Non-fermenting Gram-negative bacilli (NFGNB) other than Pseudomonas Aprameya IV – J Acad Clin Microbiol
EDITORIAL
Year : 2013 | Volume : 15 | Issue : 2 | Page : 59-61
Non-fermenting Gram-negative bacilli (NFGNB) other than Pseudomonas
Indumathi Vrithamani Aprameya
Department of Microbiology, M. S. Ramaiah Medical College, Bangalore, Karnataka, India
| Date of Web Publication | 7-Jan-2014 |
Correspondence Address:
Indumathi Vrithamani Aprameya
Department of Microbiology, M. S. Ramaiah Medical College, Bangalore, Karnataka
India
Source of Support: None, Conflict of Interest: None
DOI: 10.4103/0972-1282.124588
How to cite this article:
Aprameya IV. Non-fermenting Gram-negative bacilli (NFGNB) other than Pseudomonas. J Acad Clin Microbiol 2013;15:59-61
How to cite this URL:
Aprameya IV. Niefermentujące pałeczki Gram-ujemne (NFGNB) inne niż Pseudomonas. J Acad Clin Microbiol 2013 ;15: 59-61. Dostępne od: https://www.jacmjournal.org/text.asp?2013/15/2/59/124588
| wprowadzenie |  |
niefermentatory to heterogeniczna Grupa Gram-ujemnych prątków, które są tlenowe, nie-zarodnikowe, albo nie wykorzystują węglowodanów jako źródła energii, albo degradują je poprzez szlaki metaboliczne inne niż fermentacja. Będąc wszechobecnym w przyrodzie, zostały one pominięte jako prawdopodobne zanieczyszczenia, gdy zostały wyizolowane w laboratorium. Jednak teraz pojawiły się jako ważne patogeny związane z opieką zdrowotną, ponieważ stworzyły swoją niszę w środowisku szpitalnym. Pojawiające się wyzwania dotyczące oporności na wiele leków, zarówno wewnętrznej, jak i nabytej wśród nich, są poważnym problemem dla lekarza prowadzącego.
Niefermentatory stanowią 15% wszystkich izolatów bakteryjnych z klinicznego laboratorium mikrobiologicznego. Opublikowane badania z różnych ośrodków podają zróżnicowane współczynniki izolacji niefermentatorów w zakresie od 2,18% do 45,9%.
zamieszanie taksonomiczne przeważa, ponieważ trwa ciągła rewizja i wiele zidentyfikowanych szczepów nie ma przypisanych gatunków. Jest to potęgowane przez czynniki, które przyczyniają się do trudności w identyfikacji ich w rutynowym laboratorium Mikrobiologii Klinicznej. Większość gatunków jest rzadko spotykana, dlatego personel laboratorium może nie znać wielu niefermentatorów. Wiele konwencjonalnych mediów kulturowych nie nadaje się do identyfikacji, a kontrola jakości mediów może być trudna. Wiele gatunków jest wolno rosnących i biochemicznie słabych lub obojętnych i wymaga dużego doświadczenia do interpretacji niejednoznacznych wyników. Komercyjne systemy zestawów, które są dostępne do użytku, są nie tylko drogie, ale często mają niską dokładność identyfikacji niektórych szczepów.
Większość klinicznych laboratoriów mikrobiologicznych opiera się głównie na fenotypowych metodach identyfikacji. Mogą to być ręczne lub komercyjne zestawy / zautomatyzowane systemy identyfikacji, takie jak API 20NE, Remel N/F, Vitek 2, Microcan Walkaway, System Sensititre AP80, System Phoenix.
jednak badania badające skuteczność komercyjnego systemu identyfikacji wykazały sprzeczne wyniki. Identyfikacja za pomocą konwencjonalnych metod fenotypowych może być trudna i czasochłonna. Techniki identyfikacji molekularnej pojawiają się jako alternatywa dla metod identyfikacji fenotypowej. Wśród nich są sekwencjonowanie genu 16S rRNA i technika DNA array (oligonucleotide array), które zostały opisane jako niezawodna i szybka metoda identyfikacji klinicznie istotnych niefermentujących Gram-ujemnych prątków (NFGNB).
lista NFGNB jest nieskończona i wykracza poza zakres tego artykułu. Niewiele powszechnie spotykanych klinicznie ważnych niefermentatorów innych niż Pseudomonas są wysoko oświetlone w tym artykule.
