i slutningen af det ottende århundrede flyttede Kejser Kammu og den japanske domstol til et nyt sted — Heiankyo (‘hovedstad for fred og ro’, nutidens Kyoto). Kejser Kammus magt og indflydelse, en af de få magtfulde kejsere i hele Japans historie, varede ikke meget ud over hans regeringstid. Ligesom Soga-klanen havde domineret den gamle japanske domstol, kom også Fujivara-klanen til at dominere Heian-Domstolen. Fremsynet og fordomsfri karakter af kejser Kammus ledelse gav plads til en effete, kosmopolitisk kultur, der i stigende grad forsømte provinserne. Heians æra var æraen med mono ikke opmærksom-æstetikken i tingenes patos, en dejlig melankoli forbundet med de ting, der er forbigående og passerer i livet. Lady Murasakis bog The Tale of Genji (c.1010) fremkalder denne æstetik på næsten hver side. Bogen fortæller historien om prins Genjis liv såvel som den følgende generation — vægten her er, at genjis tidsalder var en gylden tidsalder, og at de, der kommer efter, så store som de er, stadig ikke når til de ophøjede højder på Prins Genjis tid. Den nærmeste person i det virkelige liv til den fiktive Genji var Fujivara no Michinaga (966-1028). Lady Murasaki, om hun vidste det eller ej, syntes at kanalisere ånden i sin tid i hendes magnum opus — hun levede på den kulturelle spids af klassisk japansk civilisation. Den verden, hun levede i, Heian-Domstolens verden, var en, der allerede var i tilbagegang i årtier ved begyndelsen af det andet årtusinde. Det tolvte århundrede ville se nedgangen og faldet i Heian periode midt krigsførelse, naturkatastrofe, domstol intriger, fremkomsten af samurai, og en stigning i magt stemmerne i provinserne. Effete cosmopolitan eliter ville miste deres fremtrædende plads, da der blev udviklet et mere pragmatisk og effektivt system til at sørge for et større antal mennesker på den japanske øhav.

Jeg tror, det var 28.April i det tredje år af Angen (1177). Der var en stærk vind, der blæste på hundens time (klokken 8 om aftenen) for at sprede en ild, der brød ud i den sydøstlige del af hovedstaden mod nordvest. Den ene nat blev den røde Spurveport, Paladsrådssalen, skolens sovesale, Ministeriet for offentlige boliger og mange andre bygninger brændt til jorden, reduceret til aske.
Jeg hørte, at ilden brød ud i Higuchitominokoji, i en hytte, hvor en danser boede. Derefter, spredt af vinden, rørte det sted efter sted, indtil det endelig nåede overalt, som udfoldelsen af en ventilator. Huse langt væk blev opslugt af røg, da de nær centrum blev fanget i hvirvlende flammer. Ildens lysstyrke blev reflekteret mod den solide sky af aske, der blev sprængt i nattehimlen, en dyb rød i midten, som, da vinden havde flammer, der sprang 100 til 200 yards, fortsatte med at skifte. Folk fanget i midten opgav alt håb. Nogle døde, da de blev fuldstændigt overvundet af røgen, andre, da de blev svimmel i flammens øje. Atter andre, der næppe undslap med deres liv, mistede alt, hvad de ejede. Nogle af de store skatte i paladset blev også reduceret til aske. Hvor stor var skaden? Seksten bygninger i den kejserlige domstol blev brændt, men det er umuligt at beregne det samlede tab. Måske blev en tredjedel af hovedstaden ødelagt af denne brand. Mænd og kvinder blev dræbt, og hvem ved hvor mange heste og kvæg?”

-Kamo no Chomei (c.1155-1216), fra’ Hojoki ‘(‘en beretning om min hytte’)

Hvis vi begynder i slutningen, har vi et vidne, der registrerede forskellige naturkatastrofer, der fandt sted de mennesker, der boede i og omkring Kyoto i slutningen af det tolvte århundrede. Kamo no Chomei var en digter og eneboer, en mand, der havde forladt den kejserlige domstol for at bo i de nærliggende bjerge i en ti fods firkantet hytte med få ejendele. Han var den oprindelige minimalist og en pioner inden for det, vi i dag kunne kalde den lille husbevægelse. Hans motivationer, imidlertid, vi åndelige. Han formåede at give særligt levende beretninger om slutningen af Heian-perioden, naturkatastrofer alligevel. Hvad han ikke registrerede, imidlertid, var krigsførelsen, der foregik på samme tid. Taira-og Minamoto-klanerne-begge proto — samurai-familier, hvis forfædre gik ud i provinserne for at få mulighed-kæmpede for magt over Japan. Fujikrigerne var blevet løsrevet fra magten et århundrede tidligere, og de pensionerede kejsere, der regerede indirekte, var i stigende grad afhængige af disse provinsielle krigere for at opretholde magten. Kampen mellem Taira og Minamoto brød ud i det, der blev kendt som Genpei — krigen (1180-1185) – en række kampe, der ville ændre løbet af japansk historie og etablere præcedenser, der ville vare indtil Meiji restaurering af 1868.

