Coraline Jones und ihre liebevollen Eltern ziehen in ein altes Haus, das in Wohnungen aufgeteilt wurde. Zu den anderen Mietern gehören Miss Spink und Miss Forcible, zwei ältere Frauen, die sich von der Bühne zurückgezogen haben, und Mr. Bobo, anfangs als „der verrückte alte Mann oben“ bezeichnet, der behauptet, einen Mauszirkus zu trainieren. Die Wohnung neben Coraline ist unbesetzt, und eine kleine Tür, die sie verbindet, zeigt sich, dass sie beim Öffnen zugemauert ist.

Coraline besucht ihre neuen Nachbarn. Mr. Bobo gibt ihr eine Nachricht von seinen Mäusen weiter: „Geh nicht durch die Tür.“ Coraline trinkt auch Tee mit Miss Spink und Miss Forcible, und Miss Spink spioniert Gefahr in Coralines Zukunft aus, nachdem sie ihre Teeblätter gelesen hat.

Trotz dieser Warnungen beschließt Coraline, die Tür aufzuschließen, wenn sie alleine zu Hause ist. Dieses Mal findet sie die Mauer hinter der Tür ist weg. An seiner Stelle befindet sich ein langer Flur, der zu einer Wohnung führt, die mit ihrer eigenen identisch ist, außer dass sie von der „Anderen Mutter“ und dem „Anderen Vater“ bewohnt wird, die schwarze Knöpfe für die Augen haben. Die andere Mutter ist deutlich größer und dünner als ihre echte Mutter. Ihr schwarzes Haar scheint sich von selbst zu bewegen, ihre Haut ist papierweiß und ihre Nägel sind lang und rot. Coraline findet die „Andere Welt“ interessanter als ihre eigene; Die andere Mutter kocht Essen, das sie tatsächlich genießt, ihre beiden anderen Eltern schenken ihr mehr Aufmerksamkeit, ihre Spielzeugkiste ist gefüllt mit animierten Spielsachen, die sich bewegen und fliegen können, die andere Miss Spink und Miss Forcible führen in ihrer Wohnung einen nie endenden Akt auf, und der andere Mr. Bobo führt einen Mauszirkus auf. Sie findet sogar, dass die wilde schwarze Katze, die in der realen Welt durch das Haus wandert, sprechen kann. Die Katze identifiziert sich als dieselbe Katze, die in der realen Welt lebt und die Fähigkeit besitzt, durch die Lücken zwischen den beiden Welten zu reisen. Obwohl absichtlich unhöflich und wenig hilfreich für den größten Teil des Gesprächs, es lobt sie kurz dafür, dass sie „Schutz“ gebracht hat,verschwindet dann.Nachdem Coraline in die Kopie ihrer Wohnung zurückgekehrt ist, bietet die andere Mutter Coraline die Möglichkeit, für immer in der Anderen Welt zu bleiben, aber um dies zu tun, muss Coraline zulassen, dass Knöpfe in ihre Augen genäht werden. Coraline ist entsetzt und kehrt durch die Tür zu ihrem Haus zurück. Als Coraline in ihre Wohnung zurückkehrt, stellt sie fest, dass ihre wahren Eltern vermisst werden. Sie kehren am nächsten Tag nicht zurück, und die schwarze Katze weckt sie und bringt sie zu einem Spiegel in ihrem Flur, durch den sie ihre gefangenen Eltern sehen kann. Sie signalisieren ihr, indem sie „Hilf uns“ auf das Glas schreiben, woraus Coraline ableitet, dass die andere Mutter sie entführt hat. Sie ruft zuerst die Polizei, aber sie glauben ihr nicht. Also geht Coraline, obwohl sie Angst vor der Rückkehr hat, zurück in die Andere Welt, um die andere Mutter zu konfrontieren und ihre Eltern zu retten. Im Garten, Coraline wird von der Katze aufgefordert, die andere Mutter herauszufordern, als „ihre Art von Dingen liebt Spiele und Herausforderungen.“ Die andere Mutter versucht Coraline zu überzeugen, zu bleiben, aber Coraline weigert sich und wird zur Strafe in einem kleinen Raum hinter einem Spiegel eingesperrt.

