Under De Forenede Nationers trusteeship system oprettet efter Anden Verdenskrig havde franskmændene en forpligtelse til at bevæge sig tilgå mod selvstyre. Et lokalt flag blev vedtaget i 1956, kort før landet blev gjort til en autonom republik inden for den franske Union. Flagets grønne baggrund stod for landbrug, håb og ungdom; den franske Tricolor i det øverste hejsehjørne var en påmindelse om fransk overherredømme. To gule femtakkede stjerner, arrangeret på en imaginær diagonal linje, der løber fra den nedre hejse til den øvre flue, henviste til sydens kystsletter og Nordens savanner, “forenet i kærlighed til orden og arbejde.”

den 27.April 1960 blev Togo uafhængig under et helt nyt flag; det reducerede de to stjerner til en for at understrege national enhed. Flagets fem grønne og gule striber svarer til landets administrative regioner, mens disse farver er en påmindelse om, at det overvældende flertal af befolkningen er afhængig af landet for dets næring (grøn) og sit eget arbejde for udvikling (gul). Den røde Kanton siges at stå for kærlighed, troskab og velgørenhed, mens den hvide stjerne er forbundet med renhed. De samme panafrikanske rød-gul-grønne farver blev valgt af flere andre lande, der opnåede uafhængighed kort før eller efter Togo.