I calcoli di frequenza effettivi dipendono dalla ploidia della specie per i geni autosomici.

MonoploidsEdit

La frequenza (p) di un allele A è la frazione del numero di copie (i) dell’allele A e della popolazione o dimensione del campione (N), quindi

p = i / N . Per maggiori informazioni, consulta la nostra informativa sulla privacy.}

DiploidsEdit

Se f ( A A ) {\displaystyle f(\mathbf {AA} )}

, f ( A, B ) {\displaystyle f(\mathbf {AB} )}

e f ( B ) {\displaystyle f(\mathbf {BB} )}

sono le frequenze dei tre genotipi ad un locus con due alleli, quindi la frequenza p di Un allele e la frequenza q B-allele nella popolazione sono ottenuti dal conteggio di alleli. p = f ( A ) + 1 2 f ( A B ) = frequenza di Un {\displaystyle p=f(\mathbf {AA} )+{\frac {1}{2}}f(\mathbf {AB} )={\mbox{frequenza di Un}}}

q = f ( B ) + 1 2 f ( A B ) = frequenza di B {\displaystyle q=f(\mathbf {BB} )+{\frac {1}{2}}f(\mathbf {AB} )={\mbox{frequenza di B}}}

Poiché p e q sono le frequenze dei due alleli presenti in quel luogo, si devono sommare a 1. Per verificare questa:

p + q = f ( A ) + f ( B ) + f ( A, B ) = 1 {\displaystyle p+q=f(\mathbf {AA} )+f(\mathbf {BB} )+f(\mathbf {AB} )=1}

q = 1 − p {\displaystyle q=1-p}

e p = 1 − q {\displaystyle p=1-q}

Se ci sono più di due diverse forme alleliche, la frequenza per ogni allele è semplicemente la frequenza degli omozigoti più metà della somma delle frequenze per tutti gli eterozigoti in cui appare.

(Per 3 alleli vedi Allele § Allele e frequenze di genotipo)

La frequenza di allele può sempre essere calcolata dalla frequenza di genotipo, mentre il contrario richiede che si applichino le condizioni di Hardy–Weinberg di accoppiamento casuale.

ExampleEdit

Considera un locus che porta due alleli, A e B. In una popolazione diploide ci sono tre genotipi possibili, due genotipi omozigoti (AA e BB) e un genotipo eterozigote (AB). Se si estrae un campione di 10 individui dalla popolazione, e osserviamo le frequenze del genotipo

1. freq (AA) = 6
2. freq (AB) = 3
3. freq (BB) = 1

poi ci sono 6 × 2 + 3 = 15 {\displaystyle 6\times 2+3=15}

osservato copie dell’allele A e 1 × 2 + 3 = 5 {\displaystyle 1\times 2+3=5}

dell’allele B, 20 totale cromosoma copie. La frequenza p dell’allele A è p = 15/20 = 0,75 e la frequenza q dell’allele B è q = 5/20 = 0,25.