実際の頻度計算は、常染色体遺伝子の種の倍数性に依存する。対立遺伝子Aの頻度(p)は、a対立遺伝子のコピー数(i)と母集団またはサンプルサイズ(N)の割合であるため、

p=i/N。

,f(A B){\displaystyle f(\mathbf{AB})}

ab}),f(B B){\displaystyle f(\mathbf{Bb})}

は二つの対立遺伝子を持つ遺伝子座における三つの遺伝子型の頻度であり、母集団におけるa-対立遺伝子の頻度pとb-対立遺伝子の頻度qは対立遺伝子を数えることによって得られる。 p=f(A A)+1 2f(A B)=aの周波数{\displaystyle p=f(\mathbf{AA})+{\frac{1}{2}}f(\mathbf{AB})={\mbox{aの周波数}}}

q=f(B B)+1 2f(A B)=bの周波数{\displaystyle q=f(\mathbf{BB})+{\frac{1}{2}}f(\mathbf{AB})={\mbox{Bの周波数}}}

div Pとqはその遺伝子座に存在する唯一の2つの対立遺伝子の頻度であるため、それらは合計しなければなりません1。 これを確認するには：p+q=f(A A)+f(B B)+f(A B)=1{\displaystyle p+q=f(\mathbf{AA})+f(\mathbf{BB})+f(\mathbf{AB})=1}

q=1−p{\displaystyle q=1-p}

and p=1−q{\displaystyle p=1-Q}

二つ以上の異なる対立遺伝子の形態がある場合、各対立遺伝子の頻度は単にそのホモ接合体の頻度にプラスである。それが現れるすべてのヘテロ接合体の頻度の合計の半分。

（3つの対立遺伝子については、対立遺伝子⇒対立遺伝子および遺伝子型頻度を参照）

対立遺伝子頻度は常に遺伝子型頻度から計算することができるが、逆にはランダム交配のハーディ–ワインバーグ条件が適用されることが必要である。

Exampleeedit

二つの対立遺伝子を運ぶ遺伝子座を考えてみましょう,aとB.二倍体集団で三つの可能な遺伝子型があります,二つのホモ接合遺伝子型(AAとBB),と一つのヘテロ接合遺伝子型(AB). 母集団から10人の個体をサンプリングし、遺伝子型頻度を観察すると、6×2+3=15{\displaystyle6\times2+3=15}

iv id=”6\times2+3=15}3=15

a対立遺伝子のコピーと1×2+3=5{\displaystyle1\times2+3=5}

b対立遺伝子のコピーが観察され、20個の染色体コピーのうち。 A対立遺伝子の頻度pはp=15/20=0.75であり、B対立遺伝子の頻度qはq=5/20=0.25である。