Non-fermenting Gram-negative bacilli (NFGNB) other than Pseudomonas Aprameya IV – J Acad Clin Microbiol
EDITORIAL
Year : 2013 | Volume : 15 | Issue : 2 | Page : 59-61
Non-fermenting Gram-negative bacilli (NFGNB) other than Pseudomonas
Indumathi Vrithamani Aprameya
Department of Microbiology, M. S. Ramaiah Medical College, Bangalore, Karnataka, India
| Date of Web Publication | 7-Jan-2014 |
Correspondence Address:
Indumathi Vrithamani Aprameya
Department of Microbiology, M. S. Ramaiah Medical College, Bangalore, Karnataka
India
Source of Support: None, Conflict of Interest: None
DOI: 10.4103/0972-1282.124588
How to cite this article:
Aprameya IV. Non-fermenting Gram-negative bacilli (NFGNB) other than Pseudomonas. J Acad Clin Microbiol 2013;15:59-61
How to cite this URL:
Aprameya IV. Bacilles Gram négatifs non fermentants (NFGNB) autres que les Pseudomonas. J Acad Clin Microbiol 2013; 15:59-61. Disponible auprès de: https://www.jacmjournal.org/text.asp?2013/15/2/59/124588
| Introduction |  |
Les non-fermenteurs sont un groupe hétérogène de bacilles à Gram négatif aérobies, non sporants, qui n’utilisent pas de glucides comme source d’énergie ou les dégradent par des voies métaboliques autres que la fermentation. Étant omniprésents dans la nature, ils n’ont pas été considérés comme des contaminants probables, lorsqu’ils ont été isolés en laboratoire. Cependant, ils sont maintenant devenus d’importants agents pathogènes associés aux soins de santé, car ils ont fait leur place dans l’environnement hospitalier. Les défis émergents de la multirésistance aux médicaments, intrinsèques et acquis parmi eux, préoccupent sérieusement le médecin traitant.
Les non fermenteurs représentent 15% de tous les isolats bactériens d’un laboratoire de microbiologie clinique. Des études publiées dans divers centres citent des taux d’isolement variés des non-fermenteurs allant de 2,18% à 45,9%.
La confusion taxonomique prévaut car il y a une révision continue et bon nombre des souches identifiées n’ont aucune espèce désignée assignée. Ceci est aggravé par les facteurs qui contribuent aux difficultés de les identifier dans le laboratoire de microbiologie clinique de routine. La plupart des espèces sont rarement rencontrées et, par conséquent, le personnel de laboratoire peut ne pas être familier avec bon nombre des non-fermenteurs. Bon nombre des milieux de culture conventionnels ne conviennent pas à l’identification et le contrôle de la qualité des milieux peut être difficile. De nombreuses espèces sont à croissance lente et biochimiquement faibles ou inertes et nécessitent une expérience considérable pour interpréter des résultats équivoques. Les systèmes de kits commerciaux disponibles à l’utilisation sont non seulement coûteux, mais ont souvent une faible précision pour l’identification de certaines souches.
La plupart des laboratoires de microbiologie clinique s’appuient principalement sur les méthodes phénotypiques d’identification. Ceux-ci peuvent inclure des systèmes d’identification manuels ou commerciaux / automatisés, tels que API 20NE, Remel N / F, Vitek 2, Microscan Walkaway, le système Sensititre AP80, le système Phoenix.
Cependant, les études portant sur les performances du système d’identification commerciale ont montré des résultats contradictoires. L’identification par des méthodes phénotypiques conventionnelles peut être difficile et prendre beaucoup de temps. Les techniques d’identification moléculaire apparaissent comme alternatives aux méthodes d’identification phénotypique. Parmi ceux-ci figurent le séquençage des gènes de l’ARNr 16s et la technique de réseau d’ADN (réseau d’oligonucléotides) qui ont été décrites comme une méthode fiable et rapide pour l’identification de bacilles Gram négatifs Non fermentants cliniquement significatifs (NFGNB).
La liste des NFGNB est infinie et dépasse le cadre de cet article. Peu de fermenteurs non cliniquement importants couramment rencontrés autres que les Pseudomonas sont fortement éclairés dans cet article.
| Genre Acinetobacter | |
Comme en témoignent nos données dans l’article spécial de ce numéro, et la plupart des autres études, le non-fermenteur non Pseudomonas le plus courant récupéré à partir d’échantillons cliniques est Acinetobacter. Classé dans la famille Moraxella Plus de Détailsceae, ce genre comprend des coccobacilles à Gram négatif qui sont non mobiles, négatifs à l’oxydase et résistants à la pénicilline. Plus de 25 génomospécies ont été reconnues par hybridation ADN-ADN au sein du genre et sept ont reçu un nom officiel d’espèce. Parmi ceux-ci figurent les espèces Acinetobacter calcoaceticus, A. baumannii, Acinetobacter genomic species 3 et Acinetobacter genomic species 13TU qui ont une relation extrêmement étroite et sont difficiles à distinguer les unes des autres par les seuls tests phénotypiques. Ils ont été regroupés sous le nom de complexe Acinetobacter calcoaceticus-Acinetobacter baumannii.
