共焦点レーザー走査蛍光顕微鏡（または略して”共焦点”）は、実際にサンプルを切断することなく、厚いサンプルの異なる断面 これは顕微鏡の実験を通して作用し続けることができるので生きているティッシュの生物学的プロセスを見るために特に有用である。 細胞のまわりのmitochondriaの動き、有糸分裂および第一次繊毛の長さの変更は共焦点で見られることにうってつけのすべてのプロセスである。

共焦点は、研究されている細胞または組織内の特定の成分（オルガネラまたはタンパク質など）を同定するのにも適しています。

共焦点は、研究され 部品は蛍光札と分類されます、そしてレーザー光線はサンプルで輝いています。 蛍光分子は明るく輝きます（そして他のすべては暗いままです）ので、見やすいです。

偏光光学顕微鏡は、試料中の鉱物（岩石中の鉱物など）について学ぶのに役立ちます。 異なった鉱物は分極されたライト（一方向だけで振動する光波）の下で異なった色として現れる、従って分極の顕微鏡はサンプルで照るライトを分極す 偏光顕微鏡を通して鉱物を見ることは形、サイズおよびオリエンテーションについての情報を提供できます。