Hawkins började sin karriär främst som scenskådespelerska i sådana produktioner som oavsiktlig död av en anarkist, Romeo och Juliet, The Cherry Orchard, mycket Ado om ingenting, En midsommarnattsdröm och missuppfattningar. Hon hade också små framträdanden i tv-serier som Casualty och Doctors. 1998, medan han fortfarande var student, spelades Hawkins som en extra i Star Wars: Episode i-The Phantom Menace.2002 spelade Hawkins Samantha I Mike Leighs film Allt eller inget. Detta var den första av tre filmer som Hawkins och Leigh arbetade tillsammans, den andra var 2004-filmen Vera Drake. Hon framträdde som Slasher i actionfilmen Layer Cake 2004. Hennes första stora tv-roll kom 2005, när hon spelade Susan Trinder i det BAFTA-nominerade BBC-dramat Fingersmith, en anpassning av Sarah Waters roman med samma namn, där hon spelade med Imelda Staunton. Hon spelade sedan i en annan BBC-anpassning, Patrick Hamiltons tjugo tusen gator under himlen. Mellan 2003 och 2005 uppträdde Hawkins i fyra avsnitt av BBC-komediserien Little Britain. Hawkins agerade i David Hares anpassning av Federico Garc Cuba Lorcas pjäs Bernarda Albas hus 2005, på Royal National Theatre.

hon har också lånat sin röst till många radioserier som Concrete Cow, där hon också var författare, Ed Reardons vecka, Tänk det otänkbara, Kontantkor, krig med Newts och partilinjen. År 2006 återvände Hawkins till scenen och uppträdde på Royal Court Theatre i Jez Butterworths Winterling. Under 2006 gjorde hon också okrediterade framträdanden i Richard ayoades Man till Man med Dean Learner där hon spelade olika okrediterade roller i olika borttagna scener som ingår i serien DVD. Hawkins skulle senare regisseras av Ayoade på två av hans filmer, The Double och Submarine.

2007 spelade hon Anne Elliot i tv-filmen av Jane Austens övertalning. Hennes prestation mottogs väl av kritiker och tilldelades en gyllene nymf. Hon hade också en stödjande roll i Woody Allen-filmen Cassandra ’ s Dream, med Colin Farrell och Ewan McGregor i huvudrollen.2008 fick Hawkins sitt genombrott när hon återförenades med Leigh för tredje gången i 2008 års komedi-dramafilm Happy-Go-Lucky, porträtterar Poppy Cross, en godhjärtad grundskolelärare. Roger Ebert gav filmen fyra av fyra stjärnor som berömde sin humor, djup och Hawkins skådespel som säger att ” är en glädje att titta på.”Peter Bradshaw skriver för The Guardian skrev att” Sally Hawkins spelar utmärkt ”medan Tom Long Från Detroit News kallade hennes prestation”Oscar-värdig”. Hawkins prestation fick många utmärkelser, inklusive att vinna en Golden Globe Award för Bästa skådespelerska – filmmusikal eller komedi och Silver Bear för Bästa skådespelerska.

tre filmer med Hawkins i huvudrollen, Gjord i Dagenham, Submarine och Never Let Me Go, alla hade premiär på Toronto International Film Festival 2010. Alla tre fick positiva recensioner och Hawkins föreställningar möttes med kritik. När det gäller hennes prestation i Made In Dagenham skrev Roger Ebert att” visar en enkel lätthet att vara ”medan Xan Brooks från The Guardian påpekade att”Hawkins ger en vinnande prestation”. I oktober 2010 uppträdde hon på Broadway som Vivie I Fru Warrens yrke på American Airlines Theatre. Under 2011 hade Hawkins en stödjande roll i filmanpassningen av Jane Eyre och var kvinnlig ledare i den romantiska komedifilmen Love Birds. 2012 medverkade hon och Rafe Spall i pjäsen konstellationer på Royal Court Theatre och senare Duke of York ’ s Theatre. Pjäsen möttes med positiva recensioner och vann kategorin bästa spel på Evening Standard Theatre Awards. Hon hade också en liten roll som FRU Joe i 2012 års anpassning av stora förväntningar.2013 spelade Hawkins mot Cate Blanchett och regisserades av Woody Allen för andra gången i den kritikerrosade filmen Blue Jasmine, en roll för vilken hon fick sin första Oscar-nominering för Bästa kvinnliga biroll, samt nickar för BAFTA, Golden Globe och fick olika andra utmärkelser. Samma år spelade hon i All Is Bright, tillsammans med Paul Giamatti och Paul Rudd och hade ett litet utseende som receptionist i Richard Ayoade-filmen The Double. År 2014 uppträdde Hawkins i Godzilla, som Dr Vivienne Graham, en forskare som hjälper Dr Ishiro Serizawa spelad av Ken Watanabe. Godzilla fick positiva recensioner och tjänade över 529 miljoner dollar för att bli Hawkins mest sett film fram till den tiden. Hon repriserade rollen i 2019 ’ s Godzilla: King of the Monsters. Godzilla: King of the Monsters tjänade 177 miljoner dollar under sin öppningshelg och blev därefter en av de mest inkomstbringande filmerna 2019. Hon spelade också med John Hawkes och Michael Cera i TV-piloten Charlie Kaufman, hur och varför. Piloten fick inte en serieorder.

Hawkins porträtterade mamman till Asa Butterfields karaktär i dramafilmen X + Y, som hade premiär på Toronto International Film Festival 2014. I November 2014 porträtterade hon fru Brown i den kritikerrosade Paddington. Filmen är baserad på barnböckerna av Michael Bond där Paddington, en antropomorf björn som migrerar från djungeln i mörkaste Peru till Londons gator, antas av Brown-familjen. Hawkins repriserade sin roll som fru Brown för uppföljaren, Paddington 2 (2017), som också har fått hyllning.

2017 dök hon upp i Guillermo del Toro-filmen The Shape Of Water, som Elisa Esposito, en stum kvinna som blir kär i en fångad humanoid amfibie varelse. Hawkins fick utbredd hyllning för sin prestation. Matthew Norman från London Evening Standard kallade det en karriär som definierar prestanda. Mark Kermode Of The Guardian kallade henne ”sublim”, Mihir Fadnavis från Firstpost kallade det en” vinnande föreställning”, medan Ann Horaday skriver för Washington Post uppgav att”Sally Hawkins levererar en vacker föreställning”. Hawkins fick nomineringar för Oscar, Golden Globe Award, BAFTA Award och SAG Award för Bästa skådespelerska. Filmen själv vann bästa bilden vid 90: e Oscar-utmärkelsen.