| Rodzaj Acinetobacter | |
jak dowodzą nasze dane w specjalnym artykule w tym wydaniu, a także większość innych badań, najczęstszym non-Pseudomonas Non-Fermenter odzyskane z próbek klinicznych jest Acinetobacter. Klasyfikowany do rodziny Moraxella More Detailsceae, rodzaj ten obejmuje Gram-ujemne coccobacilli, które nie są ruchliwe, oksydazo-ujemne i odporne na penicylinę. Ponad 25 gatunków zostało rozpoznanych poprzez hybrydyzację DNA-DNA w obrębie rodzaju, a siedem otrzymało formalną nazwę gatunkową. Wśród nich są gatunki Acinetobacter calcoaceticus, A. baumannii, Acinetobacter genomic species 3 i Acinetobacter Genomic species 13tu, które mają bardzo bliskie pokrewieństwo i są trudne do odróżnienia od siebie za pomocą samych testów fenotypowych. Zostały one zgrupowane jako kompleks Acinetobacter calcoaceticus-Acinetobacter baumannii.
A. baumannii jest sacharolityczna, zakwasza większość węglowodanów i wykazuje szybką produkcję kwasu z 1% i 10% laktozy. Cechy te mogą być wykorzystane do ich domniemanej identyfikacji w rutynowym laboratorium diagnostycznym. Kompleks A. baumannii odpowiada za 80% zakażeń klinicznych wywołanych przez gatunki Acinetobacter i obejmuje zapalenie płuc, bakteriemię, zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych, zakażenie dróg moczowych (zum) i zakażenia ran, z których większość to zakażenia szpitalne. ,
Acinetobacters stały się najbardziej skutecznymi patogenami ze względu na ich zdolność do przetrwania i utrzymywania się w środowisku szpitalnym przez dłuższy czas, zarówno na suchych, jak i wilgotnych powierzchniach. Jest to wspomagane przez ich zdolność do wzrostu w różnych temperaturach i pH, przyczyniając się w ten sposób do rozwoju i utrzymywania się ognisk. Mieszaniem tego problemu jest ich zdolność do wytwarzania biofilmów na powierzchni urządzeń medycznych.
w organizmie tym występują liczne mechanizmy oporności, które przyczyniły się do powstania oporności wielolekowej i lekooporności pan, powodując poważne zaniepokojenie lekarza prowadzącego. ,
co ciekawe, w badaniu epidemicznego wielolekoopornego szczepu Acinetobacter we Francji odnotowano dużą oporną na geny wyspę zawierającą 45 opornych genów, które zostały nabyte z innych Gram-ujemnych prątków. Badanie wrażliwości na antybiotyki w odniesieniu do gatunków Acinetobacter jest problematyczne, a wyniki uzyskane za pomocą standardowego rozcieńczenia mikrobroth nie zgadzają się z wynikami uzyskanymi za pomocą standardowej metody dyfuzji dyskowej, szczególnie w przypadku kombinacji inhibitorów beta-laktamu i beta-laktamu. Clinical and laboratory standards institute (CLSI) nie definiuje wytycznych dotyczących testowania dyfuzji dyskowej i interpretacji dla nowszych antybiotyków, takich jak Tygecyklina i kolistyna.
|
Burkholderia cepacia (B. cepacia)
fitopatogen, B. cepacia pojawił się jako przyczyna zakażenia oportunistycznego, szczególnie u pacjentów z przewlekłą chorobą ziarniniakową i mukowiscydozą.
badania taksonomiczne wykazały, że B. cepacia jest w rzeczywistości gromadą co najmniej dziewięciu blisko spokrewnionych genomowców. Są one najczęściej związane z epidemiami „zespołu Cepacia” objawiającymi się ciężką postępującą niewydolnością oddechową i bakteriemią. Kompleks B. cepacia został wyizolowany z wielu źródeł wody i mokrych powierzchni, w tym roztworów detergentów i płynów IV. Szpitalna przerwa spowodowana powszechnym zanieczyszczeniem urządzeń medycznych, takich jak nebulizatory, środki dezynfekujące i analizatory gazów krwi, została zgłoszona.
