punkcja lędźwiowa jest często wykonywana w podstawowej opiece zdrowotnej. Prawidłowo zinterpretowane testy mogą uczynić płyn mózgowo-rdzeniowy (CSF) kluczowym narzędziem w diagnostyce różnych chorób. Prawidłowa ocena płynu mózgowo-rdzeniowego zależy od tego, które testy zlecić, zakresy normy dla wieku pacjenta i ograniczenia testu. Poziom białka, ciśnienie otwarcia i stosunek stężenia glukozy w płynie mózgowo-rdzeniowym do stężenia glukozy w surowicy różnią się w zależności od wieku. Ksantochromia jest najczęściej spowodowana obecnością krwi, ale należy rozważyć kilka innych warunków. Obecność krwi może być wiarygodnym predyktorem krwotoku podpajęczynówkowego, ale trwa kilka godzin. Metoda trzech rurek, powszechnie stosowana w celu wykluczenia krwotoku ośrodkowego układu nerwowego po „traumatycznym dotknięciu”, nie jest całkowicie niezawodna. Czerwone krwinki w płynie mózgowo-rdzeniowym spowodowane urazowym kranem lub krwotokiem podpajęczynówkowym sztucznie zwiększają liczbę białych krwinek i poziom białka, co utrudnia diagnozę. Niepewność diagnostyczną można zmniejszyć stosując przyjęte wzory korekcyjne. Różnica białych krwinek może wprowadzać w błąd na początku przebiegu zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych, ponieważ ponad 10 procent przypadków zakażenia bakteryjnego ma początkową przewagę limfocytową, a wirusowe zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych może początkowo być zdominowane przez neutrofile. Kultura jest złotym standardem określania organizmu sprawczego w zapaleniu opon mózgowych. Jednak reakcja łańcuchowa polimerazy jest znacznie szybsza i bardziej wrażliwa w niektórych okolicznościach. Aglutynacja lateksowa, o wysokiej czułości, ale niskiej swoistości, może odgrywać rolę w leczeniu częściowo leczonego zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych. Aby udowodnić zakażenie herpetyczne, kryptokokowe lub gruźlicze, mogą być wymagane specjalne techniki barwienia lub metody zbierania.