In dem kleinen dunklen Schrankraum trifft sie auf drei Geisterkinder. Jeder hatte in der Vergangenheit die andere Mutter, die sie archaisch als „Beldam“ bezeichnen, Knöpfe über ihre Augen nähen lassen. Sie erzählen Coraline, wie die andere Mutter sich schließlich mit ihnen langweilte, sie sterben ließ und sie beiseite warf, aber sie sind dort gefangen, weil sie ihre Seelen behalten hat. Wenn ihre Seelen von der anderen Mutter gerettet werden können, können die Geister weitergehen. Die Geisterkinder flehen Coraline an, zu fliehen und ihrem Schicksal zu entgehen.

Nachdem die Andere Mutter Coraline aus dem Spiegel befreit hat, schlägt Coraline ein Spiel vor: Wenn sie die Seelen der Geisterkinder und ihre Eltern finden kann, können sie, ihre Eltern und die Geisterkinder frei gehen. Wenn sie verliert, lässt Coraline die andere Mutter die Knöpfe in ihre Augen nähen und wird eine liebevolle Tochter für sie. Die andere Mutter stimmt zu und schwört auf das Grab ihrer Mutter. Coraline verlangt, dass die Andere Mutter auf etwas anderes schwört und sie schwört auf ihre rechte Hand.

Coraline durchsucht die Andere Welt und überwindet die Hindernisse der anderen Mutter, indem sie ihren Verstand und Miss Spinks Glücksstein (den Schutz, auf den sich die Katze bezog) einsetzt, um die marmorähnlichen Seelen der Geisterkinder zu finden. Sie folgert auch, dass ihre Eltern in einer Schneekugel auf dem Kaminsims eingesperrt sind. Die Geisterkinder warnen sie, dass selbst wenn Coraline gewinnt, die andere Mutter sie nicht gehen lässt, also täuscht Coraline die andere Mutter vor, indem sie ankündigt, dass sie weiß, wo ihre Eltern versteckt sind: im Durchgang zwischen den Welten. Die andere Mutter kann nicht widerstehen, sich zu freuen, indem sie die Tür öffnet, um Coraline zu zeigen, dass ihre Eltern nicht da sind. Als die andere Mutter die Tür öffnet, wirft Coraline die Katze auf die andere Mutter, schnappt sich die Schneekugel und entkommt mit dem Schlüssel in die reale Welt, und die Katze folgt schnell. Während der Flucht zwingt Coraline die Tür an der Hand der anderen Mutter zu. Zurück in ihrem Haus schläft Coraline auf einem Stuhl ein. Sie wird von ihren Eltern geweckt, die keine Erinnerung an die Ereignisse haben.

In dieser Nacht hat Coraline einen Traum, in dem sie die drei Kinder bei einem Picknick trifft. Die Kinder sind in Kleidung aus verschiedenen Epochen gekleidet und eines scheint Flügel zu haben. Sie warnen sie, dass ihre Aufgabe immer noch nicht erledigt ist: Die andere Mutter wird versuchen, sie zurückzubekommen und wird versuchen, den Schlüssel zu bekommen, um die Tür zwischen den Welten zu öffnen. Coraline geht zum alten Brunnen im Wald, um den Schlüssel zu entsorgen. Sie gibt vor, ein Picknick zu machen, wobei die Picknickdecke über den Eingang zum Brunnen gelegt wird. Die abgetrennte Hand der anderen Mutter versucht, den Schlüssel zu ergreifen, tritt aber auf die Decke und fällt in den Brunnen. Coraline kehrt zum Haus zurück, begrüßt ihre Nachbarn (die endlich ihren Namen richtig machen) und macht sich am nächsten Tag bereit für die Schule.