w międzyczasie, 12 czerwca 1898 roku, Filipińczycy ogłosili niepodległość i proklamowali tymczasową Republikę z Gen. Emilio Aguinaldo jako prezydentem. W ciągu kilku dni, po drugiej stronie Pacyfiku, Amerykańska Liga Antyimperialistyczna zaczęła się kształtować. Organizacja ta, która sprzeciwiała się amerykańskiemu zaangażowaniu na Filipinach, przekształciła się w ruch masowy, który czerpał poparcie z całego spektrum politycznego. Jego członkami byli luminarze, tacy jak reformator społeczny Jane Addams, przemysłowiec Andrew Carnegie, filozof William James i pisarz Mark Twain.

13 sierpnia Manila poległa po bezkrwawej „bitwie.”Hiszpański rząd Fermín Jáudenes potajemnie zaaranżował kapitulację po pozornym pokazie oporu, aby uratować jego honor. Wojska amerykańskie były w posiadaniu miasta, ale filipińscy powstańcy kontrolowali resztę kraju. Przywódcy powstałej Republiki filipińskiej nie uznali suwerenności USA nad wyspami, a USA odrzuciły filipińskie roszczenia o niepodległość; konflikt był nieunikniony.

w nocy 4 lutego 1899 roku na przedmieściach Manili wybuchła strzelanina. Poranek zastał Filipińczyków, którzy walczyli dzielnie, nawet lekkomyślnie, pokonani we wszystkich punktach. Podczas walk Aguinaldo wydał proklamację wojny przeciwko Stanom Zjednoczonym. Antyimperialistyczne nastroje były silne w Stanach Zjednoczonych, a 6 lutego Senat Stanów Zjednoczonych ratyfikował traktat kończący wojnę hiszpańsko-amerykańską jednym głosem. USA posiłki zostały natychmiast wysłane na Filipiny. Antonio Luna, najzdolniejszy dowódca wśród Filipińczyków, otrzymał dowództwo nad ich operacjami wojskowymi, ale wydaje się, że był bardzo utrudniony przez zazdrość i nieufność Aguinaldo, który w pełni powrócił. Luna została zamordowana, a 31 marca 1899 roku rebeliancka stolica Malolos została zdobyta przez siły amerykańskie.