Polyatomic ionty jsou ionty, které se skládají z více než jednoho atomu. Například dusičnanový iont NO3-obsahuje jeden atom dusíku a tři atomy kyslíku. Atomy v polyatomickém iontu jsou obvykle kovalentně spojeny, a proto zůstávají pohromadě jako jeden, nabitá jednotka.
Pravidlo 1. Kation je zapsán jako první v názvu; anion je zapsán jako druhý v názvu.
Pravidlo 2. Pokud jednotka vzorce obsahuje dva nebo více stejných polyatomických iontů, je tento ion zapsán v závorkách s indexem zapsaným mimo závorky.

Poznámka: závorky a dolní index se nepoužívá, pokud více než jeden z polyatomic iontů je přítomen ve vzorci jednotky (např., vzorec, jednotka pro síran vápenatý je „CaSO4“ ne „Ca(SO4)“).

Pravidlo 3. Pokud je kation kovovým iontem s pevným nábojem, název kationtu je stejný jako (neutrální) prvek, ze kterého je odvozen (např. Na + = „sodík“). Pokud je kation kovovým iontem s proměnným nábojem, je náboj na kationtu označen římskou číslicí, v závorkách, bezprostředně za názvem kationtu (např. Fe3 + = “ železo (III)“).
pravidlo 4. Pokud je anion monatomický iont, je anion pojmenován přidáním přípony-ide ke kořenu názvu prvku (např. I – = „jodid“).
Poznámka: řecké předpony nejsou zvyklí udávají počet atomů, nebo iontů polyatomic, vzorec, jednotka pro sloučeninu (např., Ca(NO3)2 se jmenuje „dusičnan vápenatý“ ne „calciuim dinitrát“).