Confocal laser scanning fluorescens mikroskopi (eller ‘confocal’ for kort) gjør det mulig å se på ulike tverrsnitt av en tykk prøve uten faktisk å kutte prøven opp. Dette er spesielt nyttig for å se på biologiske prosesser i levende vev, fordi det kan fortsette å fungere gjennom mikroskopforsøket. Bevegelsen av mitokondrier rundt celler, mitose og endringen i lengden av primære cilia er alle prosesser som er godt egnet til å bli sett på konfokalet.Confocal er også bra for å identifisere spesifikke komponenter (som organeller eller proteiner) i cellen eller vevet som studeres. Komponentene er merket med fluorescerende koder, så laserlys er skinte på prøven. De fluorescerende molekylene lyser sterkt (og alt annet forblir mørkt), så de er enkle å se.

Polarisert lysmikroskopi hjelper oss å lære om mineraler (som de i bergarter) i en prøve. Ulike mineraler vises som forskjellige farger under polarisert lys (lysbølger som vibrerer i bare en retning), så polariserende mikroskoper bruker spesielle filtre for å polarisere lyset som skinner på prøven. Å se på mineraler gjennom et polariserende mikroskop kan gi informasjon om form, størrelse og orientering.