En el libro Nuevas religiones y la imaginación Teológica en América (1995) de Mary Farrell Bednarowski, el autor comenta que «En el juego de la vida tal como lo entiende Scientology, el pecado no requiere arrepentimiento tanto como la erradicación del error, y eso debe venir a través de la tecnología, el proceso de auditación, a veces referido como asesoramiento pastoral. De hecho, con respecto a deshacerse del pecado, Scientology ve paralelos entre los objetivos de su tecnología y la acción salvadora de Jesús. Bednarowski cita de la publicación de Scientology El Catecismo de Scientology al señalar estos paralelismos entre la misión declarada de los Scientologists y las enseñanzas impartidas por Cristo a sus discípulos. Señala que el fundador de Scientology, L. Ronald Hubbard, no es considerado en Scientology como un «divino salvador», sino más bien como un»amigo amado y maestro». En Signs of the Times: The New Religious Movements in Theological Perspective (1996), John A. Saliba cita a Mary Bednarowski ,y continúa señalando que » Helle Medgaard afirma que Scientology también malinterpreta a Jesús y repudia la doctrina cristiana clave del perdón de pecados. En su libro La Sociología de los Movimientos Religiosos (1996), William Sims Bainbridge cita la investigación de Roy Wallis, al señalar «Scientology … no tiene conexión discernible con el cristianismo».

En 1997, la administradora de Scientology Peggy Crawford dijo en una declaración a The Commercial Appeal: «Definitivamente creemos en Dios y creemos en los individuos como seres espirituales. El profesor Paul Blankenship del Seminario Teológico de Memphis estudió Scientology y comentó sobre este punto de vista, diciendo: «No hablan mucho de Dios o Jesús. Es más aclarar tu mente, y pude ver cómo podrían decir que eso podría ser compatible. Scientology no se ha convertido realmente en una tradición religiosa completa. Pueden desarrollarse muy bien.

El Reverendo Raymond Guterman de la Iglesia Presbiteriana de Northwood en Clearwater, Florida, dio un sermón en 2001 titulado: «Por qué Scientology no es una Iglesia». «Yo no soy anti-Scientology; yo no soy pro-Scientology. Simplemente no entiendo exactamente individualmente por qué se llama la Iglesia de Scientology y por qué habría una cruz, incluso si es una cruz diferente. Cuando veo la cruz, pienso en Cristo. Si Cristo no es el centro de Scientology, entonces, ¿por qué una organización usaría la cruz y se llamaría a sí misma iglesia? Solo me preguntaba, pero en realidad no planeo decir nada de ese domingo», dijo el Reverendo Guterman. Explicó que, en su opinión, Scientology no era una «iglesia» porque no seguía las palabras de Jesucristo y lo aceptaba como salvador, y por esta razón dijo: «en mi opinión, no es una iglesia.»La representante de Scientology, Pat Harney, se puso en contacto con el Reverendo Guterman y le dijo al St.Petersburg Times que pensaba que estaba usando Scientology para generar interés. «Hay una definición de’ iglesia ‘ en el diccionario. Se llama congregación. Hay una definición de la palabra «iglesia» que se aplica. Entiendo su perspectiva cristiana. En verdad, la derivación de la palabra ‘iglesia’ es anterior al cristianismo», dijo Harney. El St. Petersburg Times señaló que la discusión pública de Scientology del Reverendo Guterman de tal manera era «virtualmente inaudita» en Clearwater, Florida, debido a la gran presencia de Scientology en el área.

Calvin Miller comenta en Miracles and Wonders (2003) que L. Ronald Hubbard «se aferró a nociones tan extrañas, mezclando su Jesús con la teología espacial.Escribiendo en el Libro de Larson de Religiones Mundiales y Espiritualidad Alternativa (2004), Bob Larson señala que «En su libro de 1952 titulado Scientology: Hubbard incluso adaptó las palabras de Jesús que se encuentran en Mateo 11: 5 para describir su nueva enseñanza. El autor Steven Hutson escribe en Lo que Nunca Te Enseñaron en la Escuela Dominical (2006) que «La Iglesia de Scientology reconoce a Jesús como una parte de su herencia religiosa. Y esta misma «herencia» también incluye a Zoroastro (un antiguo profeta persa), Sócrates (el sabio griego) y una amplia variedad de otras filosofías y religiones.

Mientras Hubbard puso en duda de dónde se originó la Biblia, Scientology afirma que «no entra en conflicto con otras religiones o prácticas religiosas, ya que las aclara y aporta comprensión de la naturaleza espiritual del Hombre.»Martin y Zacarías escriben en El Reino de los Cultos (2003), diferenciando la verdad en Scientology y en las enseñanzas de Jesús. Mientras que Jesús dio «un estándar objetivo de verdad: él mismo», dijo Hubbard,» Conócete a ti mismo y la verdad te hará libre», expresando la subjetividad y la existencialidad de la verdad en Scientology, en comparación con la centralidad de Jesús en la búsqueda de la verdad en el cristianismo. Martin y Zacarías señalan además que hay contradicciones significativas entre la Biblia y los escritos de Scientology y que Jesús «no dio crédito a otras escrituras ni a puntos de vista distorsionados de Dios.»

R. Philip Roberts escribe en The Apologetics Study Bible (2007): «Scientology hace ocasional referencia a Jesucristo en sus escritos y usa como símbolo una cruz con destellos en cada extremo. Pero a pesar de que se refiere a sí misma como una iglesia y a veces puede usar terminología y simbolismo cristiano, es claramente no bíblica en su punto de vista de Dios, Jesús, las Escrituras, la salvación y otras doctrinas importantes. Roberts continúa señalando que » Scientology no acepta los conceptos bíblicos de Jesús como Dios el Verbo encarnado. Tampoco pone énfasis en la muerte y resurrección sustitutiva de Jesús. Más bien, ve a Jesús como un defensor de la reencarnación y otros conceptos místicos orientales. En su libro de 2007 The Bible Answer Book for Students, el autor Hank Hanegraaff escribe: «Aunque la iglesia afirma ser compatible con el cristianismo, las dos estructuras de creencias, una arraigada en la ciencia ficción y la otra en los hechos soteriológicos, son contradictorias y no pueden armonizarse.»Hanegraaff explica la naturaleza de los conceptos de Scientology de auditación, engramas y thetanes, y concluye: «Scientology es un rechazo de las doctrinas bíblicas de la creación, el pecado original y la salvación exclusiva a través de Jesucristo.»

La Iglesia de Scientology afirma que su sistema de creencias es diferente del cristianismo porque se basa » únicamente en la razón «y que sus miembros» poseen un sistema práctico de ética y justicia».»La iglesia también afirma que» cualquier cosa que los maestros religiosos dijeran o que Buda prometiera, incluso las visiones del cristianismo, se logran en Scientology como resultado.»Muck, Netland y McDermott enfatizan que esto muestra claramente que Scientology es incompatible con el cristianismo.