konfokal laserscanning fluorescensmikroskopi (eller ‘konfokal’ for kort) gør det muligt at se på forskellige tværsnit af en tyk prøve uden faktisk at skære prøven op. Dette er især nyttigt til at se på biologiske processer i levende væv, fordi det kan fortsætte med at fungere gennem mikroskopeksperimentet. Bevægelsen af mitokondrier omkring celler, mitose og ændringen i længden af primære cilia er alle processer, der er velegnede til at blive set på konfokalen.

konfokal er også god til at identificere specifikke komponenter (såsom organeller eller proteiner) i cellen eller vævet, der undersøges. Komponenterne er mærket med fluorescerende tags, så laserlys er skinnet på prøven. De fluorescerende molekyler lyser lyst (og alt andet forbliver mørkt), så de er lette at se.

polariseret lysmikroskopi hjælper os med at lære om mineraler (som dem i klipper) i en prøve. Forskellige mineraler vises som forskellige farver under polariseret lys (lysbølger, der kun vibrerer i en retning), så polariserende mikroskoper bruger specielle filtre til at polarisere det lys, der skinner på prøven. At se på mineraler gennem et polariserende mikroskop kan give information om deres form, størrelse og orientering.