microscopia fluorescentă cu scanare laser confocală (sau ‘confocal’ pe scurt) face posibilă examinarea diferitelor secțiuni transversale ale unui eșantion gros, fără a tăia efectiv eșantionul. Acest lucru este util în special pentru examinarea proceselor biologice din țesutul viu, deoarece poate continua să funcționeze pe tot parcursul experimentului la microscop. Mișcarea mitocondriilor în jurul celulelor, mitoza și modificarea lungimii cilia primară sunt toate procesele care sunt potrivite pentru a fi văzute pe confocal.

Confocal este, de asemenea, bun pentru identificarea componentelor specifice (cum ar fi organele sau proteinele) din celula sau țesutul studiat. Componentele sunt etichetate cu etichete fluorescente, apoi lumina laser este strălucită la probă. Moleculele fluorescente strălucesc puternic (și orice altceva rămâne întunecat), astfel încât sunt ușor de văzut.

microscopia cu lumină polarizată ne ajută să învățăm despre mineralele (cum ar fi cele din roci) dintr-o probă. Diferite minerale apar ca culori diferite sub lumina polarizată (unde luminoase care vibrează într-o singură direcție), astfel încât microscoapele polarizante folosesc filtre speciale pentru a polariza lumina care strălucește pe eșantion. Examinarea mineralelor printr-un microscop polarizant poate oferi informații despre forma, dimensiunea și orientarea lor.