El Cuerno de África ha sido una fuente reconocida de recursos biológicos durante miles de años. Los antiguos egipcios, griegos y romanos enviaron expediciones y caravanas a la región para obtener incienso, mirra y otros productos naturales que se llevarían al Norte a lo largo de la ruta del incienso a través de los desiertos árabes.

Plantas

Aunque la investigación de la flora del Cuerno de África aún está en curso, las mejores estimaciones posibles son que hay alrededor de 5.000 especies de plantas vasculares en la región, de las cuales poco más de la mitad—unas 2.750 especies —son endémicas. Hay fuertes concentraciones de especies endémicas en el norte de Somalia y en el archipiélago de Socotra.

Durante miles de años, varias especies de árboles nativos han proporcionado las materias primas para algunos de los productos básicos más importantes del Cuerno de África, incluido el incienso (de Boswellia sacra en Somalia, Yemen y Omán, y B. frereana en Somalia), mirra (de la extendida Commiphora myrrha y C. guidottii en Somalia y el este de Etiopía) y árbol de sangre de dragón o cinabrio (de la Vulnerable Dracaena cinabri, encontrada en Socotra). El árbol de sangre de dragón se usa como medicamento y tinte. La producción de incienso y mirra sigue siendo una actividad económica importante en Somalia y, en cierta medida, en Etiopía y el norte de Kenya.

En los últimos 30 años se han descubierto cientos de nuevas especies solo en Somalia, entre las que destaca el ciclamen somalí (Cyclamen somalense). Conocida solo en una pequeña área en el norte de Somalia, la planta fue un descubrimiento sorprendente en África tropical, ya que el género Ciclamen se encuentra solo en la región mediterránea.

Aves

De las 697 especies de aves registradas regularmente en el punto caliente, 24 son endémicas. Siete de estas especies se encuentran solo en Somalia.

Una de las especies de aves endémicas más notables en el punto caliente es el linar de Warsangli (Linariajohannis), en peligro de extinción, localmente común en escarpes altos y escarpados a lo largo del Golfo de Adén en el norte de Somalia. Otra especie insignia importante es el francolín de Yibuti (Pternistis ochropectus), en peligro crítico, que solo se encuentra en dos sitios de Yibuti, Forêt de Day, que se cree que es el único sitio viable para esta especie en peligro, y las cercanas montañas Mabla.

Mamíferos

Casi 220 especies de mamíferos se encuentran en el Cuerno de África, aunque solo unas 20 son endémicas del punto caliente. Las endémicas más notables son varias especies de antílopes, incluyendo la beira (Dorcatragus megalotis), el dibatag (Ammodorcas clarkei), la gacela de Speke en peligro de extinción (Gazella spekei) y el dikdik plateado (Madoqua piacentinii).

El punto caliente también es el hogar del asno salvaje somalí (Equus africanus somaliensis) y el jabalí del desierto (Phacochoerus aethiopicus), en peligro crítico de extinción.

El babuino hamadryas (Papio hamadryas), que se consideraba sagrado en el antiguo Egipto y a menudo momificado, es hoy endémico de las laderas y escarpes que bordean el sur del Mar Rojo y el Golfo de Adén.

Reptiles

Los niveles más altos de endemismo en el Cuerno de África ocurren entre los reptiles, con más de 90 de alrededor de 285 especies que no se encuentran en ningún otro lugar. Los seis géneros de reptiles endémicos del hotspot incluyen Haackgreerius, un género monotípico de piel de oveja que se encuentra en Somalia, y Aeluroglena, que está representada por una sola especie de serpiente. La mitad de los géneros endémicos están restringidos a Socotra, incluyendo las dos especies de gecos de Haemodracon y dos géneros de serpientes, Ditypophis y Pachycalamus, representados por una sola especie endémica.

Anfibios

A diferencia de los reptiles, los anfibios están relativamente poco representados en el Cuerno árido de África, con casi 30 especies registradas, de las cuales al menos seis son endémicas. Solo hay un género endémico, Lanzarana, que está representado por una especie, la rana de Lanza (L. largeni) de Somalia. A pesar de los hábitats adecuados, no se sabe que existan anfibios en Socotra.

Peces de agua dulce

Se estima que hay 100 especies de peces de agua dulce en el Cuerno de África, de las cuales unas 10 son endémicas. Estas especies endémicas incluyen tres especies que habitan en cuevas que solo se encuentran en Somalia, dos de las cuales, la púa ciega somalí (Barbopsis devecchii) y el pez cavernícola somalí (Phreatichthys andruzzii), son ciegos.

No se conocen con certeza peces nativos de agua dulce de Socotra, pero las poblaciones de carpa de dientes árabes Aphanius dispar se han introducido en algunas aguas como parte de un programa contra la malaria.