Róg Afryki jest znanym źródłem zasobów biologicznych od tysięcy lat. Starożytni Egipcjanie, Grecy i Rzymianie wysyłali wyprawy i karawany do regionu po kadzidło, mirrę i inne naturalne towary, które miały zostać zabrane na północ wzdłuż szlaku kadzidła przez Arabskie pustynie.

rośliny

chociaż badania flory Rogu Afryki nadal trwają, najlepsze możliwe szacunki mówią, że w regionie występuje około 5000 gatunków roślin naczyniowych, z których nieco ponad połowa—około 2750 gatunków —jest endemiczna. Duże skupiska gatunków endemicznych występują w Północnej Somalii i na archipelagu Sokotra.

przez tysiące lat kilka rodzimych gatunków drzew dostarczało surowców dla niektórych z najważniejszych towarów Rogu Afryki, w tym kadzidła (z Boswellia sacra w Somalii, Jemenie i Omanie oraz B. frereana w Somalii), mirra (z rozpowszechnionego Commiphora mirrha i C. guidottii w Somalii i Wschodniej Etiopii) i Smocze drzewo krwi lub cynober (z wrażliwego Dracaena cinnabari, znalezionego na Sokotrze). Smocze drzewo krwi jest używane jako lek i barwnik. Produkcja kadzidła i mirry jest nadal główną działalnością gospodarczą w Somalii oraz, do pewnego stopnia, w Etiopii i północnej Kenii.

w samej Somalii w ciągu ostatnich 30 lat odkryto setki nowych gatunków, wśród których najbardziej godny uwagi jest cyklamen somalijski (Cyclamen somalense). Znana tylko z niewielkiego obszaru w Północnej Somalii, roślina była zaskakującym odkryciem w tropikalnej Afryce, ponieważ Rodzaj cyklamen występuje tylko w regionie Morza Śródziemnego.

Ptaki

spośród 697 gatunków ptaków regularnie notowanych w hotspocie, 24 są endemitami. Siedem z tych gatunków występuje tylko w Somalii.

jednym z najbardziej znanych endemicznych gatunków ptaków w hotspot jest zagrożona linnet Warsangli (Linariajohannis), lokalnie powszechne w wysokich, stromych Skarp wzdłuż Zatoki Adeńskiej w Północnej Somalii. Innym ważnym gatunkiem flagowym jest krytycznie zagrożony Dżibuti francolin (Pternistis ochropectus), który występuje tylko w dwóch miejscach w Dżibuti, Forêt de Day, który jest uważany za jedyne realne miejsce dla tego zagrożonego gatunku, oraz w pobliskich górach Mabla.

Ssaki

prawie 220 gatunków ssaków znajduje się w Rogu Afryki, chociaż tylko około 20 jest endemicznych dla hotspot. Najbardziej godnymi uwagi endemitami są kilka gatunków antylop, w tym beira (Dorcatragus megalotis), dibatag (Ammodorcas clarkei), zagrożona Gazela Speke (Gazella spektei) i srebrny dikdik (Madoqua piacentinii).

hotspot jest również domem dla krytycznie zagrożonego somalijskiego dzikiego osła (Equus africanus somaliensis) i pustynnego guźca (Phacochoerus aethiopicus).

pawian hamadryas (Papio hamadryas), który był uważany za święty w starożytnym Egipcie i często mumifikowany, jest dziś endemiczny dla wzgórz i skarp graniczących z południowym Morzem Czerwonym i Zatoką Adeńską.

Gady

wśród gadów występuje najwyższy poziom endemizmu w Rogu Afryki, a ponad 90 z około 285 gatunków nie występuje nigdzie indziej. Do sześciu endemicznych rodzajów gadów należą Haackgreerius, monotypowy rodzaj skinka występujący w Somalii, oraz Aeluroglena, reprezentowana przez pojedynczy gatunek węża. Połowa endemicznych rodzajów jest ograniczona do Sokotry, w tym dwa gatunki gekonów Haemodracon i dwa rodzaje węży, Ditypophis i Pachycalamus, reprezentowane przez pojedyncze gatunki endemiczne.

Płazy

w przeciwieństwie do gadów, płazy są stosunkowo słabo reprezentowane w suchym Rogu Afryki, z prawie 30 gatunkami, z których co najmniej sześć jest endemicznych. Istnieje tylko jeden endemiczny rodzaj, Lanzarana, który jest reprezentowany przez jeden gatunek, żabę Lanza (L. largeni) z Somalii. Pomimo odpowiednich siedlisk na Sokotrze nie występują Płazy.

ryby słodkowodne

w Rogu Afryki występuje około 100 gatunków ryb słodkowodnych, z których około 10 jest endemicznych. Endemity te obejmują trzy gatunki jaskiniowców występujące tylko w Somalii, z których dwa—Ślepowron somalijski (Barbopsis devecchii) i jaskiniowiec somalijski (Phreatichthys andruzzii) – są ślepe.

żadne rodzime ryby słodkowodne nie są znane z pewnością z Sokotry, ale populacje zęba arabskiego Aphanius dispar zostały wprowadzone do niektórych wód w ramach programu przeciw malarii.