Hawkins și-a început cariera în primul rând ca actriță de scenă în producții precum Moartea accidentală a unui anarhist, Romeo și Julieta, Livada de vișini, mult zgomot pentru nimic, Visul unei nopți de vară și concepțiile greșite. De asemenea, a avut mici apariții în seriale de televiziune precum accident și medici. În 1998, în timp ce era încă student, Hawkins a fost distribuit ca un extra în Star Wars: Episodul I – Amenințarea fantomă.în 2002, Hawkins a interpretat-o pe Samantha în filmul lui Mike Leigh, totul sau nimic. Acesta a fost primul dintre cele trei filme la care Hawkins și Leigh au lucrat împreună, al doilea fiind filmul din 2004 Vera Drake. A apărut ca Slasher în filmul de acțiune din 2004 tort de strat. Primul ei rol major de televiziune a venit în 2005, când a jucat-o pe Susan Trinder în drama BBC nominalizată la BAFTA Fingersmith, o adaptare a Sarah Waters’ roman cu același nume, în care a jucat împreună cu Imelda Staunton. Apoi a jucat într-o altă adaptare BBC, Patrick Hamilton ‘ s douăzeci de mii de străzi sub cer. Între 2003 și 2005, Hawkins a apărut în patru episoade ale serialului de comedie BBC Little Britain. Hawkins a jucat în David Hareadaptarea lui Federico Garcapiesa de teatru a lui Lorca Casa Bernardei Alba în 2005, la Teatrul Național Regal.

De asemenea, și-a împrumutat vocea la numeroase seriale radio, cum ar fi vaca de beton, pe care a fost și scriitoare, săptămâna lui Ed Reardon, gândiți-vă la neconceput, vaci de numerar, război cu Tritonii și linia de partid. În 2006, Hawkins s-a întors pe scenă, apărând la Royal Court Theatre în Jez Butterworth ‘ s Winterling. În 2006 a făcut și apariții necreditate în Richard Ayoade ‘ s om la om cu Dean Learner unde a jucat diverse roluri necreditate în diferite scene șterse incluse pe DVD-ul seriei. Hawkins va fi mai târziu regizat de Ayoade pe două dintre filmele sale, dublul și submarinul.

în 2007, a interpretat-o pe Anne Elliot în filmul de televiziune al persuasiunii lui Jane Austen. Performanța ei a fost bine primită de critici și a primit o nimfă de aur. De asemenea, a avut un rol secundar în Woody Allen Film visul Cassandrei, cu rol principal Colin Farrell și Ewan McGregor.

În 2008, Hawkins a avut o descoperire când s-a reunit cu Leigh pentru a treia oară în filmul de comedie-dramă din 2008 Happy-Go-Lucky, portretizând-o pe Poppy Cross, o profesoară de școală primară cu suflet bun. Roger Ebert a dat filmului patru stele din patru lăudându-i umorul, profunzimea și interpretarea lui Hawkins afirmând că ” este o bucurie de urmărit. Peter Bradshaw a scris pentru The Guardian că „Sally Hawkins joacă superb”, în timp ce Tom Long de la Detroit News și-a numit performanța „demnă de Oscar”. Performanța lui Hawkins a primit numeroase premii, inclusiv câștigarea unui Premiul Globul de aur pentru cea mai bună actriță – Musical sau comedie cinematografică și Ursul de argint pentru cea mai bună actriță.

trei filme cu Hawkins, realizate în Dagenham, Submarine și Never Let Me Go, toate au avut premiera la Festivalul Internațional de Film de la Toronto din 2010. Toți trei au primit recenzii pozitive, iar performanțele lui Hawkins au fost întâmpinate cu aprecieri critice. În ceea ce privește performanța ei în Made In Dagenham, Roger Ebert a scris că „arată o ușurință de a fi fără efort” în timp ce Xan Brooks din Gardianul a remarcat că „Hawkins oferă o performanță câștigătoare”. În octombrie 2010, a apărut pe Broadway ca Vivie în profesia doamnei Warren la Teatrul American Airlines. În 2011, Hawkins a avut un rol secundar în adaptarea filmului Jane Eyre și a fost rolul principal feminin în filmul de comedie romantică Love Birds. În 2012, ea și Rafe Spall au jucat împreună în piesa constelații la Teatrul Royal Court și mai târziu teatrul Duke Of York. Piesa a fost întâmpinată cu recenzii pozitive și a câștigat categoria Cea mai bună piesă la Evening Standard Theatre Awards. De asemenea, a avut un rol mic ca doamna Joe în adaptarea marilor așteptări din 2012.în 2013, Hawkins a jucat alături de Cate Blanchett și a fost regizat de Woody Allen pentru a doua oară în filmul apreciat de critici Blue Jasmine, rol pentru care a primit prima nominalizare la Premiul Oscar pentru cea mai bună actriță în rol secundar, precum și dă din cap pentru BAFTA, Globul de aur și a primit diverse alte premii. În același an a jucat în All Is Bright, alături de Paul Giamatti și Paul Rudd și a avut o mică apariție ca recepționer în filmul Richard Ayoade The Double. În 2014, Hawkins a apărut în Godzilla, ca Dr. Vivienne Graham, un om de știință care îl asistă pe Dr.Ishiro Serizawa interpretat de Ken Watanabe. Godzilla a primit recenzii pozitive și a încasat peste 529 de milioane de dolari pentru a deveni cel mai văzut film al lui Hawkins până în acel moment. Ea a reluat rolul în 2019 Godzilla: regele monștrilor. Godzilla: King of the Monsters a încasat 177 de milioane de dolari în weekendul de deschidere și a devenit ulterior unul dintre filmele cu cele mai mari încasări din 2019. De asemenea, a jucat alături de John Hawkes și Michael Cera în Charlie Kaufman pilot de televiziune, cum și de ce. Pilotul nu a primit o comandă de serie.Hawkins a interpretat-o pe mama personajului lui Asa Butterfield în filmul dramatic X+Y, care a avut premiera la Festivalul Internațional de Film de la Toronto din 2014. În noiembrie 2014, ea a interpretat-o pe doamna Brown în aclamatul critic Paddington. Filmul se bazează pe cărțile pentru copii ale lui Michael Bond, unde Paddington, un urs antropomorf care migrează din junglele celui mai întunecat Peru pe străzile Londrei, este adoptat de familia Brown. Hawkins și-a reluat rolul de doamna Brown pentru continuarea, Paddington 2 (2017), care a primit și aprecieri.

în 2017, ea a apărut în filmul Guillermo del Toro Forma apei, ca Elisa Esposito, o femeie mută care se îndrăgostește de o creatură amfibiană umanoidă capturată. Hawkins a primit aprecieri pe scară largă pentru performanța ei. Matthew Norman de la London Evening Standard a numit-o o performanță care definește cariera. Mark Kermode din Gardianul a numit-o” sublimă”, Mihir Fadnavis de la Firstpost a numit-o” performanță câștigătoare”, în timp ce Ann Horaday scriind pentru Washington Post a declarat că”Sally Hawkins oferă o performanță frumoasă”. Hawkins a câștigat nominalizări pentru Premiul Oscar, Premiul Globul de Aur, Premiul BAFTA și Premiul SAG pentru cea mai bună actriță. Filmul în sine a câștigat cel mai bun film la 90 de premii Oscar.