Klasyfikacja organizmów żywych jest określana jako Taksonomia i ma na celu klasyfikację organizmów żywych poprzez ich rozróżnienie i ustanowienie relacji między grupami organizmów.

Królestwo żywych organizmów zostało nazwane domeną przez Carla R. Woese ’ a w 1978 roku.Organizmy zgrupowane są w trzech systemach domenowych: eukaria, archaea i bakterie, głównie na podstawie typu komórki. Inne niż typ komórki, różnice w rRNA, trzy domeny różnią się strukturą lipidów błonowych, transferowymi cząsteczkami RNA i wrażliwością na antybiotyki również stanowią o klasyfikacji organizmów.

• do bakterii domenowych zalicza się wszystkie chorobotwórcze i niepatogenne prokarioty, które mają ścianę komórkową złożoną z peptydoglikanu i kwasu muramowego. Mają również lipidy błonowe z połączonymi estrami, prostymi łańcuchami kwasów tłuszczowych, które przypominają eukariotyczne lipidy błonowe. Bakterie mają również plazmidy, które są małymi, dwuniciowymi Dnamolekułami, które są pozachromosomalne.
• archaea domeny obejmują trzy główne grupy, a mianowicie metanogeny, ekstremalne halofile i hipertermofile. Brak im kwasu muraminowego w ścianach komórkowych.
• Eukarya obejmuje organizmy eukariotyczne, takie jak zwierzęta, rośliny, grzyby i protisty i mają zdefiniowane organelle związane z jądrem i błoną

schemat klasyfikacji taksonomicznej prokariotów został opracowany w podręczniku systematycznej bakteriologii Bergeya, który opisuje klasyfikację prokariotów na dwie domeny: bakterie i bakterie.archaea.

dalsza klasyfikacja domeny jest następująca-

• domena
• Królestwo
• Phyla
• Klasa
• kolejność
• Rodzina
• Rodzaj
• gatunki

dwumianowa (naukowa) nomenklatura przypisuje każdemu mikrobowi 2 nazwy – Rodzaj – rzeczownik, zawsze wielką literą i gatunek – przymiotnik, małe litery. Oba są pisane kursywą lub podkreślone. Ex. Staphylococcus aureus (S. aureus), Escherichia coli (E. coli)

podstawową grupą taksonomiczną w taksonomii drobnoustrojów są gatunki. Taksonomowie pracujący z organizmami wyższymi definiują swój gatunek inaczej niż mikrobiolodzy. Gatunki prokariotyczne charakteryzują się różnicami w fenotypie i genotypie. Fenotyp jest zbiorem widocznych cech i zachowania mikroorganizmu. Genotyp jest genetycznym składnikiem mikroorganizmu

Podręcznik Bergey zawiera schemat klasyfikacji bakterii, a także odniesienie do identyfikacji różnych bakterii w laboratorium. Według Bergey ’ s manual of determinative bacteriology, bakterie są identyfikowane na podstawie cech morfologicznych, testów biochemicznych, serologii, zawartości G-C, sond DNA i różnych testów molekularnych. Oprócz właściwości wymienionych w Bergey ’ s, źródło i siedlisko mikroorganizmów jest również ważne, aby wziąć pod uwagę przy identyfikacji mikroorganizmów.

punkty do zapamiętania:

1. Taksonomia jest nauką, która zajmuje się klasyfikacją organizmów żywych na podstawie cech podobnych do innych organizmów i różniących się od nich oraz ustanawianiem relacji między grupami organizmów.
2. wszystkie organizmy żywe zgrupowane są w trzech systemach domenowych: eukaria, archaea i bakterie, głównie na podstawie typu komórki.
3. schemat klasyfikacji taksonomicznej prokariotów został opracowany w podręczniku systematycznej bakteriologii Bergeya, zgodnie z którym prokarioty dzielą się na dwie dziedziny: bakterie i Archaea