L’Alchimista segue il viaggio di un pastore andaluso di nome Santiago. Credendo che un sogno ricorrente sia profetico, chiede a un indovino zingaro della città vicina il suo significato. La donna interpreta il sogno come una profezia che dice al ragazzo che scoprirà un tesoro alle piramidi egiziane.

All’inizio del suo viaggio, incontra un vecchio re di nome Melchizedek, o il re di Salem, che gli dice di vendere le sue pecore, in modo da viaggiare in Egitto, e introduce l’idea di una Leggenda personale. La tua leggenda personale ” è quello che hai sempre voluto realizzare. Tutti, quando sono giovani, sanno qual è la loro leggenda personale.”

All’inizio del suo arrivo in Africa, un uomo che afferma di essere in grado di portare Santiago alle piramidi invece lo ruba di quanto denaro aveva fatto vendendo le sue pecore. Santiago poi si imbarca in un lungo percorso di lavoro per un mercante di cristallo in modo da fare abbastanza soldi per soddisfare la sua leggenda personale e andare alle piramidi.

Lungo la strada, il ragazzo incontra un inglese che è venuto alla ricerca di un alchimista e continua i suoi viaggi con il suo nuovo compagno. Quando raggiungono un’oasi, Santiago incontra e si innamora di una ragazza araba di nome Fatima, a cui propone il matrimonio. Lei promette di farlo solo dopo aver completato il suo viaggio. Frustrato all’inizio, in seguito impara che il vero amore non si fermerà né si dovrà sacrificare ad esso il proprio destino personale, poiché farlo lo priva della verità.

Il ragazzo incontra poi un saggio alchimista che gli insegna anche a realizzare il suo vero sé. Insieme, rischiano un viaggio attraverso il territorio delle tribù in guerra, dove il ragazzo è costretto a dimostrare la sua unità con “l’anima del mondo” trasformandosi in un simoom prima che gli venga permesso di procedere. Quando inizia a scavare in vista delle piramidi, viene derubato ancora una volta, ma apprende accidentalmente dal capo dei ladri che il tesoro che ha cercato per tutto il tempo era nella chiesa in rovina dove aveva il suo sogno originale.