A. baumannii est saccharolytique, acidifie la plupart des glucides et démontre la production rapide d’acide à partir de 1% et 10% de lactose. Ces caractéristiques peuvent être utilisées pour leur identification présumée dans le laboratoire de diagnostic de routine. Le complexe A. baumannii représente 80% des infections cliniques causées par les espèces d’Acinetobacter, et comprend la pneumonie, la bactériémie, la méningite, les infections des voies urinaires (IVU) et les infections des plaies, dont la plupart sont acquises à l’hôpital. ,
Les acinetobacters sont apparus comme les agents pathogènes les plus efficaces par leur capacité à survivre et à persister dans l’environnement hospitalier pendant de longues périodes, à la fois sur des surfaces sèches et humides. Ceci est aidé par leur capacité à croître à une gamme de températures et de pH différents, contribuant ainsi au développement et à la persistance des épidémies. Ce problème est aggravé par leur capacité à produire des biofilms à la surface des dispositifs médicaux.
On trouve dans cet organisme de multiples mécanismes de résistance qui ont contribué à l’émergence de la multirésistance aux médicaments et aux pan, provoquant une grave inquiétude pour le médecin traitant. ,
Fait intéressant, dans une étude d’une souche épidémique multirésistante d’Acinetobacter en France, un grand îlot de résistance génomique contenant 45 gènes résistants acquis à partir d’autres bacilles à Gram négatif a été rapporté. Les tests de sensibilité aux antibiotiques pour les espèces d’Acinetobacter sont sujets à problèmes et les résultats obtenus en utilisant une dilution microbrouillère standardisée ne concordent pas avec ceux obtenus par la méthode standard de diffusion sur disque, en particulier pour l’association bêta-lactame et inhibiteur de bêta-lactame. Le clinical and laboratory standards institute (CLSI) ne définit pas les lignes directrices pour les tests et l’interprétation de la diffusion de disques pour les nouveaux antibiotiques tels que la tigécycline et la colistine.
| Genre Burkholderia | |
Burkholderia cepacia (B.cepacia)
phytopathogène, B.cepacia est apparu comme une cause d’infection opportuniste, en particulier chez les patients atteints de maladie granulomateuse chronique et de fibrose kystique.
Des études taxonomiques ont démontré que B. cepacia est en fait un groupe d’au moins neuf génomovars étroitement apparentés. Ils sont le plus souvent associés à des épidémies de « syndrome de Cepacia » se manifestant par une insuffisance respiratoire progressive sévère et une bactériémie. Le complexe B. cepacia a été isolé de nombreuses sources d’eau et de surfaces humides, y compris des solutions détergentes et des fluides intraveineux. Une interruption de l’hôpital en raison de la contamination de sources courantes de dispositifs médicaux tels que des nébuliseurs, des désinfectants et des analyseurs de gaz sanguins a été signalée.
L’identification de B. cepacia en laboratoire clinique peut être problématique car il ne s’agit pas d’un phénotype unique. Les systèmes d’identification commerciaux fonctionnent mal.
La culture primaire à partir d’échantillons cliniques peut être réalisée sur des milieux sélectifs tels que la gélose sélective B. cepacia ou la gélose polymyxine bacitricine lactose par fermentation par oxydation (gélose OFPBL) incubée à 35 °C pendant 48 heures. Les colonies apparaissent jaunes en raison de l’utilisation du lactose. L’isolat est faiblement oxydase positive, hydrolyse la lysine et est résistant à la polymyxine B et aux aminoglycosides mais sensible au Co-trimoxazole.
Le traitement de choix est le co-trimoxazole. Le CLSI suggère des tests in vitro pour la Ceftazidime, le méropénème, la Minocycline (tétracycline) et le Co-trimoxazole.
Burkholderia pseudomallei (B.pseudomallei)
Agent causal de la mélioïdose, B. pseudomallei est un agent pathogène du groupe de danger 3 et la sécurité du travailleur de laboratoire est une préoccupation primordiale lors de la manipulation de cet organisme.
