밀라노고 다섯 다른 도시로 개최하고 월에 1238 그가 그를 높이의 포위 공격 Brescia. 같은 해에 결혼의 프레데릭 자연의 아들 Enzio 와 사르디니아어 공주 Adelasia 과의 지정 Enzio 왕으로,사르데냐에서는 교황권을 주장했 종속,지도된 최종과 함께 휴식 교황. 그레고리 9 세는 프레드릭을 종교와 정치 문제에 깊이 불신했다: 프레드릭하 jested 는 모세,그리스도,그리고 무하마드 세 미친놈 누가 스스로 현혹되어,그리고 정치 분야에서 교황이었고 두려워하는 로마 교황 국가들에 대해를 격리하고 둘러싸여,특히 때문에 프로 임페리얼 파티를 형성되었공합니다. 황제가 로마에서 그를 몰아 내려고 의도 한 구실 아래 그레고리는 1239 년 3 월 20 일 종려 주일에 프레드릭을 두 번째로 파문했다. 이것은 교황청과 제국 사이의 거대한 투쟁의 마지막 단계의 시작이었습니다; 그것은 황제의 죽음과 그의 집의 몰락으로 끝났습니다.

프레드릭 무효화의 파문의 번호와 함께 중요한 성명,그들의 대부분에 의해 구성 Pietro della Vigna,회원국의 대사관했다 뛰어난 문학의 선물입니다. 선언문을 강조하는 추기경이었다는 의미에 참여하는 교회 지도자들,그리고 프레드릭 시도를 되살리는 연대 사이에서 세속적인 프랭스 구장도 있습니다. 그러나 그는 북부 이탈리아에서 군사 활동을 강화했다. 에서 자금을 조달하기 위해 자신의 지속적으로 성장하고 필요한 팔,그 제정에 대한 철저한 관리자의 개편에 제국의 이탈리아(가운데 다른 사람의 형성,10 부 regencies)와 시칠리아 왕국의. 또한 그는 인구의 엄격한 감시를 명령했습니다. 중앙 이탈리아에서 그는 공격을 차지의 안코나와 공국의 스폴레토,그리고 월에 1240 그의 군대로 로마 교황 국고 위협공합니다. 그러나 마지막 순간에 교황은 로마인들의지지를 얻었습니다.

다음과 같은 패배의 제노바의 함대를 가져 대표단에 대한 교회의 로마에서 100 개 이상 높은 순위 ecclesiastics—추기경과 감독들이 그들 중에 있었으로 촬영 프레드릭의 포로를 풀리아. 그러나이 군사적 승리는 정치적 단점으로 판명되었다:그것은 프레드릭을 교회의 압제자로 묘사 한 선전을위한 자료를 제공했다.

여전히 로마 앞에 갇혀있는 동안 프레드릭은 교황 그레고리의 죽음 소식을 받았고 시칠리아로 철수했다. 그동안 몽골 인들은 유럽을 침략했다. 그들이 일시적으로 중단에 매우는 피의 전투 Liegnitz 실레 지아에서 9 월에,1241 지만,아마의 갑작스런 죽음의 그들의 지도자,위대한 칸 Ögödei,방한 몽고의 발전에는 시간입니다.

Celestine IV 의 간단한 교황청은 긴 interregnum 이 뒤 따랐다. 할 때에 1243 무 IV 으로 선출되었,프레드릭,에서 촉구하고 독일의 왕자와 왕의 루이 IX,프랑스의 열 협상으로 새로운 교황. 교황과 황제 사이의 합의는 1244 년 6 월에 무고한 사람들이 도시를 탈출했을 때 교황청의 대피에 가깝게 보였다. 리옹에서 그는 1245 에 대한위원회를 소집하고 그 해 7 월에 황제를 폐지,화해에 장애물은 분명히 롬바르드 코뮌의 상태 인.

황제와 교황 간의 전투는 그 때 가득 차있는 격노에서 격노했다. 교황 측에서 황제는 반 그리스도의 선구자로 낙인 찍혔다;제국 측에서 그는 메시아로 환영 받았다. 황제를 지원하는 현대 수요는 교회로 돌아가는 빈곤과 거룩함의 초기 기독교 사회과 다시 호소 왕자의 유럽에 가입하는 방어 리그에 대하여 전력 소모많. 대부분의 방백들이,그러나 변하지 않았고,하지만 두 개의 연속된 독일 antikings 약간의 지원을 받았,황제를 꾸준히 잃은 땅에서는 독일입니다.

에서 수 있습 1247 프레드릭의 계획에 여행을 리용하기 위해서 간구는 자신의 경우 전에 교회에 의해 중단되었의 반란 전략적으로 배치된 도시의 Parma. 이 사태의 여파로 중부 이탈리아와 로마 냐의 많은 부분이 사라졌습니다. 다음과 같은 올해 황제 고통을 더 불면의 운명;Pietro della Vigna,몇 년 동안 황제의 자신감,고소되었의 반역죄와 자살에서 감옥입니다. 1249 년 5 월 프레드릭이 가장 좋아하는 아들 인 사르데냐의 엔조오 왕은 볼로냐에 의해 체포되어 1272 년 사망 할 때까지 감금되었습니다.

황제의 위치를 모두에서,이탈리아—노력을 통해 그의 아들,Conrad IV—독일에서 개선하는 것이었 그가 죽었을 때에 예기치 않게 1250. 그는 그의 첫 번째 아내,그의 부모,그리고 그의 노먼 할아버지 근처의 팔레르모 대성당에 묻혔다.

그의 죽음 소식이 발표되었을 때,모든 유럽은 깊이 흔들렸다. 의심이 일어나는 그가 정말 죽었다면 false 프레드릭 등장에서 시칠리아에서 전설이 성장했었다는 전달하는 에트나 산,독일에서는 그는 encapsuled 에서 산악 및 반환 후기 황제를 처벌하는 세상적인 교회와 평화롭게 다시 설정만 가능합니다. 그러나 그는 또한 그의 상속인에 살 생각되었다. 그러나 사실,그의 죽음 이후 22 년 이내에,그들 모두는 죽었다:그들의 아버지가 시작한 교황과의 전투의 희생자.