La pneumonie bactérienne, la maladie pulmonaire associée au virus de l’immunodéficience humaine (VIH) la plus fréquente, est une cause fréquente de comorbidité et de mortalité dans la population séropositive. Avant l’introduction de la thérapie antirétrovirale combinée (cART), les taux d’infection par la pneumonie bactérienne variaient de 3.9 à 20 cas pour 100 années-personnes chez des personnes séropositives et étaient principalement dus à des pathogènes opportunistes tels que Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Staphylococcus aureus, ainsi qu’à des infections aiguës à Mycobacterium tuberculosis. Bien que les taux de pneumonie bactérienne aient diminué depuis l’introduction de la cART, les taux restent 10 fois plus élevés chez les personnes infectées par le VIH que chez les personnes en bonne santé. De plus, la pneumonie associée au VIH reste la cause la plus fréquente d’hospitalisation avec jusqu’à 90 cas pour 1 000 personnes par an.

Actuellement, le diagnostic de pneumonie est basé sur les caractéristiques cliniques et les rayons X. Le diagnostic étiologique, cependant, est basé sur des données empiriques, la culture, la sérologie, les techniques d’amplification des acides nucléiques (TAAN) et la bronchoscopie. Lors du choix de l’un de ces diagnostics, un certain nombre de points doivent être pris en compte. Bien que très informatives, les données empiriques (antécédents du patient, voyage récent, exposition à des médicaments par voie intraveineuse, infections antérieures ou exposition aux antibiotiques) ne peuvent que contribuer à réduire la portée de l’infection et ne sont pas définitives. En revanche, la culture permet l’identification bactérienne et est considérée comme la méthode préférée dans le diagnostic. Cependant, les périodes d’incubation peuvent être longues (en fonction du taux de croissance du microorganisme), tous les microbes ne sont pas cultivables et la sensibilité du test diminue si le patient a subi un prétraitement avec des antibiotiques. Les tests sérologiques reposent sur la capacité du patient à monter une réponse anticorps efficace; cependant, dans le cas du VIH, cette réponse est considérablement réduite. Par conséquent, selon le stade de l’infection par le VIH, la sérologie peut ne pas être cliniquement utile. En raison des faibles sensibilités de la sérologie, le TAAN (comme la réaction en chaîne par polymérase) devient l’outil de diagnostic de choix pour l’identification rapide de bactéries atypiques dans des échantillons respiratoires de personnes infectées par le VIH et non infectées. Cependant, bien que le TAAN soit très spécifique, il a été démontré que la sensibilité varie en fonction de l’échantillon de patient testé (par exemple, échantillon nasopharyngé par rapport aux expectorations induites). En outre, bien que la présence du TAAN soit de plus en plus importante dans les pays développés, il n’est toujours pas facilement disponible dans les pays en développement. Dans le cas où un diagnostic définitif ne peut être atteint, des techniques plus invasives (par exemple la bronchoscopie) peuvent être utilisées pour le prélèvement d’échantillons (lavage broncho-alvéolaire ou biopsie). Bien que très bénéfique, la bronchoscopie est actuellement sous-utilisée en ce qui concerne le VIH et l’immunosuppression avancée, bien qu’elle soit recommandée pour les patients présentant un faible nombre de cellules CD4 (< 200 cellules / µl). Cette sous-utilisation est peut-être due au fait que les patients sont trop malades pour subir la procédure BAL, ou en raison du volume élevé de patients immunodéprimés admis à l’hôpital. De plus, cela peut entraîner des complications telles que des saignements et un pneumothorax.

Malgré les progrès technologiques, l’étiologie de la pneumonie associée au VIH est identifiée moins de 60% du temps, de sorte que des recherches sur les agents pathogènes atypiques de la pneumonie sont nécessaires. Les informations disponibles sont limitées concernant la pneumonie bactérienne atypique (c’est-à-dire la pneumonie qui ne répond pas aux bêta-lactamines, l’un des antibiotiques généralement prescrits aux patients atteints de pneumonie présentant des comorbidités), avec encore moins d’informations sur ces infections chez le VIH. En raison du manque de considération, le rôle joué par les bactéries atypiques dans la gravité de la maladie et l’issue du patient dans la pneumonie associée au VIH est inconnu. Par conséquent, cette revue mettra en évidence les bactéries — à savoir Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Coxiella burnetii, espèces de Légionelles et autres — responsables de la pneumonie bactérienne atypique chez le VIH. Plus précisément, la revue explore les connaissances actuelles concernant la prévalence de ces microbes dans la population infectée par le VIH, ainsi que leur présentation clinique, leurs méthodes de détection et leur traitement.

