Sydsudan blev afgjort af mange af dets nuværende etniske grupper i det 15.-19. århundrede. Efter at Sudan-regionen blev invaderet i 1820 af Mu Kurtammad, vicekonge i Egypten under det osmanniske imperium, blev det sydlige Sudan plyndret for slaver. I slutningen af det 19.århundrede var Sudan under britisk-egyptisk styre. Selvom nord accepterede britisk styre relativt hurtigt, var der større modstand i syd. På grund af dette var Britiske energier i nord fri til at blive rettet mod moderniseringsindsats, mens de i syd var mere fokuserede på blot at opretholde orden, hvilket førte til en dikotomi af udvikling mellem Nord og syd, der fortsatte i flere årtier. Efter at Sudan blev uafhængig i 1956, fandt adskillige regeringer gennem årene det vanskeligt at vinde generel accept fra landets forskellige politiske valgkredse, især i syd. En tidlig konflikt opstod mellem de nordlige ledere, der håbede at pålægge den kraftige udvidelse af Islamisk Lov og kultur til alle dele af landet og dem, der var imod denne politik. Sidstnævnte gruppe omfattede størstedelen af Sydsudans befolkning, hvoraf mange allerede var i våben over frygt for, at syd ville blive yderligere marginaliseret af den nordbaserede regering; denne frygt førte til en langvarig borgerkrig (1955-72). Addis Abeba-aftalen fra 1972 sluttede konflikten kun midlertidigt, og i det næste årti genoptog omfattende kampe med anden borgerkrig (1983-2005).

talrige diskussioner, våbenhviler og aftaler mellem sydlige ledere og deres nordlige kolleger fandt sted, men gav meget lidt succes indtil 2005 omfattende fredsaftale (CPA), som sluttede krigsførelse og genererede en oversigt over nye foranstaltninger til at dele magt, fordele velstand og skabe sikkerhed i Sudan. Betydeligt, det gav også Sydsudan semiautonome status og fastsatte, at en folkeafstemning om uafhængighed for regionen ville blive afholdt i seks år. På trods af nogle forhindringer fandt den ivrigt ventede folkeafstemning sted: en ugelang afstemning om uafhængighed for det sydlige Sudan blev afholdt 9.-15. januar 2011, med resultaterne, der indikerer sydens overvældende præference for at løsrive sig. Landet Sydsudan erklærede uafhængighed den 9. juli 2011.