Les calculs de fréquence réels dépendent de la ploïdie de l’espèce pour les gènes autosomiques.

MonoploïdsEdit

La fréquence (p) d’un allèle A est la fraction du nombre de copies (i) de l’allèle A et de la population ou de la taille de l’échantillon (N), donc

p = i/N. {\displaystyle p=i/N.}

DiploïdsEdit

If f(A A) {\displaystyle f(\mathbf{AA})}

, f(A B) {\displaystyle f(\mathbf{AB})}

, et f(B B){\displaystyle f(\mathbf{BB})}

sont les fréquences des trois génotypes à un locus avec deux allèles, puis la fréquence p de l’allèle A et la fréquence q de la Les allèles B dans la population sont obtenus en comptant les allèles. p = f(A A) + 1 2 f(A B) = fréquence d’un {\displaystyle p = f(\mathbf{AA}) + {\frac{1}{2}} f(\mathbf{AB}) = {\mbox {fréquence d’un}}}

q = f(B B) + 1 2 f(A B) = fréquence de B {\displaystyle q = f(\mathbf{BB}) +{\frac{1}{2}} f(\mathbf{AB}) = {\mbox{fréquence de B}}}

Puisque p et q sont les fréquences des deux seuls allèles présents à ce locus, ils doivent s’additionner à 1. Pour vérifier ceci:

p + q = f(A A) + f(B B) + f(A B) = 1 {\displaystyle p + q = f(\mathbf{AA}) +f(\mathbf{BB}) +f(\mathbf{AB}) = 1}

q= 1−p {\displaystyle q=1-p}

et p=1−q {\displaystyle p=1-q}

S’il y en a plus plus que deux formes alléliques différentes, la fréquence de chaque allèle est simplement la fréquence de son homozygote plus la moitié de la somme des fréquences pour tous les hétérozygotes dans lesquels il apparaît.

(Pour 3 allèles, voir Allèle § Allèle et fréquences du génotype)

La fréquence des allèles peut toujours être calculée à partir de la fréquence du génotype, alors que l’inverse nécessite que les conditions d’accouplement aléatoire de Hardy–Weinberg s’appliquent.

Exemplemodifier

Considérons un locus qui porte deux allèles, A et B. Dans une population diploïde, il existe trois génotypes possibles, deux génotypes homozygotes (AA et BB) et un génotype hétérozygote (AB). Si nous échantillonnons 10 individus de la population et que nous observons les fréquences de génotype

1. freq(AA)= 6
2. freq(AB) =3
3. freq(BB) = 1

alors il y a 6 × 2 +3= 15 {\displaystyle 6\fois 2 +3 =15}

copies observées de l’allèle A et 1 × 2 +3=5 {\displaystyle 1\times 2+3=5}

de l’allèle B, sur 20 copies chromosomiques totales. La fréquence p de l’allèle A est p = 15/20 = 0,75 et la fréquence q de l’allèle B est q = 5/20 = 0,25.