Milano og fem andre byer holdt ut, og i oktober 1238 måtte han heve beleiringen Av Brescia. Det samme året førte ekteskapet Mellom Frederiks sønn Enzio og den Sardinske prinsesse Adelasia og utpekingen Av Enzio som konge Av Sardinia, hvor pavedømmet krevde overherredømme, til det siste bruddet med paven. Gregor IX hadde stor mistro Til Fredrik både i religiøse og politiske saker.: Fredrik skulle ha jested At Moses, Kristus, Og Muhammed var tre bedragere som selv hadde blitt hoodwinked, og i den politiske arenaen paven var redd for at Kirkestaten var i ferd med å bli isolert og omkranset, særlig fordi en pro-imperial parti hadde blitt dannet I Roma. Under påskudd av at keiseren hadde til hensikt å drive Ham fra Roma, ekskommuniserte Gregory Fredrik For Andre Gang På Palmesøndag 20. Mars 1239. Dette var begynnelsen på den siste fasen av den gigantiske kampen mellom pavedømmet og imperiet; det endte med keiserens død og fallet av huset hans.Fredrik motsatte seg ekskommunikasjonen med en rekke viktige manifester, de fleste av dem komponert Av Pietro della Vigna, et medlem av det keiserlige kanselliet, som hadde fremragende litterære gaver. Manifestet understreket at kardinaler var ment å delta i kirkens ledelse, Og Frederick prøvde selv å fremkalle solidaritet blant de verdslige prinsene. Han intensiverte også sine militære aktiviteter i nord-Italia. For å finansiere hans stadig voksende behov for våpen, innførte han en grundig administrativ omorganisering av det keiserlige Italia (blant annet dannelsen av 10 viseregjeringer) og Kongedømmet Sicilia. I tillegg bestemte han den strenge overvåkingen av befolkningen. I Det sentrale Italia tok han offensiven, okkuperte Ancona Og Hertugdømmet Spoleto, og i februar 1240 marsjerte hans hær inn I Pavestaten Og truet Roma. I siste øyeblikk, derimot, paven vant Støtte Fra Romerne.Etter nederlaget Til en genovesisk flåte som brakte delegater til et pavelig råd til Roma, ble mer enn 100 høytstående geistlige-kardinaler og biskoper blant Dem—tatt Som Fredriks fanger til Apulia. Denne militære seieren viste seg imidlertid å være en politisk ulempe: den ga materiale til propaganda som skildret Fredrik som en undertrykker av kirken.Mens Han fortsatt lå i leir før Roma, Mottok Fredrik nyheten Om Pave Gregor ‘ s død og trakk seg deretter tilbake til Sicilia. I Mellomtiden hadde Mongolene invadert Europa. De ble midlertidig stoppet i det ekstremt blodige Slaget Ved Liegnitz i Schlesien den 9. April 1241, men sannsynligvis var det bare den plutselige dødsfallet til deres leder, den store khan Öö, som forhindret Ytterligere Mongolske fremskritt på den tiden.Celestin IVS korte pontifikat ble etterfulgt av et langt interregnum. Da I 1243 Innocent IV ble valgt, Fredrik, på oppfordring fra de tyske fyrstene og Kong Ludvig Ix Av Frankrike, åpnet forhandlinger med den nye paven. Avtalen mellom paven og keiseren virket nært på evakueringen Av De Pavelige Statene, da I juni 1244 Flyktet Innocent byen. I Lyon innkalte han til et konsil for 1245 og i juli samme år avsatte han keiseren, hindringen for forsoning var tilsynelatende Status For De Lombardiske kommunene.kampen mellom keiseren og pavedømmet raste da i full raseri. På den pavelige siden ble keiseren stemplet som forløperen til Antikrist; på den keiserlige siden ble han hyllet som en messias. Keiseren støttet det samtidige kravet om at kirken skulle vende tilbake til fattigdom og hellighet i det tidlige Kristne samfunnet og igjen appellerte Til europas fyrster om å bli med i en defensiv liga mot de maktsyke prelatene. De fleste av fyrstene forble imidlertid nøytrale, og selv om to påfølgende tyske antikonger fikk liten støtte, tapte keiseren stadig terreng I Tyskland.I Mai 1247 Ble Fredriks planlagte reise til Lyon for å føre sin egen sak for det pavelige råd avbrutt av opprøret til Den strategisk plasserte Byen Parma. I kjølvannet av denne fiaskoen gikk mye av det sentrale Italia og Romagna tapt. Året etter skulle keiseren lide ytterligere slag av skjebne; Pietro della Vigna, i mange år keiserens fortrolige, ble anklaget for forræderi og begikk selvmord i fengsel. I Mai 1249 Ble Kong Enzio Av Sardinia, Frederiks favoritt sønn, tatt til Fange av Bolognese og ble holdt fengslet til sin død i 1272.keiserens posisjon, Både I Italia og—gjennom innsatsen Til Hans sønn Konrad IV—I Tyskland, ble bedre da han døde uventet i 1250. Han ble gravlagt i Katedralen I Palermo nær sin første kone, hans foreldre og Hans Normanniske bestefar.

da nyheten om hans død ble publisert, ble Hele Europa dypt rystet. Det oppsto tvil om at Han virkelig var død; falske Fredericks dukket opp overalt; på Sicilia vokste en legende om at han hadde blitt formidlet til Aetna vulkanen; I Tyskland at han var innkapslet i et fjell og ville komme tilbake som siste-dagers keiser for å straffe den verdslige kirken og fredelig gjenopprette Det Hellige Romerske Riket. Men han var også tenkt å leve videre i sine arvinger. Faktisk, men innen 22 år etter hans død, alle av dem var døde: ofre for kampen med pavedømmet at deres far hadde begynt.