Florencja była w tym czasie uważana za wiodące Centrum Sztuki, produkujące najlepszych malarzy i Rzeźbiarzy w Europie, a konkurencja wśród artystów była stymulująca. Miasto było jednak mniej niż wcześniej zdolne do oferowania dużych zamówień, a czołowi Florenccy artyści, tacy jak Leonardo da Vinci i nauczyciel Leonarda, Andrea del Verrocchio, przenieśli się na lepsze możliwości w innych miastach. Medyceusze zostali obaleni w 1494 roku, a jeszcze przed zakończeniem politycznych zawirowań Michał Anioł odszedł.

w Bolonii został zatrudniony jako następca zmarłego niedawno rzeźbiarza i wyrzeźbił Ostatnie małe figury potrzebne do ukończenia wielkiego projektu, grobowiec i Sanktuarium św. Dominika (1494-95). Trzy marmurowe figury są oryginalne i wyraziste. Odchodząc od fantazyjnej zwinności swojego poprzednika, narzucił powagę swoim obrazom przez zwartość formy, która zawdzięcza wiele klasycznemu starożytności i tradycji florenckiej od Giotta. Ten nacisk na powagę znajduje również odzwierciedlenie w jego wyborze marmuru jako medium, podczas gdy towarzyszące mu uproszczenie mas kontrastuje z bardziej powszechną wówczas tendencją do tego, aby przedstawienia jak najpełniej pasowały do faktury i szczegółów ludzkich ciał. Z pewnością, chociaż są to stałe cechy w sztuce Michała Anioła, często są chwilowo porzucane lub modyfikowane z powodu innych czynników, takich jak specyficzne funkcje dzieł lub stymulujące dzieła innych artystów. Tak jest w przypadku pierwszego zachowanego dużego posągu Michała Anioła, Bachusa, wykonanego w Rzymie (1496-97) po krótkim powrocie do Florencji. (Drewniany krucyfiks, niedawno odkryty, przypisywany przez niektórych uczonych Michałowi Aniołowi i obecnie przechowywany w Casa Buonarroti we Florencji, został również zaproponowany jako prekursor Bachusa w projekcie przez tych, którzy przypisują go jako dzieło artysty.) Bachus opiera się na starożytnych rzymskich postaciach nagich jako punkcie wyjścia, ale jest znacznie bardziej mobilny i bardziej złożony w zarysie. Świadoma niestabilność przywołuje boga wina, a Dionizy zachwyca niezwykłą wirtuozerią. Stworzony do ogrodu, jest również wyjątkowy wśród dzieł Michała Anioła, wzywając do obserwacji ze wszystkich stron, a nie przede wszystkim z przodu.

Bachus doprowadził od razu do Komisji (1498) dla Piety, obecnie w Bazylice św. Piotra. Nazwa nie odnosi się (jak się często przypuszcza) do tego konkretnego dzieła, ale do powszechnego tradycyjnego typu obrazu dewocyjnego, którego dziś jest najbardziej znanym przykładem. Wyodrębniona z narracyjnych scen opłakiwania po śmierci Chrystusa, skoncentrowana grupa dwóch osób ma na celu przywołanie skruchy obserwatora za grzechy, które wymagały ofiarnej śmierci Chrystusa. Patronem był francuski kardynał, A Typ był wcześniej bardziej powszechny w Północnej Europie niż we Włoszech. Skomplikowanym problemem dla projektanta było wydobycie dwóch figur z jednego marmurowego bloku, co było niezwykłym przedsięwzięciem we wszystkich okresach. Michał Anioł traktował tę grupę jak jedną zwartą i zwartą masę, tak że wywarła ona imponujący wpływ, ale podkreślił liczne kontrasty obecne-męskie i żeńskie, pionowe i poziome, odziane i nagie, martwe i żywe—aby wyjaśnić te dwa elementy.

znaczenie artysty, ustanowione przez tę pracę, zostało natychmiast wzmocnione przez Komisję (1501) Dawida dla katedry we Florencji. Dla tego ogromnego posągu, wyjątkowo dużego zlecenia w tym mieście, Michał Anioł ponownie wykorzystał nieukończony blok około 40 lat wcześniej. Modelowanie jest szczególnie bliskie formułom antyku klasycznego, z uproszczoną geometrią odpowiednią do ogromnej skali, ale z łagodnym twierdzeniem o życiu organicznym w jego asymetrii. W dalszym ciągu służyła jako główna deklaracja renesansowego ideału doskonałej ludzkości. Chociaż rzeźba była pierwotnie przeznaczona dla podpory katedry, wspaniałość ukończonego dzieła przekonała współczesnych Michała Anioła, aby zainstalować ją w bardziej widocznym miejscu, które zostanie określone przez komisję złożoną z artystów i wybitnych obywateli. Zdecydowali, że Dawid zostanie zainstalowany przed wejściem do Palazzo dei Priori (obecnie zwanego Palazzo Vecchio) jako symbol Republiki florenckiej. Później zastąpiono go kopią, a oryginał przeniesiono do Galleria dell ’ Accademia.

z boku Michał Anioł wyprodukował w tych samych latach (1501-04) kilka Madonn do prywatnych domów, podstawowych prac artystów w tym czasie. Należą do nich jeden mały posąg, dwie okrągłe płaskorzeźby, które przypominają obrazy o zróżnicowanych poziomach głębi przestrzennej, oraz jedyne malarstwo sztalugowe artysty. Podczas gdy posąg (Madonna z Dzieciątkiem) jest zablokowany i nieruchomy, obraz (Święta Rodzina) i jedna z płaskorzeźb (Madonna z Dzieciątkiem i Dzieciątkiem św. Janem) są pełne ruchu, ukazują ręce i nogi postaci splatających się w działania, które implikują ruch w czasie. Formy niosą symboliczne odniesienia do przyszłej śmierci Chrystusa, powszechne w wizerunkach dziecka Chrystusa w tym czasie; zdradzają również fascynację artysty twórczością Leonarda. Michał Anioł regularnie zaprzeczał, że ktokolwiek miał na niego wpływ, a jego wypowiedzi były zwykle akceptowane bez uprzedzeń. Jednak powrót Leonarda do Florencji w 1500 roku po prawie 20 latach był ekscytujący dla młodszych artystów, a późniejsi uczeni ogólnie zgodzili się, że Michał Anioł był jednym z tych dotkniętych. Prace Leonarda były prawdopodobnie najpotężniejszym i najtrwalszym zewnętrznym wpływem na modyfikację dzieła Michała Anioła i był w stanie połączyć zdolność Leonarda do pokazywania chwilowych procesów z własnymi, aby zasugerować wagę i siłę, bez utraty żadnej z tych ostatnich jakości. Powstałe w ten sposób obrazy masywnych ciał w zdecydowanej akcji to te szczególne kreacje, które stanowią większą część jego najbardziej podziwianych głównych dzieł.

Święta Rodzina, prawdopodobnie zamówiona na narodziny pierwszego dziecka Agnolo i Maddaleny Doni, była szczególnie innowacyjnym obrazem, który miał później wpływ na rozwój wczesnego florenckiego manieryzmu. Jego spiralna kompozycja i zimna, błyskotliwa kolorystyka podkreślają rzeźbiarską intensywność figur, tworząc dynamiczny i wyrazisty efekt. Interpretacja ikonograficzna wywołała niezliczone dyskusje naukowe, które do dnia dzisiejszego nie zostały do końca rozstrzygnięte.