Das Horn von Afrika ist seit Tausenden von Jahren eine bekannte Quelle biologischer Ressourcen. Die alten Ägypter, Griechen und Römer schickten Expeditionen und Karawanen in die Region, um Weihrauch, Myrrhe und andere natürliche Rohstoffe entlang der Weihrauchroute durch die arabischen Wüsten nach Norden zurückzubringen.

Pflanzen

Obwohl die Erforschung der Flora des Horns von Afrika noch nicht abgeschlossen ist, gehen die bestmöglichen Schätzungen davon aus, dass es in der Region etwa 5.000 Arten von Gefäßpflanzen gibt, von denen etwas mehr als die Hälfte — etwa 2.750 Arten — endemisch sind. Im Norden Somalias und im Sokotra-Archipel gibt es starke Konzentrationen endemischer Arten.Seit Tausenden von Jahren liefern mehrere einheimische Baumarten die Rohstoffe für einige der wichtigsten Rohstoffe am Horn von Afrika, darunter Weihrauch (aus Boswellia sacra in Somalia, Jemen und Oman) und B. frereana in Somalia), Myrrhe (aus der weit verbreiteten Commiphora myrrha und C. guidottii in Somalia und Ostäthiopien) und Drachenblutbaum oder Zinnober (aus der gefährdeten Dracaena cinnabari, auf Sokotra gefunden). Drachenblutbaum wird als Medizin und Farbstoff verwendet. Die Produktion von Weihrauch und Myrrhe ist nach wie vor eine wichtige wirtschaftliche Aktivität in Somalia und, in gewissem Maße, in Äthiopien und Nordkenia.

Allein in Somalia wurden in den letzten 30 Jahren Hunderte neuer Arten entdeckt, darunter vor allem das somalische Alpenveilchen (Cyclamen somalense). Nur aus einem kleinen Gebiet im Norden Somalias bekannt, war die Pflanze eine überraschende Entdeckung im tropischen Afrika, da die Gattung Cyclamen sonst nur im Mittelmeerraum vorkommt.

Vögel

Von den 697 regelmäßig im Hotspot erfassten Vogelarten sind 24 endemisch. Sieben dieser Arten kommen nur in Somalia vor.Eine der bemerkenswertesten endemischen Vogelarten im Hotspot ist das gefährdete Warsangli Linnet (Linariajohannis), das lokal in hohen, steilen Böschungen entlang des Golfs von Aden im Norden Somalias verbreitet ist. Eine weitere wichtige Vorzeigeart ist das vom Aussterben bedrohte Djibouti francolin (Pternistis ochropectus), das nur an zwei Standorten in Dschibuti vorkommt, Forêt de Day, das als einziger lebensfähiger Standort für diese gefährdete Art gilt, und die nahe gelegenen Mabla Mountains.

Säugetiere

Fast 220 Säugetierarten kommen am Horn von Afrika vor, obwohl nur etwa 20 im Hotspot endemisch sind. Die bemerkenswertesten Endemiten sind mehrere Antilopenarten, darunter die Beira (Dorcatragus megalotis), Dibatag (Ammodorcas clarkei), Gefährdete Speke Gazelle (Gazella spekei) und Silber dikdik (Madoqua piacentinii).

Der Hotspot ist auch die Heimat des vom Aussterben bedrohten somalischen Wildesels (Equus africanus somaliensis) und des Wüstenwarzenschweins (Phacochoerus aethiopicus).

Der Hamadryas-Pavian (Papio hamadryas), der im alten Ägypten heilig gehalten und oft mumifiziert wurde, ist heute endemisch in den Hängen und Steilhängen am südlichen Roten Meer und am Golf von Aden.

Reptilien

Das Horn von Afrika weist die höchsten Endemismusraten bei Reptilien auf, wobei mehr als 90 der rund 285 Arten nirgendwo anders zu finden sind. Zu den sechs endemischen Reptiliengattungen des Hotspots gehören Haackgreerius, eine monotypische Skinkgattung aus Somalia, und Aeluroglena, die durch eine einzige Schlangenart repräsentiert wird. Die Hälfte der endemischen Gattungen ist auf Sokotra beschränkt, einschließlich der beiden Haemodracon-Gecko-Arten und zwei Schlangengattungen, Ditypophis und Pachycalamus, vertreten durch einzelne endemische Arten.

Amphibien

Im Gegensatz zu den Reptilien sind Amphibien am trockenen Horn von Afrika relativ schlecht vertreten, mit fast 30 Arten, von denen mindestens sechs endemisch sind. Es gibt nur eine einzige endemische Gattung, Lanzarana, die durch eine Art, Lanzas Frosch (L. largeni) aus Somalia, repräsentiert wird. Trotz geeigneter Lebensräume sind auf Sokotra keine Amphibien bekannt.

Süßwasserfische

Am Horn von Afrika gibt es schätzungsweise 100 Arten von Süßwasserfischen, von denen etwa 10 endemisch sind. Zu diesen Endemiten gehören drei höhlenbewohnende Arten, die nur in Somalia vorkommen, von denen zwei — der somalische blinde Widerhaken (Barbopsis devecchii) und der somalische Höhlenfisch (Phreatichthys andruzzii) — blind sind.Aus Sokotra sind keine einheimischen Süßwasserfische mit Sicherheit bekannt, aber Populationen des arabischen Zahnkarpfens Aphanius dispar wurden im Rahmen eines Anti-Malaria-Programms in einige Gewässer eingeführt.