Coraline Jones og hendes kærlige forældre flytter ind i et gammelt hus, der er opdelt i lejligheder. De andre lejere inkluderer Miss Spink og Miss Forcible, to ældre kvinder trak sig tilbage fra scenen og Mr. Bobo, oprindeligt omtalt som “den skøre gamle mand ovenpå”, der hævder at træne et musecirkus. Lejligheden ved siden af Coraline er ledig, og en lille dør, der forbinder dem, afsløres at blive muret op, når den åbnes.

Coraline besøger sine nye naboer. Mr. Bobo videresender til hende en besked fra sine mus: “gå ikke gennem døren.”Coraline har også te med Miss Spink og Miss Forcible, og Miss Spink spionerer fare i Coralines fremtid efter at have læst sine teblade.

På trods af disse advarsler beslutter Coraline at låse døren op, når hun er hjemme alene. Denne gang, hun finder mur bag døren er væk. I stedet er en lang gang, der fører til en flad identisk med hendes egen, undtagen beboet af den “anden mor” og “anden far”, der har sorte knapper til øjnene. Den anden mor er især højere og tyndere end hendes rigtige mor. Hendes sorte hår ser ud til at bevæge sig af sig selv, hendes hud er papirhvid, og hendes negle er lange og røde. Coraline finder den “anden verden” mere interessant end sin egen; den anden mor laver mad, som hun faktisk nyder, begge hendes andre forældre er mere opmærksomme på hende, hendes legetøjskasse er fyldt med animeret legetøj, der kan bevæge sig og flyve, den anden Miss Spink og Miss Forcible udfører en uendelig handling i deres lejlighed, og den anden Mr. Bobo udfører et musecirkus. Hun finder endda, at den vildsorte kat, der vandrer rundt i huset i den virkelige verden, kan tale. Katten identificerer sig selv som den samme kat, der lever i den virkelige verden og har evnen til at rejse gennem hullerne mellem de to verdener. Selvom det med vilje er uhøfligt og uhensigtsmæssigt for størstedelen af samtalen, roser det hende kort for at bringe “beskyttelse”, forsvinder derefter.

Når Coraline vender tilbage til kopien af sin lejlighed, tilbyder den anden mor Coraline muligheden for at blive i den anden verden for evigt, men for at gøre det skal Coraline tillade, at knapper sys i øjnene. Coraline er forfærdet og vender tilbage gennem døren til sit hjem. Da Coraline vender tilbage til sin lejlighed, finder hun ud af, at hendes rigtige forældre mangler. De vender ikke tilbage næste dag, og den sorte kat vækker hende og fører hende til et spejl i gangen, hvorigennem hun kan se sine fangede forældre. De signalerer til hende ved at skrive “Hjælp os” på glasset, hvorfra Coraline udleder den anden mor har kidnappet dem. Hun ringer først til politiet, men de tror ikke på hende. Så Coraline, selvom han er bange for at vende tilbage, går tilbage til den anden verden for at konfrontere den anden mor og redde sine forældre. I haven, Coraline bliver bedt af katten om at udfordre den anden mor, som “hendes slags ting elsker spil og udfordringer.”Den anden mor forsøger at overbevise Coraline om at blive, men Coraline nægter og er låst inde i et lille rum bag et spejl som straf.

i den lille mørke skabsplads møder hun tre spøgelsesbørn. Hver havde tidligere ladet den anden mor, som de arkaisk omtaler som “beldam”, sy knapper over deres øjne. De fortæller Coraline, hvordan den anden mor til sidst blev ked af dem og efterlod dem til at dø og kaste dem til side, men de er fanget der, fordi hun har holdt deres sjæle. Hvis deres sjæle kan reddes fra den anden mor, så kan spøgelserne videregive. Spøgelsesbørnene beder Coraline om at flygte og undgå deres skæbne.efter at den anden mor har frigivet Coraline fra spejlet, foreslår Coraline et spil: hvis hun kan finde spøgelsesbørnenes sjæle og hendes forældre, så kan hun, hendes forældre og spøgelsesbørnene gå fri. Hvis hun taber, vil Coraline lade den anden mor sy knapperne i øjnene og blive en kærlig datter til hende. Den anden mor er enig og sværger på sin mors grav. Coraline kræver, at den anden mor sværger på noget andet, og hun sværger på sin højre hånd.

Coraline søger gennem den anden verden og overvinder den anden mors forhindringer ved at bruge hendes forstand og Miss Spinks heldige sten (den beskyttelse, som katten henviste til) for at finde spøgelsesbørnenes marmorlignende sjæle. Hun udleder også, at hendes forældre er fængslet i en snekugle på kaminhylden. Spøgelsesbørnene advarer hende om, at selvom Coraline vinder, vil den anden mor ikke lade hende gå, så Coraline narrer den anden mor ved at meddele, at hun ved, hvor hendes forældre er skjult: i passagen mellem verdener. Den anden mor kan ikke modstå gloating ved at åbne døren for at vise Coraline, at hendes forældre ikke er der. Når den anden mor åbner døren, kaster Coraline katten mod den anden mor, griber snekuglen og flygter til den virkelige verden med nøglen, og katten følger hurtigt. Mens han flygter, tvinger Coraline døren til at lukke på den anden mors hånd. Tilbage i sit hjem falder Coraline i søvn på en stol. Hun bliver vækket af sine forældre, der ikke har nogen hukommelse om begivenhederne.

den aften har Coraline en drøm, hvor hun møder de tre børn på en picnic. Børnene er klædt i tøj fra forskellige perioder, og man ser ud til at have vinger. De advarer hende om, at hendes opgave stadig ikke er færdig: den anden mor vil forsøge at få hende tilbage og vil forsøge at få nøglen til at åbne døren mellem verdener. Coraline går til den gamle brønd i skoven for at bortskaffe nøglen. Hun foregiver at have en picnic, med picnic tæppet lagt over indgangen til brønden. Den anden mors afskårne hånd forsøger at gribe nøglen, men træder på tæppet og falder ned i brønden. Coraline vender tilbage til huset og hilser sine naboer (som endelig får hendes navn rigtigt) og gør sig klar til skole næste dag.