polyatomiska joner är joner som består av mer än en atom. Till exempel innehåller nitratjon, NO3-, en kväveatom och tre syreatomer. Atomerna i en polyatomisk jon är vanligtvis kovalent bundna till varandra och förblir därför tillsammans som en enda laddad enhet.
regel 1. Katjonen skrivs först i namnet; anjonen skrivs andra i namnet.
regel 2. När formelenheten innehåller två eller flera av samma polyatomiska Jon, skrivs den Jonen inom parentes med prenumerationen skriven utanför parenteserna.

Obs: parenteser och ett subscript används inte om inte mer än en av en polyatomisk jon finns i formelenheten (t.ex. formelenheten för kalciumsulfat är ”CaSO4” inte ”Ca(SO4)”).

regel 3. Om katjonen är en metalljon med en fast laddning är katjonens namn detsamma som det (neutrala) elementet från vilket det härrör (t.ex. Na+ = ”natrium”). Om katjonen är en metalljon med en variabel laddning indikeras laddningen på katjonen med en romersk siffra, inom parentes, omedelbart efter katjonens namn (t.ex. Fe3+ = ”järn(III)”).
Regel 4. Om anjonen är en monatomisk Jon, namnges anjonen genom att lägga till suffixet-ide till roten till elementnamnet (t.ex. I- = ”jodid”).
Obs: grekiska prefix används inte för att ange antalet atomer eller polyatomiska joner i formelenheten för föreningen (t.ex. ca(NO3)2 heter ”kalciumnitrat” inte ”calciuim dinitrat”).