El Alquimista sigue el viaje de un pastor andaluz llamado Santiago. Creyendo que un sueño recurrente es profético, le pregunta a un adivino gitano en la ciudad cercana sobre su significado. La mujer interpreta el sueño como una profecía que le dice al niño que descubrirá un tesoro en las pirámides egipcias.

Al principio de su viaje, conoce a un viejo rey llamado Melquisedek, o el rey de Salem, que le dice que venda sus ovejas, para viajar a Egipto, e introduce la idea de una Leyenda Personal. Tu Leyenda Personal » es lo que siempre has querido lograr. Todos, cuando son jóvenes, saben cuál es su Leyenda Personal.»

A principios de su llegada a África, un hombre que afirma ser capaz de llevar a Santiago a las pirámides en su lugar le roba el dinero que había ganado vendiendo sus ovejas. Santiago se embarca en un largo camino de trabajo para un comerciante de cristal con el fin de ganar suficiente dinero para cumplir con su leyenda personal e ir a las pirámides.

En el camino, el niño conoce a un inglés que ha venido en busca de un alquimista y continúa sus viajes con su nuevo compañero. Cuando llegan a un oasis, Santiago conoce y se enamora de una chica árabe llamada Fátima, a quien le propone matrimonio. Ella promete hacerlo solo después de que él complete su viaje. Frustrado al principio, más tarde aprende que el amor verdadero no se detendrá ni debe sacrificarse por él el destino personal, ya que hacerlo le roba la verdad.

El niño se encuentra con un alquimista sabio que también le enseña a darse cuenta de su verdadero ser. Juntos, se arriesgan a un viaje a través del territorio de las tribus en guerra, donde el niño se ve obligado a demostrar su unidad con «el alma del mundo» convirtiéndose en un simoom antes de que se le permita continuar. Cuando comienza a cavar a la vista de las pirámides, es robado una vez más, pero accidentalmente se entera del líder de los ladrones que el tesoro que buscó todo el tiempo estaba en la iglesia en ruinas donde tuvo su sueño original.