B. pseudomallei doit être envisagé chez les patients atteints de pneumonie, de septicémie ou d’abcès ayant des antécédents de voyage vers l’Asie du Sud-Est ou le nord de l’Australie. L’organisme n’est pas difficile à isoler dans des milieux de routine. Cependant, des variations dans la morphologie des colonies peuvent être observées. Il peut croître à 42 ° C. Les frottis colorés au gramme des échantillons cliniques montrent un motif de coloration bipolaire. L’isolement de l’organisme des sites non stériles nécessite l’utilisation d’un milieu sélectif, le milieu d’Ashdown, qui présente des colonies violettes ou violettes rugueuses et ridées après 48 heures. Bacilles Gram négatifs mobiles à oxydase positive qui, peut être identifié par son antibiogramme caractéristique montrant une résistance constitutive à la Polymyxine et à la Gentamicine mais sensible à l’acide Co-amoxyclavulanique, à la tétracycline et au Chloramphénicol. Les kits commerciaux s’identifient bien, dont l’API 20NE est la mieux validée.
Stenotrophomonas maltophilia
C’est le troisième non-fermenteur le plus fréquemment rencontré en pratique clinique. De nature omniprésente, elle peut coloniser les voies respiratoires chez les patients hospitalisés et provoquer des infections nosocomiales telles que les CRBSI (catheter associated blood stream infections), et une pneumonie en particulier chez les patients présentant une malignité hématologique.
Il produit des colonies jaune pâle à vert lavande sur gélose au sang. Il s’agit d’un bacille mobile négatif à l’oxydase qui résiste de manière caractéristique à l’imipénème (Carbapénème), mais qui est sensible à la Colistine, à la Polymyxine, au Cotrimoxazole, à la Minocycline et à la lévofloxacine. C’est un oxydant fort de maltose étant lysine et DNAase positives. La plupart des kits commerciaux sont capables d’identifier cet organisme.
Cependant, il faut faire preuve de prudence lors de la lecture et de l’interprétation des tests de sensibilité aux antibiotiques. Des points extrêmes de fin ont été observés dans les tests de dilution sur gélose et de dilution en bouillon et des lectures faussement sensibles avec le test de diffusion sur disque ont été observées pour la gentamicine et la Ciprofloxacine. De même, des études utilisant le test E ont noté la présence de minuscules micro-colonies ou d’une brume de croissance translucide dans la zone d’inhibition, qui, si elles ne sont pas respectées, pourraient conduire à un résultat faussement sensible.
Le CLSI suggère que les antibiotiques suivants soient testés pour Stenotrophomonas maltophilia. Cotrimoxazole (médicament de choix), Ceftazidime, Lévofloxacine, Minocycline, Chloramphénicol et Ticarcilline. La CMI par dilution de bouillon est recommandée pour tester la Ceftazidime, le chloramphénicol et la ticarcilline, car la méthode de diffusion sur disque n’est pas fiable.
Chryseobacterium meningosepticum (Elizabethkingia meningosepticum)
Bien que rare, il est important d’identifier cet organisme car il peut provoquer des épidémies dans les unités de pépinière et est associé à des taux de mortalité élevés (50%). Saprophyte du sol, il peut contaminer les articles de soins aux patients, entraînant une méningite néonatale ou une septicémie.
L’organisme produit des colonies pigmentées jaune pâle sur gélose au sang, dont la croissance peut prendre plus de 24 heures. C’est un bâtonnet Gram négatif non mobile, c’est-à-dire oxydase positive, indole positive, hydrolyse l’esculine et la gélatine et démontre un test ONPG positif. L’isolat est sensible à la pénicilline, à la vancomycine, au Cotrimoxazole et aux Fluoroquinolones. ,
Cet organisme possède deux types de bêta-lactamases : les bêta-lacatamases à spectre étendu (BLSE) et les métallo-bêta-lactamases (LBC) qui confèrent une résistance aux céphalosporines et aux carbapénèmes. Par conséquent, les antibiotiques utilisés dans le traitement des infections à Gram négatif ne peuvent pas être utilisés pour traiter les infections à Chryseobacterium. Des MICs pour la vancomycine sur des isolats cliniquement significatifs doivent être effectués. Les tests de diffusion sur disque ne sont pas fiables.
| Conclusion | |
Tous les laboratoires de microbiologie clinique doit être conçu pour identifier avec précision les non-fermenteurs et la signification clinique d’un isolat doit être déterminée au cas par cas. Une identification précise est importante pour une prise en charge optimale du patient, un pronostic et une intervention appropriée de contrôle des infections. Le type de système d’identification utilisé par le laboratoire doit être laissé à la discrétion du microbiologiste clinique. Cependant, il est essentiel de s’assurer que la qualité et les performances des systèmes sont validées périodiquement.
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