Chlamydophila pneumoniae

La Chlamydophila pneumoniae, un agent pathogène intracellulaire obligatoire qui a causé des infections pulmonaires partout dans le monde, reste un problème particulier dans la population infectée par le VIH. Études de Trinh et al. ont démontré que les taux de pneumonie à C. pneumoniae atteignent 60 % chez les enfants infectés par le VIH traités par la cART. De même, dans la population adulte, les coinfections avec le VIH ont été rapportées entre 3 et 39%. En général, C associé au VIH. il a été démontré que les taux de pneumonie à pneumoniae sont inversement proportionnels au nombre de cellules CD4 du patient, se produisant à 6,8, 15,7 et 25,2% lorsque le nombre de CD4 est supérieur à 500, entre 200 et 500 et inférieur à 200 cellules / µl, respectivement. En d’autres termes, les taux augmentent avec la diminution du CD4, jusqu’à un quart chez les personnes atteintes du VIH à un stade avancé et du CD4 <200. Dans une analyse rétrospective de 319 individus séropositifs adultes infectés par la pneumonie, C. pneumoniae a été cité comme co-pathogène avec d’autres microorganismes dans environ 2,2 % (n = 7) des cas.

Une grande partie de la recherche sur la pneumonie à C. pneumoniae associée au VIH provient de l’ère post-cART avec peu d’informations sur l’effet de ce microorganisme sur le VIH non traité. Cependant, parmi ceux qui ont été rapportés, il a été constaté que le risque de contracter une pneumonie à C. pneumoniae était 5 fois plus élevé chez le VIH non traité que dans la population générale. Indépendamment de ces taux plus élevés, l’évolution clinique de la maladie est similaire dans les deux populations. La maladie se manifeste par une infection respiratoire aiguë (avec pneumonie focale, épanchement pleural ou bronchite), bien que, à mesure que le degré d’immunosuppression augmente, une atteinte pulmonaire interstitielle plus sévère et diffuse et la mort puissent survenir. De même, il a également été démontré que l’infection par la pneumonie à C. provoque des infections chroniques (par exemple, l’artériosclérose ou les maladies cardiovasculaires).

Le diagnostic de la pneumonie à C. pneumoniae associée au VIH dépend de la sérologie et du TAAN. La micro-immunofluorescence (MIF), une technique qui mesure indirectement le C. la réponse anticorps spécifique aux pneumonies nécessite des échantillons de sérum uniques ou convalescents pour différencier une infection récente / actuelle d’une infection précédente. Cependant, des adultes infectés par le VIH sévèrement immunodéprimés (avec un nombre de CD4 < 200 cellules / µL) ont été signalés comme incapables de monter une réponse IgG efficace. Inversement, les patients séropositifs peuvent avoir une infection asymptomatique à C. pneumoniae alors qu’ils sont co-infectés par un autre pathogène causant la pneumonie, ce qui pose une autre limite à l’utilité de ce test diagnostique. Par conséquent, des tests TAAN sur des échantillons respiratoires (écouvillon BAL ou nasophayngeal) sont recommandés car ils se sont révélés prometteurs pour le diagnostic de pneumonie à C. dans le VIH. En fait, la Food and Drug Administration des États-Unis a approuvé un TAAN de filmaray BioFire pour la détection de C. pneumoniae et de M. pneumoniae.

Mycoplasma pneumoniae

Mycoplasma pneumoniae, l’agent pathogène respiratoire à Mycoplasmes le plus courant, représente environ 20% de toutes les pneumonies dans la population générale des États–Unis (États-Unis), et 11,3 à 21.0% (selon la méthode de diagnostic) de toutes les pneumonies de la population américaine infectée par le VIH, avec des taux plus élevés corrélés au degré d’immunosuppression. En effet, dans une étude de Nadagir et al. , 18 des 29 (62%) enfants séropositifs infectés par M. pneumoniae avaient un nombre de cellules CD4 de < 20 cellules/µL. De plus, il a été démontré qu’un CD4 appauvri associé à une maladie à un stade avancé du VIH améliore l’établissement de M. pneumoniae dans les poumons. Cependant, de même que C. pneumoniae, la majorité des données sur M associée au VIH. les infections pulmonaires à pneumoniae proviennent de patients traités par le VIH, avec un minimum d’informations sur son effet sur le VIH non traité.

