konfokalna laserowa skaningowa mikroskopia fluorescencyjna (w skrócie „konfokalna”) umożliwia oglądanie różnych przekrojów grubej próbki bez faktycznego cięcia próbki. Jest to szczególnie przydatne przy obserwowaniu procesów biologicznych w żywej tkance, ponieważ może nadal funkcjonować przez cały eksperyment mikroskopowy. Ruch mitochondriów wokół komórek, mitoza i zmiana długości rzęsek pierwotnych to wszystkie procesy, które są dobrze przystosowane do oglądania na konfokalnej.

konfokalny jest również dobry do identyfikacji określonych składników (takich jak organelle lub białka) w badanej komórce lub tkance. Składniki są oznakowane znacznikami fluorescencyjnymi, a następnie światło laserowe świeci na próbce. Fluorescencyjne cząsteczki świecą jasno (a Wszystko inne pozostaje ciemne), więc są łatwe do zauważenia.

mikroskopia światła spolaryzowanego pomaga nam poznać minerały (takie jak te w skałach) w próbce. Różne minerały pojawiają się jako różne kolory pod spolaryzowanym światłem (fale świetlne, które wibrują tylko w jednym kierunku), więc mikroskopy polaryzacyjne używają specjalnych filtrów do polaryzacji światła, które świeci na próbce. Obserwacja minerałów za pomocą mikroskopu polaryzacyjnego może dostarczyć informacji o ich kształcie, rozmiarze i orientacji.