konfokal laserskanning fluorescensmikroskopi (eller ’konfokal’ för kort) gör det möjligt att titta på olika tvärsnitt av ett tjockt prov utan att faktiskt skära upp provet. Detta är särskilt användbart för att titta på biologiska processer i levande vävnad, eftersom det kan fortsätta att fungera under mikroskopsexperimentet. Förflyttningen av mitokondrier runt celler, mitos och förändringen i längd av primär cilia är alla processer som är väl lämpade för att ses på konfokalen.

konfokal är också bra för att identifiera specifika komponenter (såsom organeller eller proteiner) i cellen eller vävnaden som studeras. Komponenterna är märkta med fluorescerande taggar, sedan lyser laserljuset vid provet. De fluorescerande molekylerna lyser ljust (och allt annat förblir mörkt), så de är lätta att se.

polariserad ljusmikroskopi hjälper oss att lära oss om mineraler (som de i stenar) i ett prov. Olika mineraler dyker upp som olika färger under polariserat ljus (ljusvågor som vibrerar i endast en riktning), så polariserande mikroskop använder speciella filter för att polarisera ljuset som lyser på provet. Att titta på mineraler genom ett polariserande mikroskop kan ge information om deras form, storlek och orientering.