Blue World Institute prowadzi badania nad kilkoma dużymi kręgowcami morskimi. Nasze główne badania dotyczą przybrzeżnych społeczności delfinów butlonosych w regionie. Inne działania projektowe koncentrują się również na innych gatunkach waleni, w tym płetwalu, dzioba Cuviera, delfina Risso, delfina pasiastego i delfina pospolitego, a także foki mnicha śródziemnomorskiego. We współpracy z chorwackim Muzeum Historii Naturalnej prowadzimy badania rekinów, olbrzymich promieni diabelskich i żółwi morskich. Uważa się, że wszystkie ssaki morskie – Walenie, płetwonogie, Syreny, Wydra morska (Enhydra lutris) i Niedźwiedź polarny (Ursus maritimus) – wyewoluowały w różnym czasie z przodków zamieszkujących ląd. Chociaż Walenie wyglądają bardziej jak ryby niż ich najbliżsi żyjący krewni, Hipopotam (Hippopotamus amphibius), ich anatomia, fizjologia i embriologia są z pewnością ssakami. Jak wszystkie prawdziwe Ssaki, Walenie rodzą młode, a samice posiadają gruczoły sutkowe. Jako członek podrzędu Odontoceti delfiny mają zęby, podczas gdy fiszbinowce mają fiszbinowce. Delphinidae stanowią największą i najbardziej zróżnicowaną rodzinę waleni, w tym Orcinus orca. Obecnie istnieją trzy podgatunki waleni: Archaeocetes – obecnie całkowicie wymarły, Odontocetes – Walenie zębate i Mysticetes-Walenie fiszbinowe. Powszechnie uważa się, że zarówno Odontocetes, jak i Mysticetes mają wspólnego przodka spośród Archaeocetes. Nowe analizy genetyczne i morfologiczne ujawniają powiązania między gatunkami wcześniej uznawanymi za odrębne i różnice między powszechnie powiązanymi gatunkami. Podobnie wiele ostatnich odkryć nowych gatunków dokonanych w wyniku badań genetycznych wskazuje, że liczba żyjących waleni jest znacznie wyższa niż około 80 obecnie uznanych. Czynniki takie jak indywidualna zmienność wokalizacji, preferencje żywieniowe i zachowania, kolor, cechy szkieletowe, obecność izolowanych subpopulacji i płodność między gatunkami dodają tej niepewności.