Estrogen odgrywa ważną rolę we wzroście i dojrzewaniu kości, a także w regulacji obrotu kostnego w kościach dorosłych. Podczas wzrostu kości estrogen jest potrzebny do prawidłowego zamknięcia nasadowych płytek wzrostu zarówno u kobiet, jak i u mężczyzn. Również w młodym szkielecie niedobór estrogenu prowadzi do zwiększonego tworzenia osteoklastów i zwiększonej resorpcji kości. W okresie menopauzy niedobór estrogenu powoduje cancellous, jak również utratę kości korowej. Wysoce zwiększona resorpcja kości w kościach rakowych prowadzi do ogólnej utraty kości i zniszczenia lokalnej architektury z powodu penetracyjnej resorpcji i mikropęknięć. W kości korowej pierwszą odpowiedzią odstawienia estrogenu jest zwiększona resorpcja endokortykalna. Później zwiększa się również porowatość wewnątrzkortykalna. Prowadzą one do zmniejszenia masy kostnej, zaburzenia architektury i zmniejszenie wytrzymałości kości. Na poziomie komórkowym estrogenu kostnego hamuje różnicowanie osteoklastów, zmniejszając ich liczbę i zmniejszając ilość aktywnych jednostek przebudowy. Efekt ten jest prawdopodobnie pośredniczony przez niektóre cytokiny, IL-1 i IL-6 są najsilniejszymi kandydatami. Estrogen reguluje ekspresję IL-6 w komórkach szpiku kostnego za pomocą nieznanego dotąd mechanizmu. Nadal nie jest pewne, czy wpływ estrogenu na osteoblasty jest bezpośredni lub jest spowodowany zjawiskiem sprzęgania między tworzeniem kości a resorpcją.