Milano och fem andra städer höll ut, och i oktober 1238 var han tvungen att höja belägringen av Brescia. Samma år ledde äktenskapet med Fredericks naturliga son Enzio med den sardiska prinsessan Adelasia och beteckningen av Enzio som kung av Sardinien, där påvedömet hävdade överlägsenhet, till den sista pausen med påven. Gregory IX misstrode djupt Frederick både i religiösa och politiska frågor: Fredrik skulle ha skämtat att Moses, Kristus och Muhammad var tre bedragare som själva hade blivit hoodwinked, och på den politiska arenan var påven rädd för att de påvliga staterna skulle isoleras och omringas, särskilt för att ett pro-imperialistiskt parti hade bildats i Rom. Under förevändning att kejsaren hade för avsikt att driva honom från Rom, exkommunicerade Gregory Frederick för andra gången på palmsöndagen den 20 mars 1239. Detta var början på den sista fasen av den gigantiska kampen mellan påvedömet och imperiet; det slutade med kejsarens död och hans hus undergång.Fredrik motverkade bannlysningen med ett antal viktiga manifest, de flesta komponerade av Pietro della Vigna, en medlem av imperial chancery, som hade enastående litterära gåvor. Manifestet betonade att kardinalerna var avsedda att delta i kyrkans ledning, och Frederick försökte till och med framkalla solidaritet bland de sekulära prinsarna. Han intensifierade dock sin militära verksamhet i norra Italien. För att finansiera sitt ständigt växande vapenbehov inrättade han en grundlig administrativ omorganisation av det kejserliga Italien (bland annat bildandet av 10 vice regenser) och kungariket Sicilien. Dessutom förordnade han den stränga övervakningen av befolkningen. I centrala Italien tog han offensiven och ockuperade marschen Ancona och Hertigdömet Spoleto, och i februari 1240 marscherade hans arm in i påvliga stater och hotade Rom. I sista stund vann påven romarnas stöd.efter nederlaget för en Genoisk flotta som förde delegater till ett påvligt råd till Rom, togs mer än 100 högt rankade kyrkliga kardinaler och biskopar bland dem som Fredriks fångar till Apulien. Denna militära seger visade sig dock vara en politisk nackdel: den gav material för propaganda som skildrade Frederick som en förtryckare av kyrkan.medan Fredrik fortfarande lägrade sig före Rom fick han nyheten om påven Gregorius död och drog sig därefter tillbaka till Sicilien. Under tiden hade mongolerna invaderat Europa. De stoppades tillfälligt i det extremt blodiga slaget vid Liegnitz i Schlesien den 9 April 1241, men förmodligen förhindrade bara den plötsliga döden av deras ledare, den stora khan A. C., Ytterligare mongoliska framsteg vid den tiden.

Celestine IV: s korta pontifikat följdes av en lång interregnum. När Innocentius IV valdes 1243 inledde Frederick, på uppmaning av de tyska prinsarna och av kung Louis IX av Frankrike, förhandlingar med den nya påven. Avtalet mellan påven och kejsaren verkade nära evakueringen av de påvliga staterna, när i juni 1244 oskyldiga flydde staden. I Lyon sammankallade han ett råd för 1245 och avsatte i juli samma år kejsaren, hindret för försoning var tydligen Lombardkommunernas status.striden mellan kejsaren och påvedömet rasade sedan i full raseri. På den påvliga sidan märktes kejsaren som föregångaren till Antikrist; på den kejserliga sidan hyllades han som en Messias. Kejsaren stödde det samtida kravet att kyrkan skulle återvända till fattigdomen och helgedomen i det tidiga kristna samfundet och återigen vädjade till Europas furstar att gå med i en defensiv Liga mot de makthungriga prelaterna. De flesta furstarna förblev dock neutrala, och även om två på varandra följande tyska antikingar fick lite stöd, förlorade kejsaren stadigt mark i Tyskland.

i Maj 1247 Fredericks planerade resa till Lyon för att åberopa sitt eget fall innan det Påvliga rådet avbröts av upproret i den strategiskt placerade staden Parma. I kölvattnet av detta debakel förlorades mycket av centrala Italien och Romagna. Året därpå skulle kejsaren drabbas av ytterligare slag av ödet; Pietro della Vigna, under många år kejsarens förtroende, anklagades för förräderi och begick självmord i fängelse. I Maj 1249 fångades kung Enzio av Sardinien, Fredriks favoritson, av Bolognese och hölls fängslad fram till sin död 1272.

kejsarens position, både i Italien och—genom hans Sons, Conrad IV—ansträngningar-i Tyskland, förbättrades när han oväntat dog 1250. Han begravdes i katedralen i Palermo nära sin första fru, hans föräldrar och hans Norman farfar.

när nyheten om hans död publicerades skakades hela Europa djupt. Tvivel uppstod att han verkligen var död; falska Fredericks dök upp överallt; på Sicilien växte en legend att han hade överförts till vulkanen Aetna; i Tyskland att han var inkapslad i ett berg och skulle återvända som Sista Dagars kejsare för att straffa den världsliga kyrkan och fredligt återupprätta det heliga romerska riket. Men han ansågs också leva vidare i sina arvingar. Faktum är dock att inom 22 år efter hans död var alla döda: offer för striden med påvedömet som deras far hade börjat.