La classification des organismes vivants est appelée taxonomie et vise à classer les organismes vivants en les différenciant et en établissant des relations entre groupes d’organismes.

Le royaume des organismes vivants a été qualifié de domaine par Carl R. Woese en 1978.Les organismes sont regroupés en trois systèmes de domaines, à savoir les eucaryotes, les archées et les bactéries, principalement en fonction du type cellulaire. Outre le type cellulaire, les différences d’ARNr, les trois domaines diffèrent par la structure des lipides membranaires, les molécules d’ARN de transfert et la sensibilité aux antibiotiques expliquent également la classification des organismes.

• La bactérie du domaine comprend tous les procaryotes pathogènes et non pathogènes, ils ont une paroi cellulaire composée de peptidoglycane et d’acide muramique. Ils ont également des lipides membranaires avec des acides gras à chaîne droite liés à des ester qui ressemblent à des lipides membranaires eucaryotes. Les bactéries ont également des plasmides, qui sont de petites DNAmolécules double brin extrachromosomiques.
• Les archées du domaine comprennent trois grands groupes à savoir les méthanogènes, les halophiles extrêmes et les hyperthermophiles. Ils manquent d’acide muramique dans les parois cellulaires.
• Les eucaryotes comprennent les organismes eucaryotes comme les animaux, les plantes, les champignons et les protistes et ont un noyau défini et des organites liés à la membrane

Le schéma de classification taxonomique des procaryotes est élaboré dans le Manuel de bactériologie systématique de Bergey qui décrit la classification des procaryotes en deux domaines: les bactéries et Archaea.

Une autre classification du domaine est la suivante –

• Domaine
• Royaume
• Phyla
• Classe
• Ordre
• Famille
• Genre
• Espèce

La nomenclature binomiale (scientifique) attribue à chaque microbe 2 noms – Genre–nom, toujours en majuscule et espèce–adjectif, minuscule. Les deux sont écrits en italique ou soulignés. Ex. Staphylococcus aureus (S. aureus), Escherichia coli (E. coli)

Le groupe taxonomique de base de la taxonomie microbienne est l’espèce. Les taxonomistes travaillant avec des organismes supérieurs définissent leurs espèces différemment des microbiolo-gistes. Les espèces procaryotes sont caractérisées par des différences dans leur phénotype etgenotype. Le phénotype est la collection de caractéristiques visibles et le comportement d’un microorganisme. Le génotype est la composition génétique d’un microorganisme

Le manuel de Bergey fournit un schéma de classification des bactéries ainsi qu’une référence pour l’identification de différentes bactéries dans le laboratoire. Selon le manuel de bactériologie déterminative de Bergey, les bactéries sont identifiées sur la base de la coloration des caractéristiques morphologiques, des tests biochimiques, de la sérologie, du contenu en G-C, des sondes d’ADN et de différents tests moléculaires. En plus des propriétés énumérées dans Bergey’s, la source et l’habitat des microorganismes sont également importants à prendre en compte lors de l’identification des microorganismes.

Points à retenir:

1. La taxonomie est la science qui traite de la classification des organismes vivants sur la base de caractéristiques similaires et différentes des autres organismes et qui établit des relations entre des groupes d’organismes.
2. Tous les organismes vivants sont regroupés en trois systèmes de domaines, à savoir les eucaryotes, les archées et les bactéries, principalement sur la base du type cellulaire.
3. Le schéma de classification taxonomique des procaryotes est élaboré dans le Manuel de Bactériologie systématique de Bergey selon lequel les procaryotes sont divisés en deux domaines: les bactéries et les Archées