magslemhinnan utsöndrar 1,2 till 1,5 liter magsaft per dag. Magsaft gör matpartiklar lösliga, initierar matsmältningen (särskilt av proteiner) och omvandlar maginnehållet till en halvflytande massa som kallas chym, vilket förbereder det för ytterligare matsmältning i tunntarmen. Magsaft är en variabel blandning av vatten, saltsyra, elektrolyter (natrium, kalium, kalcium, fosfat, sulfat och bikarbonat) och organiska ämnen (slem, pepsiner och protein). Denna juice är mycket sur på grund av dess saltsyrahalt och den är rik på enzymer. Som nämnts ovan skyddas magsväggarna från matsmältningssaft av membranet på ytan av epitelcellerna som gränsar till magens lumen; detta membran är rikt på lipoproteiner, vilka är resistenta mot angrepp av syra. Magsaften hos vissa däggdjur (t.ex. kalvar) innehåller enzymet rennin, som klumpar mjölkproteiner och därmed tar dem ur lösningen och gör dem mer mottagliga för verkan av ett proteolytiskt enzym.

processen med magsekretion kan delas in i tre faser (cefalisk, gastrisk och tarm) som beror på de primära mekanismerna som får magslemhinnan att utsöndra magsaft. Faserna av magsekretion överlappar varandra, och det finns ett samband och ett visst ömsesidigt beroende mellan neurala och humorala vägar.

den cefaliska fasen av magsekretion sker som svar på stimuli som tas emot av sinnena—det vill säga smak, lukt, syn och ljud. Denna fas av magsekretion är helt reflex i ursprung och medieras av vagus (10: e kranial) nerv. Magsaft utsöndras som svar på vagal stimulering, antingen direkt av elektriska impulser eller indirekt av stimuli mottagna genom sinnena. Ivan Petrovich Pavlov, den ryska fysiologen, visade ursprungligen denna metod för magsekretion i ett nu känt experiment med hundar.

magsfasen medieras av vagusnerven och genom frisättning av gastrin. Surheten i magsinnehållet efter en måltid buffras av proteiner så att det totalt sett förblir runt pH3 (surt) i cirka 90 minuter. Syra fortsätter att utsöndras under magfasen som svar på distension och till peptiderna och aminosyrorna som frigörs från protein när matsmältningen fortskrider. Den kemiska verkan av fria aminosyror och peptider exciterar frigörelsen av gastrin från antrummet till cirkulationen. Således finns det mekaniska, kemiska och hormonella faktorer som bidrar till det gastriska sekretoriska svaret på att äta. Denna fas fortsätter tills maten har lämnat magen.

tarmfasen är inte fullständigt förstådd på grund av en komplex stimulerande och inhibitorprocess. Aminosyror och små peptider som främjar magsyrasekretion infunderas i cirkulationen, men samtidigt hämmar chyme syrasekretion. Utsöndringen av magsyra är en viktig hämmare av gastrin-frisättning. Om pH-värdet för antralinnehållet faller under 2,5 frigörs gastrin inte. Några av de hormoner som frigörs från tunntarmen genom produkter av matsmältning (särskilt fett), särskilt glukagon och sekretin, undertrycker också syrasekretion.