confocale laserscanning fluorescentiemicroscopie (of kortweg “confocal”) maakt het mogelijk om verschillende dwarsdoorsneden van een dik monster te bekijken zonder het monster daadwerkelijk uit te snijden. Dit is vooral nuttig voor het bekijken van biologische processen in levend weefsel, omdat het door het microscoopexperiment kan blijven functioneren. De beweging van mitochondria rond cellen, mitose en de verandering in lengte van primaire cilia zijn alle processen die goed geschikt zijn om op confocal worden bekeken.

Confocal is ook goed voor het identificeren van specifieke componenten (zoals organellen of eiwitten) in de cel of weefsel dat wordt bestudeerd. De componenten worden geëtiketteerd met fluorescente markeringen, dan wordt het laserlicht bij de steekproef geschenen. De fluorescerende moleculen gloeien fel (en al het andere blijft donker), zodat ze gemakkelijk te zien zijn.

Gepolariseerde lichtmicroscopie helpt ons om meer te weten te komen over mineralen (zoals die in stenen) in een monster. Verschillende mineralen verschijnen als verschillende kleuren onder gepolariseerd licht (lichtgolven die slechts in één richting trillen), dus polariserende microscopen gebruiken speciale filters om het licht dat op het monster schijnt te polariseren. Het bekijken van mineralen door een polariserende microscoop kan informatie geven over hun vorm, grootte en oriëntatie.