religiøst ændrede tingene sig også. Før middelalderen (1185-1603) havde buddhismen stort set været begrænset til det japanske aristokratis verden. Shinto forblev langt mere udbredt. Sammensmeltningen af buddhismen og Shinto og spredningen af buddhismen til store grupper af mennesker over hele landet begyndte at udvikle sig med det Heiske aristokratis fald. Levende billeder af helvede og ånder kom til at dominere kunsten. Helvede ruller og ruller, der skildrer sultne spøgelser — ånderne fra grådige mennesker, der er dømt til at spise menneskelige lig i efterlivet — blev populære.Kamo no Chomei skrev sin Hojoki i 1212, årtier efter de begivenheder, han beskriver. Han var vidne til Heian-Kamakura-overgangen, selvom der ikke er noget bevis for, at han var vidne til meget af konflikten mellem Minamoto og Taira-klanerne i 1180 ‘ erne.

“I kejser Youas regeringstid (1181) tror jeg, selvom det bliver så længe siden, har jeg problemer med at huske, at der var en frygtelig hungersnød, der varede i to år. Fra forår til sommer var der tørke, og i efteråret og vinteren Tyfon og oversvømmelse — dårlige forhold den ene efter den anden, så kornafgrøder mislykkedes fuldstændigt. Alt, hvad folk gjorde, blev spildt indsats. Skønt de forberedte jorden om foråret og transplanterede risen om sommeren, blev efterårets rishøst og vinterens velstand ikke opnået…efter et år med sådan lidelse håbede folk, at det nye år ville være bedre, men elendigheden steg, da folk ud over hungersnøden blev ramt af smitsom sygdom. Alle led af underernæring, indtil gradvist at sige, at” alle fiskene vil kvælke i lavt vand ” ville passe meget godt. Nu selv dem iført bambus hatte, med ben indpakket i leggings, gik febrilsk fra hus til hus tigger. Jeg så vagabonder af denne art, da de gik, pludselig kollapsede og døde. Tæt på den overdækkede muddervæg ved siden af vejen steg antallet af kroppe, der var døde af sult, konstant. Fordi ingen selv forsøgte at rydde væk disse lig, lugt af forrådnelse blev offensiv i hele Heian-kyo, og folk kunne ikke engang stå for at se på dem. Byen blev gennemsyret af lugten, og bjerget af lig akkumulerede langs Kamo-flodlejet, indtil der var steder, hvor heste og vogne ikke kunne passere.”

-Kamo no Chomei, fra ‘Hojoki’

under alle omstændigheder tjener hans observationer om de naturkatastrofer, der ramte befolkningen i Kyoto-området i slutningen af 1100-tallet, som en vigtig introduktion til en dynamisk periode i japansk historie, faktisk en af de vigtigste transformationer. Før transformationerne forbundet med Heian-Kamakura-overgangen var japansk kultur i sin barndom. Det var stærkt påvirket af Kina. Selektiv låntagning Ja, men stadig i skyggen af Kina for det meste. Japanerne så til Kina, selv efter tang Kinas tilbagegang — det moderne Kina var ikke længere end tiltalende, men kulturen i de foregående årtier og århundreder havde stadig stor kulturel kapital. Japansk kultur begyndte at afvige på to specifikke måder: forenkling af arkitektur (i modsætning til de ultra-detaljerede kinesiske stilarter) og udviklingen af folkelig litteratur (stort set domineret af kvinder).retten adel mistede kontrollen over landet. Gennem det ellevte og tolvte århundrede udviklede et system af klostret styre – en kejser ville abdicere, blive en munk og herske indirekte gennem børnekejsere. Dette system blev mere eller mindre opretholdt fra tidspunktet for forskydningen af Fujivara gennem begyndelsen af Kamakura-perioden (1185-1333). I midten af det 12.århundrede insinuerede Taira (også kendt som Heike) klanen sig i hjertet af den japanske regering. De regerede fra Kyoto, gifte sig ind i eliten og forsøger at dominere regeringen. Dette forårsagede betydelig irritation ved retten. Go-Shiraka (regel: 1155-1158, klostret regel: 1158-1192) forsøgte at fjerne Taira fra Kyoto og søgte hjælp fra Minamoto. Minamoto-klanen var blevet besejret af Taira i 1160, og deres ledere blev forvist.i 1180 satte Taira-lederen Kiyomori sit eget barnebarn på tronen — kejser Antoku, en toårig. Dette udløste begyndelsen på det, der blev kendt som Genpei-krigen. Detaljerne i Genpei-krigen er alt for mange til at dække tilstrækkeligt i denne korte artikel, så en kort beretning bliver nødt til at gøre. Betydningen af Genpei-krigen er, at den satte scenen for Minamoto-Hojo-regeringen, der fulgte for at etablere det første shogunat i japansk historie. Provinsielle krigere flyttede fra at være perifere til Centrale. De japanske kejsere forblev stort set lidt mere end Ypperstepræster i Shinto (som de havde været gennem det meste af japansk historie med kun få undtagelser).