Las ballenas generalmente tienen cuatro aletas: dos aletas pectorales (en lugar de brazos), una aleta caudal (también llamada cola) y una aleta dorsal. La aleta caudal se utiliza para la propulsión del animal, con movimientos hacia arriba y hacia abajo creados por poderosos músculos a lo largo del pedúnculo. Las dos aletas pectorales sirven como timones y estabilizadores de las ballenas.

La ballena jorobada destaca por sus largas aletas pectorales que pueden alcanzar un tercio de la longitud de su cuerpo. Se cree que es el apéndice más grande del reino animal. Esta característica explica su nombre científico, Megaptera novaeangliae, que significa «grandes alas de Nueva Inglaterra», también en referencia al lugar donde la especie fue descrita por primera vez por los balleneros. Se han planteado varias hipótesis para explicar la evolución de las aletas pectorales sobredimensionadas en las ballenas jorobadas. Persisten dos teorías. El primero sugiere que, con sus grandes superficies, estos apéndices podrían ser muy útiles para la termorregulación de esta especie, que migra entre un clima frío y un clima cálido. La segunda hipótesis enfatiza la maniobrabilidad que ofrecen las aletas largas. De hecho, las ballenas jorobadas tienen comportamientos exuberantes que a menudo involucran las aletas pectorales, como rodarse sobre sí mismas y bucles submarinos; se cree que estos comportamientos se ven facilitados por la maniobrabilidad y el control que ofrecen las aletas pectorales. Además, durante la temporada de cría, los machos usan sus aletas para luchar o para cortar frente a sus competidores.