alkymisten følger rejsen til en andalusisk hyrdedreng ved navn Santiago. At tro en tilbagevendende drøm at være profetisk, spørger han en sigøjner spåmand i den nærliggende by om dens betydning. Kvinden fortolker drømmen som en profeti, der fortæller drengen, at han vil opdage en skat ved de egyptiske pyramider.tidligt på sin rejse møder han en gammel konge ved navn Melkisedek eller kongen af Salem, der beder ham om at sælge sine får for at rejse til Egypten og introducerer ideen om en personlig legende. Din personlige legende “er det, du altid har ønsket at opnå. Alle, når de er unge, ved, hvad deres personlige legende er.”

tidligt i sin ankomst til Afrika frarøver en mand, der hævder at være i stand til at tage Santiago til pyramiderne, ham de penge, han havde tjent ved at sælge sine får. Santiago begiver sig derefter ud på en lang vej med at arbejde for en krystalhandler for at tjene penge nok til at opfylde sin personlige legende og gå til pyramiderne.

undervejs møder drengen en englænder, der er kommet på jagt efter en alkymist og fortsætter sine rejser med sin nye ledsager. Når de når en oase, møder Santiago og forelsker sig i en arabisk pige ved navn Fatima, som han foreslår ægteskab med. Hun lover at gøre det først, når han har afsluttet sin rejse. Frustreret i starten lærer han senere, at ægte kærlighed ikke vil stoppe, og man må heller ikke ofre sin personlige skæbne, for at gøre det frarøver det sandheden.

drengen møder derefter en klog alkymist, der også lærer ham at realisere sit sande selv. Sammen risikerer de en rejse gennem stridende stammers territorium, hvor drengen er tvunget til at demonstrere sin enhed med “verdens sjæl” ved at gøre sig til en simoom, før han får lov til at fortsætte. Da han begynder at grave inden for synet af pyramiderne, han er røvet endnu en gang, men ved et uheld lærer fra lederen af tyvene, at skatten han søgte hele tiden var i den ødelagte kirke, hvor han havde sin oprindelige drøm.