Identyfikacja B. cepacia w laboratorium klinicznym może być problematyczna, ponieważ nie jest to pojedynczy fenotyp. Komercyjne systemy identyfikacji działają słabo.
hodowlę pierwotną z próbek klinicznych można przeprowadzić na podłożach selektywnych, takich jak agar selektywny B. cepacia lub agar laktozy z fermentacją utleniającą (agar ofpbl) inkubowany w temperaturze 35°C przez 48 godzin. Kolonie wydają się żółte z powodu wykorzystania laktozy. Izolat jest słabo oksydazo-dodatni, hydrolizuje lizynę i jest odporny na polimyksynę B i aminoglikozydy, ale wrażliwy na ko-trimoksazol.
leczeniem z wyboru jest ko-trimoksazol. CLSI sugeruje badania in vitro na obecność ceftazydymu, Meropenu, minocykliny (tetracykliny) i ko-trimoksazolu.
Burkholderia pseudomallei (B.pseudomallei)
czynnik wywołujący Melioidozę, B. pseudomallei jest patogenem grupy zagrożenia 3, A bezpieczeństwo pracownika laboratorium jest głównym problemem podczas obchodzenia się z tym organizmem.
B. pseudomallei należy rozważyć u pacjentów z zapaleniem płuc, posocznicą lub ropniem z historią podróży do południowo-wschodniej Azji lub Północnej Australii. Organizm nie jest trudny do wyizolowania w rutynowych mediach. Można jednak zaobserwować różnice w morfologii Kolonii. Może rosnąć w temperaturze 42°C. rozmazy z próbek klinicznych wykazują dwubiegunowy wzorzec barwienia. Izolacja organizmu z miejsc niesterylnych wymaga użycia pożywki selektywnej, pożywki Ashdown, która po 48 godzinach wykazuje szorstkie pomarszczone kolonie fioletowe lub fioletowe. Oksydazo-dodatnie ruchliwe Gram-ujemne prątki, które można zidentyfikować po charakterystycznym antybiogramie wykazującym konstytutywną oporność na polimyksynę i gentamycynę, ale wrażliwe na kwas Ko-amoksyklawulanowy, tetracyklinę i chloramfenikol. Zestawy komercyjne dobrze identyfikują, z których API 20NE jest najlepiej zweryfikowany.
stenotrophomonas maltophilia
jest trzecim najczęściej spotykanym niefermentatorem w praktyce klinicznej. Jest wszechobecny z natury, może kolonizować drogi oddechowe u pacjentów hospitalizowanych i powodować zakażenia szpitalne, takie jak CRBSI (catheter associated blood stream infections) i zapalenie płuc, szczególnie u pacjentów z nowotworami hematologicznymi.
wytwarza kolonie bladożółte do lawendowo zielonych na agarze krwi. Jest to oksydazo-ujemny, ruchliwy bacillus, który jest charakterystycznie oporny na Imipenem (Karbapenem), ale wrażliwy na kolistynę, polimyksynę, kotrimoksazol, Minocyklinę i lewofloksacynę. Jest silnym utleniaczem maltozy będącym lizyną i dnaazą dodatnią. Większość komercyjnych zestawów jest w stanie zidentyfikować ten organizm.
należy jednak zachować ostrożność podczas czytania i interpretacji testów wrażliwości na antybiotyki. Końcowe punkty końcowe obserwowano w testach rozcieńczania agaru i rozcieńczania bulionu oraz fałszywie czułe odczyty w teście dyfuzji dyskowej dla gentamycyny i cyprofloksacyny. Podobnie badania z użyciem testu E wykazały obecność małych mikro kolonii lub mgły przezroczystego wzrostu w obszarze hamowania, co w przypadku pominięcia może prowadzić do fałszywie wrażliwego wyniku.
CLSI sugeruje następujące antybiotyki do badania na stenotrophomonas maltophilia. Kotrimoksazol (lek z wyboru), ceftazydym, Lewofloksacyna, Minocyklina, chloramfenikol i Tykarcylina. Do badania ceftazydymu, chloramfenikolu i Tykarcyliny zaleca się rozcieńczenie Mic przez bulion, ponieważ metoda dyfuzji dyskowej jest zawodna.