Les manifestations cliniques de la pneumonie à M. pneumoniae chez le VIH sont similaires à celles observées chez des individus en bonne santé. La toux (rapportée dans 100% des cas), l’anémie, l’arthralgie, la dyspnée et le mal de gorge ainsi que la fièvre, les râles, les infiltrats interstitiels et la pneumonie lobaire sont le plus souvent signalés, rendant le diagnostic presque impossible basé uniquement sur la présentation clinique.

Le diagnostic de M. pneumoniae repose sur la culture, la sérologie et le TAAN. Cependant, l’isolement nécessite jusqu’à 3 semaines d’incubation, ce qui limite le caractère pratique de cette méthode en milieu clinique. De même, le temps est également un facteur limitant pour la sérologie, car il dépend d’un échantillon de sérum de convalescence. De plus, il a été démontré que M. pneumoniae persiste au sein de l’hôte, avec des IgM persistantes détectables des années après l’infection. De plus, en raison du fait que jusqu’à 20% des individus en bonne santé ne développent pas de M. les IgM spécifiques aux pneumonies combinées à la réponse immunitaire altérée associée à l’infection par le VIH, les patients immunodéprimés infectés par le VIH peuvent ne jamais développer une réponse anticorps détectable, ce qui signifie que cette technique n’est pas fiable pour le diagnostic dans cette population. En fait, Shankar et al. a constaté que la culture était plus fiable pour diagnostiquer M. infections à pneumoniae chez des personnes séropositives puisqu’il a pu identifier des infections chez 31% (n = 31) de leur population adulte séropositive, tandis que le test immuno-enzymatique IgM n’en a identifié que 21% (n = 21), soulignant que se fier uniquement à la sérologie pourrait conduire à un faux négatif. Par conséquent, plusieurs laboratoires ont mis au point des méthodes de TAAN (par exemple le TAAN BioFire FilmArray, ou PCR en temps réel) pour la détection de M. pneumoniae, bien que le Center for Disease Control and Prevention ait indiqué que peu de ces méthodes développées sont réellement acceptables pour l’évaluation diagnostique. Néanmoins, ces techniques d’amplification ont démontré des sensibilités et des spécificités plus élevées par rapport à d’autres diagnostics et sont devenues la nouvelle norme pour la détection de la pneumonie à M. pneumoniae dans le VIH.

Coxiella burnetii

Coxiella burnetii (fièvre Q) est une bactérie intracellulaire obligatoire capable de provoquer des maladies aiguës et chroniques chez les individus immunodéprimés et immunocompétents. Cependant, les rapports de pneumonie à fièvre Q associée au VIH sont actuellement limités. Parmi ceux qui ont été signalés, la majorité d’entre eux datent de l’ère pré-cART. Néanmoins, les informations de l’ère pré-cART nous permettent de déduire comment C. burnetii affectera les patients infectés par le VIH non traités, et ceux qui ont déjà été traités avec cART mais qui ont déjà évolué vers le sida.

Dans les années 1990, les taux de pneumonie à fièvre Q étaient de 0,3 % dans la population générale et de 9,7 % dans la population adulte séropositive non traitée. Pendant cette période, les personnes infectées par le VIH étaient 13 fois plus susceptibles de contracter la fièvre Q que les personnes en bonne santé.

Comme les autres pneumonies atypiques, l’évolution clinique de C. la pneumonie à burnetii est similaire chez les personnes séropositives et négatives. Les symptômes peuvent durer jusqu’à 10 jours et sont souvent non spécifiques (par exemple fièvre, maux de tête, toux non productive, myalgie); cependant, dans 90% des cas impliquant le VIH, des nodules pulmonaires se sont manifestés.

