Die konfokale Laserscanning-Fluoreszenzmikroskopie (kurz ‚konfokal‘) ermöglicht es, verschiedene Querschnitte einer dicken Probe zu betrachten, ohne die Probe tatsächlich zu zerschneiden. Dies ist besonders nützlich, um biologische Prozesse in lebendem Gewebe zu betrachten, da es während des gesamten Mikroskopexperiments weiter funktionieren kann. Die Bewegung der Mitochondrien um die Zellen, die Mitose und die Längenänderung der primären Zilien sind alles Prozesse, die sich gut für die konfokale Betrachtung eignen.

Konfokal eignet sich auch gut zur Identifizierung spezifischer Komponenten (wie Organellen oder Proteine) in der untersuchten Zelle oder im untersuchten Gewebe. Die Komponenten werden mit fluoreszierenden Tags markiert, dann wird Laserlicht auf die Probe gerichtet. Die fluoreszierenden Moleküle leuchten hell (und alles andere bleibt dunkel), so dass sie leicht zu sehen sind.

Die Polarisationslichtmikroskopie hilft uns, Mineralien (z. B. in Gesteinen) in einer Probe kennenzulernen. Verschiedene Mineralien zeigen sich als verschiedene Farben unter polarisiertem Licht (Lichtwellen, die nur in eine Richtung schwingen), so dass Polarisationsmikroskope spezielle Filter verwenden, um das Licht zu polarisieren, das auf die Probe scheint. Die Betrachtung von Mineralien durch ein Polarisationsmikroskop kann Informationen über ihre Form, Größe und Orientierung liefern.