Coraline Jones e i suoi amorevoli genitori si trasferiscono in una vecchia casa che è stata divisa in appartamenti. Gli altri inquilini includono Miss Spink e Miss Forcible, due donne anziane ritirate dal palco e Mr. Bobo, inizialmente indicato come “il vecchio pazzo al piano di sopra”, che afferma di addestrare un circo di topi. L’appartamento accanto a quello di Coraline non è occupato, e una piccola porta che li collega si rivela essere murata quando viene aperta.

Coraline va a trovare i suoi nuovi vicini. Il signor Bobo le trasmette un messaggio dai suoi topi: “Non passare attraverso la porta.”Coraline ha anche il tè con Miss Spink e Miss Forcible, e Miss Spink spia il pericolo nel futuro di Coraline dopo aver letto le sue foglie di tè.

Nonostante questi avvertimenti, Coraline decide di aprire la porta quando è a casa da sola. Questa volta, trova il muro di mattoni dietro la porta è andato. Al suo posto è un lungo corridoio che conduce ad un appartamento identico al suo, tranne abitato dalla “Altra Madre” e “Altro Padre”, che hanno bottoni neri per gli occhi. L’altra madre è notevolmente più alta e più sottile della sua vera madre. I suoi capelli neri sembrano muoversi da soli, la sua pelle è bianca come la carta e le sue unghie sono lunghe e rosse. Coraline trova l ‘ “Altro Mondo” più interessante del suo; l’Altra Madre cucina cibo che le piace davvero, entrambi gli altri suoi genitori prestano più attenzione a lei, la sua scatola dei giocattoli è piena di giocattoli animati che possono muoversi e volare, l’Altra Miss Spink e Miss Forcible eseguono un atto senza fine nel loro appartamento, e l’Altro Mr. Bobo Trova anche che il gatto nero selvaggio che vaga per la casa nel mondo reale può parlare. Il gatto si identifica come lo stesso gatto che vive nel mondo reale e possiede la capacità di viaggiare attraverso gli spazi tra i due mondi. Sebbene intenzionalmente scortese e inutile per la maggior parte della conversazione, la loda brevemente per aver portato “protezione”, poi svanisce.

Dopo che Coraline torna alla copia del suo appartamento, l’Altra Madre offre a Coraline l’opportunità di rimanere nell’Altro Mondo per sempre, ma per farlo, Coraline deve permettere che i bottoni siano cuciti negli occhi. Coraline è inorridita e ritorna attraverso la porta di casa sua. Al ritorno al suo appartamento, Coraline scopre che i suoi veri genitori sono scomparsi. Non tornano il giorno dopo, e il gatto nero la sveglia e la porta in uno specchio nel suo corridoio, attraverso il quale può vedere i suoi genitori intrappolati. Le segnalano scrivendo “Aiutaci” sul vetro, da cui Coraline deduce che l’Altra Madre li ha rapiti. Prima chiama la polizia, ma non le credono. Così Coraline, anche se spaventata di tornare, torna nell’Altro Mondo per affrontare l’Altra Madre e salvare i suoi genitori. Nel giardino, Coraline è spinto dal gatto a sfidare l “Altra madre, come” il suo genere di cose ama i giochi e le sfide.”L’Altra Madre cerca di convincere Coraline a rimanere, ma Coraline rifiuta e viene chiusa in un piccolo spazio dietro uno specchio come punizione.

Nel piccolo armadio buio, incontra tre bambini fantasma. Ognuno aveva in passato lasciare che l’Altra Madre, che essi archaicamente si riferiscono a come il “beldam”, cucire bottoni sopra i loro occhi. Raccontano Coraline come l’Altra madre alla fine si annoiò con loro, lasciandoli morire e gettarli da parte, ma sono intrappolati lì perché ha mantenuto le loro anime. Se le loro anime possono essere salvate dall’Altra Madre, allora i fantasmi possono passare. I bambini fantasma implorano Coraline di fuggire ed evitare il loro destino.

Dopo che l’Altra Madre libera Coraline dallo specchio, Coraline propone un gioco: se riesce a trovare le anime dei bambini fantasma e dei suoi genitori, allora lei, i suoi genitori e i bambini fantasma possono andare liberi. Se perde, allora Coraline lascerà che l’Altra Madre cucisca i bottoni negli occhi e diventi una figlia amorevole per lei. L’Altra Madre è d’accordo e giura sulla tomba di sua madre. Coraline chiede che l’Altra Madre giuri su qualcos’altro e lei giura sulla sua mano destra.

Coraline cerca nell’Altro Mondo e supera gli ostacoli dell’Altra Madre usando il suo ingegno e la pietra fortunata di Miss Spink (la protezione a cui si riferiva il gatto) per trovare le anime marmoree dei bambini fantasma. Deduce anche che i suoi genitori sono imprigionati in un globo di neve sul caminetto. I bambini fantasma la avvertono che anche se Coraline vince, l’Altra Madre non la lascerà andare, così Coraline inganna l’Altra Madre annunciando che sa dove sono nascosti i suoi genitori: nel passaggio tra i mondi. L’Altra Madre non può resistere a gongolare aprendo la porta per mostrare a Coraline che i suoi genitori non sono lì. Quando l’Altra Madre apre la porta Coraline lancia il gatto all’Altra Madre, afferra il globo di neve e fugge nel mondo reale con la chiave, e il gatto segue rapidamente. Durante la fuga, Coraline costringe la porta chiusa sulla mano dell’Altra Madre. Tornata a casa sua, Coraline si addormenta su una sedia. Viene svegliata dai suoi genitori che non hanno memoria degli eventi.

Quella notte, Coraline ha un sogno in cui incontra i tre bambini ad un picnic. I bambini sono vestiti con abiti di periodi diversi e uno sembra avere le ali. La avvertono che il suo compito non è ancora finito: l’Altra Madre tenterà di riaverla indietro e cercherà di ottenere la chiave per aprire la porta tra i mondi. Coraline va al vecchio pozzo nel bosco per smaltire la chiave. Finge di fare un picnic, con la coperta da picnic posta sopra l’ingresso del pozzo. La mano mozzata dell’Altra Madre tenta di afferrare la chiave, ma cammina sulla coperta e cade nel pozzo. Coraline torna a casa, salutando i suoi vicini (che finalmente ottengono il suo nome giusto), e si prepara per la scuola il giorno dopo.