindannyian halottak voltak: az apjuk által megkezdett pápasággal folytatott csata áldozatai.