L’alchimiste suit le voyage d’un berger andalou nommé Santiago. Croyant qu’un rêve récurrent est prophétique, il interroge une diseuse de bonne aventure gitane de la ville voisine sur sa signification. La femme interprète le rêve comme une prophétie disant au garçon qu’il découvrira un trésor aux pyramides égyptiennes.

Au début de son voyage, il rencontre un vieux roi nommé Melchizédek, ou le roi de Salem, qui lui dit de vendre ses moutons, afin de se rendre en Égypte, et lui introduit l’idée d’une Légende personnelle. Votre légende personnelle » est ce que vous avez toujours voulu accomplir. Tout le monde, quand il est jeune, sait quelle est sa légende personnelle. »

Au début de son arrivée en Afrique, un homme qui prétend pouvoir emmener Santiago aux pyramides le prive de l’argent qu’il avait gagné en vendant ses moutons. Santiago se lance alors dans un long chemin de travail pour un marchand de cristal afin de gagner suffisamment d’argent pour accomplir sa légende personnelle et aller aux pyramides.

En chemin, le garçon rencontre un Anglais venu à la recherche d’un alchimiste et poursuit ses voyages avec son nouveau compagnon. Lorsqu’ils atteignent une oasis, Santiago rencontre et tombe amoureux d’une fille arabe nommée Fatima, à qui il propose le mariage. Elle promet de le faire seulement après qu’il aura terminé son voyage. Frustré au début, il apprend plus tard que le véritable amour ne s’arrêtera pas et qu’il ne faut pas y sacrifier son destin personnel, car cela le prive de vérité.

Le garçon rencontre alors un alchimiste sage qui lui apprend également à réaliser son vrai soi. Ensemble, ils risquent un voyage à travers le territoire des tribus en guerre, où le garçon est obligé de démontrer son unité avec « l’âme du monde » en se transformant en simoom avant d’être autorisé à continuer. Quand il commence à creuser à la vue des pyramides, il est à nouveau volé, mais apprend accidentellement du chef des voleurs que le trésor qu’il a cherché tout au long était dans l’église en ruine où il avait son rêve original.