Diagnostiquer une pneumonie à fièvre Q associée au VIH peut être très difficile en raison des nombreuses formes cliniques de la maladie (par exemple, une infection pulmonaire aiguë ou chronique) et de la diminution de l’immunité associée au VIH. Le diagnostic est basé sur la sérologie et le TAAN, mais le potentiel de faux négatifs observés en sérologie augmente avec l’avancement de la maladie à VIH. De plus, dans les zones d’endémie de la fièvre Q, des échantillons de sérum uniques peuvent entraîner des faux positifs, de sorte que des échantillons de sérum en convalescence peuvent être nécessaires. Les TAAN et, plus précisément, la PCR — une alternative plus prometteuse avec une spécificité élevée – ne sont pas largement disponibles. En raison du manque de connaissances sur le moment de tester la pneumonie à fièvre Q associée au VIH, les diagnostics de C. burnetii chez les patients infectés par le VIH sont rarement tentés et risquent d’être sous-représentés.

Legionella pneumophila

L’agent pathogène intracellulaire opportuniste Legionella pneumophila est un problème particulier chez les patients immunodéprimés, et on estime qu’il est responsable de 20% de toutes les pneumonies adultes associées au VIH (contre 15% dans la population générale), bien que étonnamment très peu de cas aient été rapportés à ce jour. Parmi les cas enregistrés, beaucoup ont montré que les patients infectés par le VIH (en particulier ceux présentant une immunosuppression avancée) présentent souvent une présentation clinique plus sévère que les individus normaux.

En général, les symptômes de la pneumonie à L. pneumophila sont non spécifiques avec des taux significativement plus élevés de toux, de dyspnée, d’atteinte pulmonaire bilatérale et d’hyponatrémie chez les personnes séropositives. Cependant, des manifestations atypiques impliquant le tractus gastro-intestinal ou le système nerveux central peuvent également survenir, ce qui rend le diagnostic initial assez difficile. Il a été démontré que la cavitation pulmonaire récurrente se produit presque exclusivement chez les patients immunodéprimés et survient souvent peu de temps après le début du traitement. Des complications dues à une insuffisance respiratoire et à des taux de mortalité plus élevés ont également été observées.

Les infections à L. pneumophila peuvent être sous-représentées dans la population séropositive en raison du fait que le dépistage systématique de la légionellose n’est généralement pas effectué et nécessite une demande spéciale du clinicien. Le diagnostic de la pneumonie à L. pneumophila associée au VIH dépend traditionnellement de la culture et du test d’antigène urinaire; cependant, la culture nécessite des milieux spécialisés, plusieurs jours pour la croissance, et n’a toujours qu’une sensibilité d’environ 80%. Pour la sérologie, en fonction de la gravité de l’immunosuppression du patient, L mesurable. l’antigène pneumophile peut ne pas être détectable initialement, ce qui entraîne un faux négatif pour le test de l’antigène urinaire. Dans un cas de Franzin et coll. , un résultat négatif de l’antigène urinaire a reporté le diagnostic de L. pneumophila chez un mâle adulte infecté par le VIH adhérant au cART jusqu’à l’obtention de cultures (plusieurs jours plus tard). Ainsi, le diagnostic définitif de la pneumonie à L. pneumophila associée au VIH dépend de deux méthodes, toutes deux connues pour avoir leurs propres limites respectives. Par conséquent, le TAAN est devenu la nouvelle norme en matière de diagnostic. Les méthodes de PCR en temps réel, ciblant le gène mip de Legionella, sont considérées comme plus spécifiques, sensibles et rapides par rapport aux diagnostics traditionnels (avec un rendement accru d’environ 15% par rapport à la culture) et ont été adaptées pour être utilisées dans de multiples laboratoires; cependant, dans les pays en développement, ces techniques automatisées ne sont pas facilement disponibles. Enfin, les patients séropositifs sont souvent co-infectés par plus d’un agent pathogène, ce qui pourrait masquer une infection par L. pneumophila. Par conséquent, L. pneumophila pourrait jouer un rôle beaucoup plus important que prévu dans la pneumonie associée au VIH.

Légionelles non pneumophiles

La pneumonie d’autres espèces de légionelles non pneumophiles représente 10% de l’ensemble de la légionellose dans la population générale (Legionella micdadei et Legionella bozemanae représentant 90% de ces cas) avec des informations limitées sur ces infections chez le VIH. Cependant, parmi les informations recueillies, il semble que les personnes infectées par le VIH adhérant au cART présentent des taux plus élevés de pneumonie non pneumophile que les personnes en bonne santé.

