Hawkins ha iniziato la sua carriera principalmente come attrice teatrale in produzioni come Accidental Death of an Anarchist, Romeo and Juliet, The Cherry Orchard, Much Ado About Nothing, A Midsummer Night’s Dream e Malintesi. Ha avuto anche piccole apparizioni in serie televisive come Casualty e Medici. Nel 1998, mentre era ancora uno studente, Hawkins è stato lanciato come un extra in Star Wars: Episodio I – La minaccia fantasma.

Nel 2002, Hawkins ha interpretato Samantha nel film di Mike Leigh All or Nothing. Questo è stato il primo dei tre film a cui Hawkins e Leigh hanno lavorato insieme, il secondo dei quali è stato il film del 2004 Vera Drake. È apparsa come Slasher nel film d’azione 2004 Layer Cake. Il suo primo ruolo televisivo importante è arrivato nel 2005, quando ha interpretato Susan Trinder nel dramma della BBC Fingersmith, un adattamento del romanzo omonimo di Sarah Waters, in cui ha recitato insieme a Imelda Staunton. Ha poi recitato in un altro adattamento della BBC, Twenty Thousand Streets Under the Sky di Patrick Hamilton. Tra il 2003 e il 2005 Hawkins è apparso in quattro episodi della serie comica della BBC Little Britain. Hawkins ha recitato nell’adattamento di David Hare della commedia di Federico García Lorca La casa di Bernarda Alba nel 2005, al Royal National Theatre.

Ha prestato la sua voce anche a numerose serie radiofoniche come Concrete Cow, di cui è stata anche scrittrice, Ed Reardon’s Week, Think the Unpinkable, Cash Cows, War with the Newts e The Party Line. Nel 2006, Hawkins è tornato sul palco, apparendo al Royal Court Theatre in The Winterling di Jez Butterworth. Nel 2006 ha anche fatto apparizioni non accreditate in Man to Man di Richard Ayoade con Dean Learner dove ha interpretato vari ruoli non accreditati in varie scene eliminate incluse nel DVD della serie. Hawkins sarebbe poi stato diretto da Ayoade in due dei suoi film, The Double e Submarine.

Nel 2007, ha interpretato Anne Elliot nel film per la televisione di Jane Austen Persuasione. La sua performance è stata ben accolta dalla critica e ha ricevuto una Ninfa d’oro. Ha anche avuto un ruolo di supporto nel film di Woody Allen Il sogno di Cassandra, con Colin Farrell e Ewan McGregor.

Nel 2008, Hawkins ha avuto la sua svolta quando si è riunito con Leigh per la terza volta nel film commedia-drammatico del 2008 Happy-Go-Lucky, interpretando Poppy Cross, un’insegnante di scuola elementare di buon cuore. Roger Ebert ha dato al film quattro stelle su quattro lodando il suo umorismo, la profondità e la recitazione di Hawkins affermando che ” è una gioia da guardare.”Peter Bradshaw scrivendo per The Guardian ha scritto che” Sally Hawkins suona superbamente ” mentre Tom Long del Detroit News ha definito la sua performance “degna di un Oscar”. La performance di Hawkins ha ricevuto molti riconoscimenti, tra cui la vittoria di un Golden Globe per la migliore attrice-Film musical o commedia e Orso d’argento per la migliore attrice.

Tre film con Hawkins, Made in Dagenham, Submarine e Never Let Me Go, tutti presentati in anteprima al Toronto International Film Festival 2010. Tutti e tre hanno ricevuto recensioni positive e le prestazioni di Hawkins sono state accolte con il plauso della critica. Per quanto riguarda la sua performance in Made In Dagenham, Roger Ebert ha scritto che “mostra una leggerezza senza sforzo di essere” mentre Xan Brooks del Guardian ha osservato che “Hawkins dà una performance vincente”. Nell’ottobre 2010, è apparsa a Broadway come Vivie nella professione della signora Warren all’American Airlines Theatre. Nel 2011, Hawkins ha avuto un ruolo di supporto nell’adattamento cinematografico di Jane Eyre ed è stata la protagonista femminile nel film commedia romantica Love Birds. Nel 2012, lei e Rafe Spall co-protagonista nel gioco Costellazioni al Royal Court Theatre e poi Duke of York’s Theatre. Il gioco è stato accolto con recensioni positive e ha vinto la categoria miglior gioco agli Evening Standard Theatre Awards. Ha avuto anche un piccolo ruolo come Mrs Joe nell’adattamento 2012 di Great Expectations.

Nel 2013, Hawkins ha recitato al fianco di Cate Blanchett e diretto da Woody Allen per la seconda volta nell’acclamato film Blue Jasmine, un ruolo per il quale ha ricevuto la sua prima nomination all’oscar per la Migliore Attrice non protagonista, nonché annuisce per il BAFTA, il Golden Globe e ha ricevuto diversi altri riconoscimenti. Lo stesso anno ha recitato in All Is Bright, al fianco di Paul Giamatti e Paul Rudd e ha avuto una piccola apparizione come receptionist nel film di Richard Ayoade The Double. Nel 2014, Hawkins è apparso in Godzilla, come Dr Vivienne Graham, uno scienziato che assiste Dr Ishiro Serizawa interpretato da Ken Watanabe. Godzilla ha ricevuto recensioni positive e ha incassato oltre million 529 milioni per diventare il film più visto di Hawkins fino a quel momento. Ha ripreso il ruolo in Godzilla: King of the Monsters del 2019. Godzilla: King of the Monsters ha incassato million 177 milioni nel suo weekend di apertura e successivamente è diventato uno dei film di maggior incasso del 2019. Ha anche co-recitato con John Hawkes e Michael Cera nel pilota televisivo Charlie Kaufman, Come e perché. Il pilota non è stato dato un ordine di serie.

Hawkins ha interpretato la madre del personaggio di Asa Butterfield nel film drammatico X+Y, presentato in anteprima al Toronto International Film Festival 2014. Nel novembre 2014, ha interpretato Mrs Brown nell’acclamato Paddington. Il film è basato sui libri per bambini di Michael Bond in cui Paddington, un orso antropomorfo che migra dalle giungle del Perù più oscuro per le strade di Londra, viene adottato dalla famiglia Brown. Hawkins ha ripreso il suo ruolo di Mrs Brown per il sequel, Paddington 2 (2017), che ha anche ricevuto consensi.

Nel 2017, è apparsa nel film di Guillermo del Toro La forma dell’acqua, come Elisa Esposito, una donna muta che si innamora di una creatura anfibia umanoide catturata. Hawkins ha ricevuto ampi consensi per la sua performance. Matthew Norman di London Evening Standard lo ha definito una performance che definisce la carriera. Mark Kermode di The Guardian l’ha definita “sublime”, Mihir Fadnavis di Firstpost l’ha definita una “performance vincente”, mentre Ann Horaday scrivendo per il Washington Post ha dichiarato che”Sally Hawkins offre una bella performance”. Hawkins ha guadagnato nomination per l’Academy Award, Golden Globe Award, BAFTA Award e SAG Award per la migliore attrice. Il film stesso ha vinto il miglior film al 90 ° Academy Awards.