Chryseobacterium meningosepticum (Elizabethkingia meningosepticum)
chociaż rzadko, ważne jest zidentyfikowanie tego organizmu, ponieważ może on powodować ogniska choroby w jednostkach szkółkarskich i jest związany z wysoką śmiertelnością (50%). Saprofity glebowe, mogą zanieczyszczać Artykuły do pielęgnacji pacjentów, powodując noworodkowe zapalenie opon mózgowych lub posocznicę.
organizm wytwarza jasnożółte kolonie pigmentowane na agarze krwi, które mogą trwać dłużej niż 24 godziny. Jest to pręt bezruchowy, Gram-ujemny, czyli oksydazo-dodatni, indolo-dodatni, hydrolizuje eskulinę i żelatynę oraz wykazuje dodatni wynik testu ONPG. Izolat jest wrażliwy na penicylinę, wankomycynę, kotrimoksazol i fluorochinolony. ,
organizm ten posiada dwa typy beta-laktamaz: Beta-lakatamazy o rozszerzonym spektrum działania (ESBL) i metalo-beta-laktamazy (mbls), które nadają oporność na cefalosporyny i karbapenemy. Dlatego antybiotyki stosowane w leczeniu zakażeń Gram-ujemnych nie mogą być stosowane w leczeniu zakażeń Chryseobacterium. Należy wykonać miks dla wankomycyny na klinicznie istotnych izolatach. Testy dyfuzji dysku są zawodne.
| podsumowanie | |
wszystkie kliniczne laboratoria mikrobiologiczne muszą być dostosowane do dokładnej identyfikacji niefermentatorów, a znaczenie kliniczne izolatu musi być określone w każdym przypadku. Precyzyjna identyfikacja jest ważna dla optymalnego zarządzania pacjentem, rokowania i odpowiedniej interwencji kontroli zakażeń. Rodzaj systemu identyfikacji stosowanego przez laboratorium powinien pozostawać w gestii mikrobiologa klinicznego. Istotne jest jednak zapewnienie okresowej walidacji jakości i wydajności systemów.
P, Gautam v, Thapar r, ray p., Samanta P, Gautam v, Thapar r, ray p., Samanta P, Gautam v, Thapar r, ray p., Samanta P, Gautam v, Thapar r, ray p. Pojawiająca się oporność niefermentujących prątków gram-ujemnych w trzeciorzędowym ośrodku opiekuńczym. Indian J Pathol Microbiol 2011; 54: 666-7.   |
||
| Deepak J, Rajat P, Shamanth AS, Munesh S, Vikrant N, Neelam S. prevalence of non fermenting gram-negative bacilli and their in vitro sensibility pattern in a tertiary care hospital of Uttarakhand: a study from foot hills of Himalayas. SJHS 2013; 2: 108-12.
|
||
| Identification of Glucose Non-fermenting Gram negative Rods. UK Standards for Microbiology Investigations. Issued by the Standards Unit, Microbiology Services Division, HPA Bacteriology. Identification of Glucose Non-fermenting Gram negative Rods. UK Standards for Microbiology Investigations. Identification/ID17/Issue 2.1/Oct 2011:1-20.
|
||
| Koneman EW. The non fermentative gram negative bacilli. In: Kolorowy Atlas i podręcznik Mikrobiologii diagnostycznej. Lippincott Wilkins i Williams. 6 th ed; 2006. S. 303-76.
|
||
| Su SC, Vanceechoutte M, Dijkshoom L, Wei YF, Leichen Y, Chang TC. Identyfikacja niefermentujących bakterii gram-ujemnych o znaczeniu klinicznym za pomocą matrycy oligonukleotydów. J Med Microbiol 2009;58:596-605.
|
||
| Multidrug resistant acinetobacter. J Glob Infect Dis 2010;2:291-304.
|
||
| Lee HW, Koh YM, Kim J, Lee JC, Lee JC, Seol SY, et al. Capacity of multidrug resistant clinical isolates of Acinetobacter baumannii to form biofilm and adhere to epithelial cell surfaces. Clin Microbiol Infect 2008;14:49-54. |
||
| Singh NT, Singh M, Sharma M. Emergence of tigecycline and colistin resistant Acinetobacter baumanii in patients with complicated urinary tract infections in north India. Indian J Med Res 2011;133:681-4. |
||
| Maragakis LL, Perl TM. Acinetobacter baumannii: Epidemiology, antimicrobial resistance, and treatment options. Clin Infect Dis 2008;46:1254-63. |
||
| CLSI. Standardy wydajności dla badań wrażliwości na środki przeciwdrobnoustrojowe; dwudziesty trzeci Suplement informacyjny. Clin Lab Stand Inst 2013; 33: 66-8.
|
||
| Hung PP, Lin YH, Lin CF, Liu MF, Shi ZY. Zakażenie Chryseobacterium meningosepticum: podatność na antybiotyki i czynniki ryzyka śmiertelności. J Microbiol Immunol Infect 2008;41: 137-44. |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
Leave a Reply