Dans le VIH traité et non traité, les infections non pneumophiles à Legionella se manifestent généralement par de la fièvre, de la toux, de la dyspnée, de la diarrhée, des douleurs thoraciques pleurales et un épanchement, avec des cas documentés de cavités pulmonaires, de nodules et d’abcès pulmonaires. Des études de l’ère pré-cART indiquent que des taux de mortalité plus élevés sont associés à une infection chez le VIH non traité, bien que cela puisse être dû au fait que ces infections n’ont été rapportées que chez des patients sévèrement immunodéprimés et ne peuvent pas être dues à la virulence des microbes eux-mêmes.

Le diagnostic de pneumonie non pneumophila Legionella associée au VIH nécessite une suspicion clinique élevée. Jusqu’à ce qu’un diagnostic définitif soit atteint, un traitement empirique agressif doit être administré, en particulier chez les patients immunodéficients, afin d’assurer un résultat plus positif. En effet, l’arrêt du traitement empirique chez un adulte immunodéprimé infecté par le VIH malgré une forte suspicion d’infection à la légionelle peut entraîner la mort.

Actuellement, la culture est la meilleure pour diagnostiquer la pneumonie non pneumophile chez le VIH; cependant, les sensibilités varient selon les laboratoires, des sensibilités plus élevées n’ayant été enregistrées que dans des laboratoires présentant un intérêt particulier pour la légionellose. L’antigène urinaire, bien qu’utile pour la détection du sérogroupe 1 de L. pneumophila, est moins sensible pour les autres sérogroupes et est pratiquement inutile pour les espèces non pneumophiles. Les méthodes de TAAN, en particulier la PCR des échantillons des voies respiratoires inférieures, ont démontré des sensibilités élevées (jusqu’à 100%) avec les espèces de Légionelles et peuvent constituer une alternative possible pour détecter la pneumonie non pneumophila Legionella chez les patients infectés par le VIH. Cependant, bien que les tests PCR puissent détecter toutes les différentes espèces de Légionelles avec une spécificité élevée, ils ne sont actuellement pas facilement disponibles pour une utilisation clinique.

On sait peu de choses sur la pneumonie non pneumophile et sa prévalence dans le VIH, ce qui peut simplement être dû au fait que le sérogroupe 1 de L. pneumophila est généralement la seule espèce de Légionelles souvent considérée; le test d’antigène urinaire cible le sérogroupe 1 de L. pneumophila et de nombreux tests sérologiques le font. La distribution des légionelles varie globalement, par conséquent, l’utilité du test d’antigène urinaire doit être validée dans chaque région. De plus, la légionellose associée au VIH due à une non-pneumophile est similaire à L. pneumophila, ce qui pourrait empêcher la différenciation entre ces infections. Pour mieux déterminer le rôle de ces agents pathogènes dans l’infection par le VIH, il est nécessaire de développer davantage de techniques de diagnostic plus appropriées et d’accroître la sensibilisation clinique.

Tropheryma whipplei

Tropheryma whipplei, bien qu’elle ne soit généralement pas considérée comme l’une des bactéries atypiques, a été trouvée dans des échantillons respiratoires de personnes infectées par le VIH traitées à des taux de prévalence plus élevés que la population générale. Actuellement, il n’est pas clair si T. whipplei est un agent pathogène causant la pneumonie ou simplement un organisme commensal, car il a été trouvé dans les cas symptomatiques et asymptomatiques. Bien que certaines études rapportent T. whipplei en tant qu’agent pathogène (et même en attribuant certaines manifestations cliniques à cette bactérie), la prudence est de mise jusqu’à ce que davantage de preuves soient acquises sur le rôle de ce microbe dans la pneumonie associée au VIH.

Traitement de la pneumonie bactérienne atypique chez le VIH

Contrairement à la pneumonie bactérienne typique, la pneumonie bactérienne atypique ne répond pas aux bêta-lactamines, aux aminoglycosides et aux sulfamides; therefore, a 7–10 day course of macrolides (clarithromycin, erythromycin, or azithromycin), doxycycline and/or fluoroquinolones (levofloxacin or moxifloxacin) are required to treat these infections in HIV patients .